| 中文摘要 | 第16-18页 |
| ABSTRACT | 第18-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-39页 |
| 1.1 前言 | 第20-21页 |
| 1.2 miRNA概述 | 第21-31页 |
| 1.2.1 ncRNA简介 | 第21-22页 |
| 1.2.2 miRNA的特征 | 第22-23页 |
| 1.2.3 miRNA与siRNA | 第23页 |
| 1.2.4 miRNA的生物合成 | 第23-24页 |
| 1.2.5 miRNA的作用机制 | 第24-25页 |
| 1.2.6 miRNA的命名 | 第25页 |
| 1.2.7 miRNA的鉴定与挖掘 | 第25-26页 |
| 1.2.8 miRNA的验证 | 第26-27页 |
| 1.2.9 miRNA功能的研究 | 第27-29页 |
| 1.2.10 miRNA的进化 | 第29-31页 |
| 1.3 红藻及藻类miRNA研究进展 | 第31-37页 |
| 1.3.1 红藻概述 | 第31-32页 |
| 1.3.2 本研究的四种红藻简介 | 第32-36页 |
| 1.3.3 藻类miRNA研究 | 第36-37页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第37-39页 |
| 第二章 皱波角叉菜miRNAs的鉴定与特征分析 | 第39-62页 |
| 2.1 试验材料 | 第39-42页 |
| 2.1.1 试验藻类 | 第39页 |
| 2.1.2 数据库及相关软件 | 第39-40页 |
| 2.1.3 仪器和设备 | 第40-41页 |
| 2.1.4 试验试剂 | 第41-42页 |
| 2.2 试验方法 | 第42-50页 |
| 2.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第42页 |
| 2.2.2 sRNA分离、反转录、cDNA文库构建 | 第42页 |
| 2.2.3 高通量测序 | 第42页 |
| 2.2.4 目标序列的获取 | 第42-43页 |
| 2.2.5 sRNA信息分析 | 第43-45页 |
| 2.2.6 Additonal conserved miRNA的生物信息学预测 | 第45页 |
| 2.2.7 miRNA家族的预测及其特征分析 | 第45-46页 |
| 2.2.8 Northern blot验证 | 第46-47页 |
| 2.2.9 Stem-loop qRT-PCR验证 | 第47-48页 |
| 2.2.10 靶基因的预测 | 第48-49页 |
| 2.2.11 GO富集与分类 | 第49页 |
| 2.2.12 KEGG通路分析 | 第49-50页 |
| 2.2.13 Cytoscape网络构建 | 第50页 |
| 2.3 结果与分析 | 第50-59页 |
| 2.3.1 RNA及测序质量 | 第50-53页 |
| 2.3.2 sRNA信息 | 第53-54页 |
| 2.3.3 miRNA家族及其多态性分析 | 第54-55页 |
| 2.3.4 miRNAs的验证 | 第55-56页 |
| 2.3.5 靶基因预测及特征分析 | 第56-57页 |
| 2.3.6 靶基因功能分析 | 第57-59页 |
| 2.3.7 miRNAs-靶基因协同作用网络 | 第59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-62页 |
| 第三章 细齿麒麟菜miRNAs的鉴定与特征分析 | 第62-75页 |
| 3.1 试验材料 | 第62页 |
| 3.1.1 试验藻类 | 第62页 |
| 3.1.2 数据库及相关软件 | 第62页 |
| 3.1.3 仪器和设备 | 第62页 |
| 3.1.4 试验试剂 | 第62页 |
| 3.2 试验方法 | 第62-64页 |
| 3.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第62页 |
| 3.2.2 sRNA分离、反转录、cDNA文库构建 | 第62页 |
| 3.2.3 高通量测序 | 第62页 |
| 3.2.4 目标序列的获取 | 第62-63页 |
| 3.2.5 sRNA信息分析 | 第63页 |
| 3.2.6 Additional conserved miRNA的生物信息学预测 | 第63页 |
| 3.2.7 miRNA家族的预测及其特征分析 | 第63-64页 |
| 3.2.8 Northern blot验证 | 第64页 |
| 3.2.9 Stem-loop qRT-PCR验证 | 第64页 |
| 3.2.10 靶基因的预测 | 第64页 |
| 3.2.11 GO富集与分类 | 第64页 |
| 3.2.12 KEGG通路分析 | 第64页 |
| 3.2.13 Cytoscape网络构建 | 第64页 |
| 3.3 结果与分析 | 第64-73页 |
| 3.3.1 RNA及测序质量 | 第64-67页 |
| 3.3.2 sRNA信息 | 第67-68页 |
| 3.3.3 miRNA家族及其多态性分析 | 第68-69页 |
| 3.3.4 miRNAs的验证 | 第69-70页 |
| 3.3.5 靶基因预测及特征分析 | 第70-71页 |
| 3.3.6 靶基因功能分析 | 第71-73页 |
| 3.3.7 miRNAs-靶基因协同作用网络 | 第73页 |
