| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-16页 |
| 引言 | 第16-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-33页 |
| ·核酸分子简介 | 第18-22页 |
| ·核酸分子的化学组成 | 第18-19页 |
| ·核酸的结构和功能 | 第19-21页 |
| ·影响核酸结构稳定性的因素 | 第21-22页 |
| ·核酸分子折叠中的静电作用 | 第22-25页 |
| ·核酸分子的静电性质 | 第22-23页 |
| ·核酸折叠中金属离子的重要性 | 第23-25页 |
| ·现有的离子-核酸的主要理论和模拟方法 | 第25-33页 |
| ·泊松-玻尔兹曼(Poisson-Boltzmann)理论 | 第25-28页 |
| ·离子凝聚(Counterion Condensation)理论 | 第28-29页 |
| ·紧束缚离子(Tightly-Bound Ion)理论 | 第29页 |
| ·分子动力学(Molecular Dynamics)模拟 | 第29-31页 |
| ·蒙特卡罗(Monte Carlo)模拟 | 第31-33页 |
| 第二章 纯离子溶液中核酸单链的柔性 | 第33-58页 |
| ·研究背景 | 第33-35页 |
| ·模型与方法 | 第35-40页 |
| ·核酸单链结构模型 | 第35-36页 |
| ·模拟方法 | 第36-39页 |
| ·体系的能量函数 | 第39-40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-56页 |
| ·体系的平衡 | 第40-41页 |
| ·核酸单链的结构塌缩 | 第41-43页 |
| ·离子凝聚和电荷反转 | 第43-48页 |
| ·离子尺寸效应 | 第48-50页 |
| ·核酸单链的标度性质 | 第50-51页 |
| ·核酸单链的持久长度 | 第51-56页 |
| ·本章小结与展望 | 第56-58页 |
| 第三章 RNA的离子凝聚竞争效应 | 第58-73页 |
| ·研究背景 | 第58-59页 |
| ·模型与方法 | 第59-61页 |
| ·全原子RNA结构模型 | 第59-60页 |
| ·模拟方法 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-71页 |
| ·高效准确得到RNA(DNA)混合离子溶液所期望的离子体浓度 | 第62-65页 |
| ·不同RNA结构的离子凝聚及其与实验对比 | 第65-66页 |
| ·A-RNA与B-DNA的离子凝聚对比 | 第66-69页 |
| ·不同RNA三级结构对离子凝聚的影响 | 第69-71页 |
| ·本章小结与展望 | 第71-73页 |
| 第四章 混合离子溶液中核酸单链的柔性 | 第73-77页 |
| ·研究背景 | 第73页 |
| ·模型与方法 | 第73-74页 |
| ·结果讨论 | 第74-75页 |
| ·得到核酸单链在混合离子溶液中所期望的离子体浓度 | 第74页 |
| ·计算的持久长度与实验对比 | 第74-75页 |
| ·本章小结与展望 | 第75-77页 |
| 第五章 全文总结 | 第77-80页 |
| 参考文献 | 第80-90页 |
| 攻博期间完成的科研成果目录 | 第90-91页 |
| 致谢 | 第91页 |
