| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-24页 |
| ·课题研究背景 | 第10-20页 |
| ·环肽纳米管简介以及研究进展 | 第10-16页 |
| ·天然蛋白水通道 | 第16-17页 |
| ·人工合成通道模拟生物水通道的研究进展 | 第17-20页 |
| ·课题的提出及研究内容和目标 | 第20-21页 |
| 参考文献 | 第21-24页 |
| 第二章 模拟体系和研究方法 | 第24-39页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第24页 |
| ·分子力场 | 第24-27页 |
| ·分子力场的概念 | 第24-26页 |
| ·常用的力场 | 第26-27页 |
| ·周期性边界条件 | 第27-28页 |
| ·MD模拟常用的系综 | 第28-30页 |
| ·能量最小化（EnergyMinimization,EM） | 第30页 |
| ·MD模拟步骤 | 第30-33页 |
| ·起始平衡构型 | 第31页 |
| ·微粒（原子）初始速度 | 第31页 |
| ·时间步长（timestep） | 第31-32页 |
| ·边界条件的设定 | 第32页 |
| ·系统的控制 | 第32页 |
| ·体系平衡的判定 | 第32-33页 |
| ·MD模拟中常用的软件 | 第33-35页 |
| ·常用MD软件简介 | 第33-34页 |
| ·NAMD软件的使用方法 | 第34-35页 |
| ·受控分子动力学模拟（SteeredMolecularDynamics,SMD） | 第35-37页 |
| ·恒速拉伸（constantvelocitypulling） | 第35-36页 |
| ·恒力拉伸（constantforcepulling） | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-39页 |
| 第三章 跨膜环八肽纳米管的构建及其平衡 | 第39-53页 |
| ·引言 | 第39-40页 |
| ·模型构建和研究方法 | 第40-45页 |
| ·环八肽纳米管的构建及其平衡 | 第40-42页 |
| ·完全水化的POPE膜的构建及其平衡 | 第42-44页 |
| ·跨膜环八肽纳米管的构建及其平衡 | 第44-45页 |
| ·跨膜环八肽纳米管的结构特征 | 第45-51页 |
| ·管长和管径 | 第45-47页 |
| ·环间氢键特征 | 第47-48页 |
| ·温度对跨膜环八肽纳米管的影响 | 第48-51页 |
| ·本章小结 | 第51页 |
| 参考文献 | 第51-53页 |
| 第四章 外力对跨膜环八肽纳米管的结构及其水传输特性的影响 | 第53-75页 |
| ·引言 | 第53-55页 |
| ·模型和计算方法 | 第55-57页 |
| ·结果讨论 | 第57-70页 |
| ·外力对环肽纳米管形变的影响 | 第57-61页 |
| ·外力对通道水流量的影响 | 第61-64页 |
| ·外力对通道水分布的影响 | 第64-66页 |
| ·外力对通道氢键的影响 | 第66-67页 |
| ·外力对通道水偶极取向的影响 | 第67-70页 |
| ·本章结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 全文结论 | 第75-77页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
