| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-32页 |
| 1.1 引言 | 第14-15页 |
| 1.2 HSA的结构特点和生理功能 | 第15-20页 |
| 1.2.1 HSA的结构特点 | 第15-19页 |
| 1.2.2 HSA的生理功能和医药用途 | 第19-20页 |
| 1.3 HSA的分离纯化 | 第20-22页 |
| 1.3.1 蛋白沉淀法 | 第20页 |
| 1.3.2 层析分离法 | 第20-22页 |
| 1.4 分子模拟及其应用 | 第22-30页 |
| 1.4.1 分子对接 | 第22-25页 |
| 1.4.1.1 分子对接原理 | 第22-23页 |
| 1.4.1.2 分子对接分类 | 第23-24页 |
| 1.4.1.3 分子对接软件 | 第24-25页 |
| 1.4.2 分子动力学模拟 | 第25-28页 |
| 1.4.2.0 分子动力学模拟原理 | 第25-26页 |
| 1.4.2.1 分子动力学模拟的基本过程 | 第26-27页 |
| 1.4.2.2 分子动力学模拟软件 | 第27-28页 |
| 1.4.3 分子模拟在层析研究中的应用 | 第28-29页 |
| 1.4.4 分子模拟在配基设计中的应用 | 第29-30页 |
| 1.5 本文研究思路 | 第30-32页 |
| 第二章 人血白蛋白结合位点Ⅱ的分子结合模式 | 第32-54页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-37页 |
| 2.2.1 分子结构和分子模拟软件 | 第33-34页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第34-35页 |
| 2.2.3 结合自由能的计算 | 第35-36页 |
| 2.2.4 丙氨酸扫描分析 | 第36页 |
| 2.2.5 L-色氨酸结合模式分析 | 第36-37页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第37-52页 |
| 2.3.1 HSA的结构分析 | 第37-39页 |
| 2.3.2 结合自由能的分析 | 第39页 |
| 2.3.3 结合部位的热点残基分析 | 第39-48页 |
| 2.3.4 结合模式分析 | 第48-51页 |
| 2.3.5 L-色氨酸与HSA位点Ⅱ结合的预测 | 第51-52页 |
| 2.4 本章小结 | 第52-54页 |
| 第三章 布洛芬与人血白蛋白位点Ⅱ结合的动态过程 | 第54-68页 |
| 3.1 引言 | 第54-55页 |
| 3.2 分子模拟方法 | 第55-57页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第57-67页 |
| 3.3.1 HSA分子结构的分析 | 第57-58页 |
| 3.3.2 布洛芬与HSA结合的动态过程解析 | 第58-66页 |
| 3.3.2.1 阶段Ⅰ:远程吸引 | 第59-60页 |
| 3.3.2.2 阶段Ⅱ:表面结合调整 | 第60-62页 |
| 3.3.2.3 阶段Ⅲ:进入位点Ⅱ空腔 | 第62-64页 |
| 3.3.2.4 阶段Ⅳ:位点Ⅱ稳定结合 | 第64-66页 |
| 3.3.3 结合过程中HSA分子的"诱导契合"效应 | 第66-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-68页 |
| 第四章 基于吲哚类似物的配基筛选和HSA吸附性能 | 第68-90页 |
| 4.1 引言 | 第68-69页 |
| 4.2 分子模拟方法 | 第69-71页 |
| 4.2.1 ZINC数据库 | 第69-70页 |
| 4.2.2 DOCK分子对接 | 第70页 |
| 4.2.3 CDOCKER分子对接 | 第70-71页 |
| 4.3 实验材料和方法 | 第71-72页 |
| 4.3.1 材料和主要仪器 | 第71页 |
| 4.3.2 介质制备 | 第71-72页 |
| 4.3.3 蛋白静态吸附实验 | 第72页 |
| 4.4 结果和讨论 | 第72-88页 |
| 4.4.1 基于DOCK对接的高通量配基筛选 | 第72-74页 |
| 4.4.2 小分子性质与Er_best的关系 | 第74-79页 |
| 4.4.3 基于CDOCKER对接的配基筛选 | 第79-85页 |
| 4.4.4 介质制备和HSA吸附性能 | 第85-87页 |
| 4.4.5 HSA吸附的pH依赖性分析 | 第87-88页 |
| 4.5 本章小结 | 第88-90页 |
| 第五章 结论与展望 | 第90-94页 |
| 5.1 结论 | 第90-91页 |
| 5.2 展望 | 第91-94页 |
| 参考文献 | 第94-104页 |
| 作者简介 | 第104页 |