谷氨酸棒状杆菌集成细胞网络的构建与分析
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 1 前言 | 第9-23页 |
| ·研究背景 | 第9-20页 |
| ·系统生物学的诞生与发展 | 第9-10页 |
| ·生物网络的研究动态 | 第10-14页 |
| ·生物网络的数学模型 | 第14-19页 |
| ·模型的比较 | 第19-20页 |
| ·选题背景 | 第20-21页 |
| ·研究目的和意义 | 第21-22页 |
| ·研究内容和创新点 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-30页 |
| ·图论基本概念及参数 | 第23-25页 |
| ·连接度 | 第23页 |
| ·连接度的分布 | 第23-24页 |
| ·路径长度 | 第24页 |
| ·连通体 | 第24页 |
| ·聚类系数 | 第24-25页 |
| ·紧密度中心性 | 第25页 |
| ·介数中心性 | 第25页 |
| ·基因转录调控网络的构建 | 第25-26页 |
| ·TRN数据的采集与处理 | 第25-26页 |
| ·TRN的分层分解 | 第26页 |
| ·GSMN分析 | 第26-29页 |
| ·数据采集 | 第26-27页 |
| ·反应方向的重新定义 | 第27页 |
| ·反应对的拆分 | 第27-28页 |
| ·特殊反应对的删除 | 第28-29页 |
| ·GSMN的bow-tie结构 | 第29页 |
| ·细胞网络的集成 | 第29页 |
| ·赖氨酸代谢调控子网络的提出 | 第29-30页 |
| 3 结果与讨论 | 第30-52页 |
| ·谷氨酸棒状杆菌TRN数据库的构建 | 第30-34页 |
| ·谷氨酸棒状杆菌TRN的分析 | 第34-40页 |
| ·TRN连接度分布 | 第34-35页 |
| ·TRN的功能模块分析 | 第35-37页 |
| ·全局调节子的重新定义 | 第37-39页 |
| ·TRN的分层分解 | 第39-40页 |
| ·谷氨酸棒状杆菌GSMN数据库的构建 | 第40-45页 |
| ·GSMN分析 | 第45-48页 |
| ·GSMN模型 | 第45-46页 |
| ·Bow-tie结构 | 第46页 |
| ·GSC的分解 | 第46-47页 |
| ·GSC的中心性分析 | 第47-48页 |
| ·集成细胞网络的构建与分析 | 第48-50页 |
| ·L-赖氨酸代谢调控子网络的提取 | 第50-52页 |
| 4 结论 | 第52-54页 |
| 5 展望 | 第54-55页 |
| 6 参考文献 | 第55-62页 |
| 7 论文发表情况 | 第62-63页 |
| 8 致谢 | 第63-64页 |
| 附录1 VBA生成Pajek文件 | 第64-66页 |
| 附录2 提取代谢反应的perl程序 | 第66-69页 |
| 附录3 Pajek转化成Excel文件 | 第69页 |
