银杏和叶籽银杏microRNA的鉴定与分析
| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1.引言 | 第12-30页 |
| ·MicroRNA 的发现 | 第12-14页 |
| ·植物 microRNA 的特点 | 第14-15页 |
| ·植物 microRNA 的生物学合成 | 第15-19页 |
| ·microRNA 转录 | 第15页 |
| ·成熟 miRNA 的加工 | 第15-18页 |
| ·Dicer 加工 | 第15-17页 |
| ·HEN1 甲基化 | 第17-18页 |
| ·RISC 组装及 miRNA 的转运 | 第18-19页 |
| ·RISC 组装 | 第18-19页 |
| ·miRNA 的转运 | 第19页 |
| ·植物 microRNA 的作用机制 | 第19-20页 |
| ·植物 microRNA 的功能 | 第20-26页 |
| ·miRNA 在植物生长发育中的功能 | 第20-23页 |
| ·miRNA 调节叶片发育 | 第20-21页 |
| ·miRNA 调节花的分化和发育以及发育时序 | 第21-22页 |
| ·miRNA 调节根和芽的发育 | 第22-23页 |
| ·miRNA 调控植物激素的信号转导 | 第23页 |
| ·miRNA 参与植物应答胁迫 | 第23-24页 |
| ·miRNA 对小 RNA 途径的调控 | 第24-25页 |
| ·miRNA 与植物病害 | 第25-26页 |
| ·microRNA 的研究方法 | 第26-28页 |
| ·microRNA 的分离方法 | 第26-27页 |
| ·正向遗传筛选法 | 第26页 |
| ·直接克隆法 | 第26-27页 |
| ·生物信息学方法 | 第27页 |
| ·microRNA 的靶基因预测与验证方法 | 第27-28页 |
| ·银杏和叶籽银杏研究概况 | 第28-30页 |
| ·银杏的起源和演化 | 第28-29页 |
| ·叶籽银杏的研究现状 | 第29-30页 |
| ·本研究目的和意义 | 第30页 |
| 2.材料与方法 | 第30-40页 |
| ·试验材料、主要仪器及试剂 | 第30-31页 |
| ·试验材料 | 第30-31页 |
| ·主要仪器 | 第31页 |
| ·试剂配制 | 第31页 |
| ·应用的软件 | 第31页 |
| ·试验方法 | 第31-40页 |
| ·银杏和叶籽银杏 RNA 的提取 | 第31-33页 |
| ·小 RNA 测序文库的构建及高通量测序 | 第33-39页 |
| ·分离小 RNA | 第33-35页 |
| ·5'端 adaptor 连接 | 第35页 |
| ·纯化回收 5'端 adaptor 连接产物 | 第35-36页 |
| ·3'端 adaptor 连接 | 第36页 |
| ·3'端 adaptor 连接纯化回收连接产物 | 第36-37页 |
| ·RT-PCR | 第37-38页 |
| ·PCR 产物回收纯化 | 第38-39页 |
| ·高通量测序 | 第39页 |
| ·测序结果分析 | 第39-40页 |
| ·生物信息学分析 | 第40页 |
| ·差异分析 | 第40页 |
| 3.结果与分析 | 第40-72页 |
| ·RNA 的提取 | 第40-42页 |
| ·small RNA 测序结果分析 | 第42-49页 |
| ·序列质量分析 | 第42-43页 |
| ·基因组比对 | 第43-44页 |
| ·Rfam 比对 | 第44-45页 |
| ·sRNA 与已知 miRNA 的比对 | 第45页 |
| ·siRNA 鉴定 | 第45-46页 |
| ·小 RNA 分类注释 | 第46-48页 |
| ·公共及特异性序列 | 第48-49页 |
| ·生物信息学分析 | 第49-70页 |
| ·保守 miRNA 分析 | 第49-56页 |
| ·新的 miRNA 分析 | 第56-62页 |
| ·靶基因预测 | 第62-70页 |
| ·保守 miRNA 的靶基因预测 | 第62-67页 |
| ·新的 miRNA 的靶基因预测 | 第67-70页 |
| ·miRNA 差异分析 | 第70-72页 |
| 4.讨论 | 第72-78页 |
| ·miRNA 文库的质量 | 第72页 |
| ·RNA 的提取质量 | 第72-73页 |
| ·miRNA 序列分析 | 第73-74页 |
| ·miRNA 调控的靶基因的功能 | 第74-75页 |
| ·叶籽银杏的发生机制 | 第75-78页 |
| 5.结论 | 第78-81页 |
| ·miRNA 文库的构建 | 第78页 |
| ·保守 miRNA 及新 miRNA 的预测 | 第78-79页 |
| ·靶基因预测及其功能注释 | 第79页 |
| ·银杏和叶籽银杏 miRNA 表达量差异分析 | 第79-80页 |
| ·本研究主要创新点 | 第80-81页 |
| 6.参考文献 | 第81-99页 |
| 7.附录 | 第99-105页 |
| 8.致谢 | 第105-106页 |
| 9.硕士期间发表论文情况 | 第106页 |