| 3.4 讨论 | 第73-75页 |
| 第四章 紫球藻miRNAs的鉴定与特征分析 | 第75-91页 |
| 4.1 试验材料 | 第75-76页 |
| 4.1.1 试验藻类 | 第75-76页 |
| 4.1.2 数据库及相关软件 | 第76页 |
| 4.1.3 仪器和设备 | 第76页 |
| 4.1.4 试验试剂 | 第76页 |
| 4.2 试验方法 | 第76-78页 |
| 4.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第76页 |
| 4.2.2 sRNA分离、反转录、cDNA文库构建 | 第76页 |
| 4.2.3 高通量测序 | 第76页 |
| 4.2.4 目标序列的获取 | 第76页 |
| 4.2.5 sRNA信息分析 | 第76-77页 |
| 4.2.6 Additional conserved miRNA的生物信息学预测 | 第77页 |
| 4.2.7 miRNA家族的预测及其特征分析 | 第77页 |
| 4.2.8 Northern blot验证 | 第77页 |
| 4.2.9 Stem-loop qRT-PCR验证 | 第77页 |
| 4.2.10 靶基因的预测 | 第77页 |
| 4.2.11 GO富集与分类 | 第77-78页 |
| 4.2.12 KEGG通路分析 | 第78页 |
| 4.2.13 Cytoscape网络构建 | 第78页 |
| 4.3 结果与分析 | 第78-89页 |
| 4.3.1 RNA及测序质量 | 第78-81页 |
| 4.3.2 sRNA信息 | 第81-82页 |
| 4.3.3 miRNA家族及其多态性分析 | 第82-84页 |
| 4.3.4 miRNAs的验证 | 第84-85页 |
| 4.3.5 靶基因预测及特征分析 | 第85页 |
| 4.3.6 靶基因功能分析 | 第85-88页 |
| 4.3.7 miRNAs-靶基因协同作用网络 | 第88-89页 |
| 4.4 讨论 | 第89-91页 |
| 第五章 温泉红藻miRNAs的鉴定与特征分析 | 第91-107页 |
| 5.1 试验材料 | 第91-92页 |
| 5.1.1 试验藻类 | 第91页 |
| 5.1.2 数据库及相关软件 | 第91页 |
| 5.1.3 仪器和设备 | 第91页 |
| 5.1.4 试验试剂 | 第91-92页 |
| 5.2 试验方法 | 第92-94页 |
| 5.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第92页 |
| 5.2.2 sRNA分离、反转录、cDNA文库构建 | 第92页 |
| 5.2.3 高通量测序 | 第92页 |
| 5.2.4 目标序列的获取 | 第92页 |
| 5.2.5 sRNA信息分析 | 第92-93页 |
| 5.2.6 Additonal conserved miRNA的生物信息学预测 | 第93页 |
| 5.2.7 miRNA家族的预测及其特征分析 | 第93页 |
| 5.2.8 Northern blot验证 | 第93页 |
| 5.2.9 Stem-loop qRT-PCR验证 | 第93页 |
| 5.2.10 靶基因的预测 | 第93页 |
| 5.2.11 GO富集与分类 | 第93页 |
| 5.2.12 KEGG通路分析 | 第93-94页 |
| 5.2.13 Cytoscape网络构建 | 第94页 |
| 5.3 结果与分析 | 第94-104页 |
| 5.3.1 RNA及测序质量 | 第94-96页 |
| 5.3.2 sRNA信息 | 第96-98页 |
| 5.3.3 miRNA家族及其多态性分析 | 第98-99页 |
| 5.3.4 miRNAs的验证 | 第99-100页 |
| 5.3.5 靶基因预测及特征分析 | 第100-101页 |
| 5.3.6 靶基因功能分析 | 第101-104页 |
| 5.3.7 miRNAs-靶基因协同作用网络 | 第104页 |
| 5.4 讨论 | 第104-107页 |
| 第六章 四种红藻miRNAs的比较及其家族进化分析 | 第107-121页 |
| 6.1 分析数据 | 第107页 |
| 6.2 分析工具 | 第107页 |
| 6.3 分析方法 | 第107页 |
| 6.3.1 统计分析 | 第107页 |
| 6.3.2 miRNA家族进化分析 | 第107页 |
| 6.4 结果与分析 | 第107-119页 |
| 6.4.1 四种红藻miRNAs信息比较分析 | 第107-111页 |
| 6.4.2 四种红藻miRNA靶基因及其功能比较分析 | 第111-115页 |
| 6.4.3 四种红藻miRNA家族进化分析 | 第115-119页 |
| 6.5 讨论 | 第119-121页 |
| 第七章 全文总结 | 第121-122页 |
| 7.1 全文的主要结论 | 第121页 |
| 7.2 全文的创新之处 | 第121页 |
| 7.3 工作展望 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-141页 |
| 附图 | 第141-172页 |
| 附表 | 第172-244页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第244-245页 |
| 致谢 | 第245-246页 |
| 个人简况及联系方式 | 第246-248页 |
