| 缩略词表 | 第1-14页 |
| 摘要 | 第14-16页 |
| ABSTRACT | 第16-19页 |
| 第一章 绪 论 | 第19-29页 |
| ·国内外研究现状 | 第19-25页 |
| ·矽肺纤维化基础的生物学研究 | 第19-21页 |
| ·数据整合和系统检测是构建调控网络的两个重要手段 | 第21-22页 |
| ·多因子联合研究以及相关疾病调控研究 | 第22-25页 |
| ·目前研究中存在的问题及研究假设 | 第25页 |
| ·研究目的 | 第25-26页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质的确定 | 第25页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质调控网络的构建 | 第25-26页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质及其基因调控网络的整合 | 第26页 |
| ·研究意义 | 第26页 |
| ·矽肺纤维化meta分析介质的确定意义 | 第26页 |
| ·矽肺纤维化调控网络的构建意义 | 第26页 |
| ·矽肺纤维化调控网络干扰实验的校正意义 | 第26页 |
| ·矽肺纤维化网络调控的系统整合意义 | 第26页 |
| ·研究内容 | 第26-27页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质的确定 | 第26-27页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质的变化规律 | 第27页 |
| ·矽肺纤维化活性介质调控网络构建 | 第27页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质及其基因调控网络的整合研究 | 第27页 |
| ·研究方法及工作流程 | 第27页 |
| ·预期研究成果 | 第27-28页 |
| ·矽肺纤维化活性介质的确定及其数据集的建立 | 第27-28页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质调控网络的构建 | 第28页 |
| ·矽肺纤维化生物活性介质及其基因整合网络的构建 | 第28页 |
| ·本文组织结构 | 第28-29页 |
| 第二章 肺纤维化生物活性介质确定 | 第29-49页 |
| ·前言 | 第29页 |
| ·资料与方法 | 第29-33页 |
| ·研究目的及文献收集范围 | 第29页 |
| ·资料检索 | 第29-30页 |
| ·文献选择标准 | 第30页 |
| ·研究的纳入 | 第30页 |
| ·质量控制 | 第30-31页 |
| ·统计学分析 | 第31-32页 |
| ·meta分析结果森林图表示 | 第32页 |
| ·敏感性分析 | 第32-33页 |
| ·结果 | 第33-43页 |
| ·TNF-α检索结果 | 第33页 |
| ·造模后不同时点不同组分TNF-α的meta分析及偏倚判定 | 第33-41页 |
| ·不同时点肺组织TNF-α变化的meta分析 | 第41页 |
| ·肺纤维化TNF-α不同时空变化的meta分析 | 第41-43页 |
| ·讨论 | 第43-45页 |
| ·肺纤维化meta分析质量评价 | 第43-44页 |
| ·肺纤维化TNF-α时空变化meta分析过程评价 | 第44页 |
| ·肺纤维化TNF-α时空变化差异分析 | 第44-45页 |
| ·肺纤维化相关活性介质的确定 | 第45-46页 |
| ·研究对象 | 第45页 |
| ·文献检索 | 第45页 |
| ·质量控制 | 第45-46页 |
| ·meta分析方法 | 第46页 |
| ·meta分析结果 | 第46页 |
| ·小结 | 第46-49页 |
| 第三章 肺纤维化生物活性介质调控网络的构建 | 第49-67页 |
| ·前言 | 第49-55页 |
| ·数据库分析平台研究 | 第49-50页 |
| ·分子调控网络的结构特性研究 | 第50-52页 |
| ·整体框架下认识复杂分子调控过程的研究 | 第52页 |
| ·研究方法 | 第52-54页 |
| ·生物分子调控网络的应用及存在的问题 | 第54-55页 |
| ·对象与方法 | 第55-58页 |
| ·研究对象 | 第55页 |
| ·肺纤维化相关活性介质数据预处理 | 第55-56页 |
| ·调控网络分析思想 | 第56-57页 |
| ·肺纤维化活性介质时间表达矩阵 | 第57页 |
| ·三次样条插值 | 第57页 |
| ·微分方程模型 | 第57页 |
| ·根据Wij建立加权矩阵绘制活性介质网络拓扑图 | 第57-58页 |
| ·调控网络的MATLAB软件实现 | 第58页 |
| ·结果 | 第58-63页 |
| ·肺纤维化相关活性介质的确定及编号 | 第58页 |
| ·肺纤维化不同时点相关活性介质数据标准化 | 第58-59页 |
| ·肺纤维化相关活性介质三次样条插值后拟合Y结果 | 第59-60页 |
| ·肺纤维化相关活性介质最小二乘法加权矩阵W结果 | 第60-61页 |
| ·肺纤维化相关活性介质网络模型的加权矩阵标化值 | 第61页 |
| ·肺纤维化相关活性介质网络的调控作用 | 第61-62页 |
| ·肺纤维化相关活性介质网络模型阈值提高后的加权矩阵标化值 | 第62页 |
| ·肺纤维化相关活性介质网络调控的修正 | 第62-63页 |
| ·讨论 | 第63-64页 |
| ·肺纤维化相关活性介质数据预处理的正确性 | 第63页 |
| ·肺纤维化生物活性介质之间的相互作用 | 第63-64页 |
| ·权值阈值的确定及阈值变化对调控网络的影响 | 第64页 |
| ·小结 | 第64-67页 |
| 第四章 肺纤维化生物活性介质调控网络实验确证 | 第67-93页 |
| ·前言 | 第67-69页 |
| ·动物模型实验生物活性介质的选择 | 第67-68页 |
| ·生物活性介质检测时间点的选择 | 第68页 |
| ·生物活性介质调控网络的实验验证 | 第68页 |
| ·干扰活性介质及干扰时间点的选择 | 第68-69页 |
| ·通过动物干扰实验进一步修正调控网络 | 第69页 |
| ·材料与方法 | 第69-73页 |
| ·动物模型的建立 | 第69-70页 |
| ·生物样本的采集 | 第70-71页 |
| ·血清中活性介质的ELISA法测定 | 第71-72页 |
| ·血清中NO介质的测定 | 第72页 |
| ·普通石蜡切片的制作 | 第72页 |
| ·天狼猩红染色、图像采集与分析 | 第72-73页 |
| ·数据处理及统计学分析 | 第73页 |
| ·调控网络分析思想 | 第73页 |
| ·结果 | 第73-83页 |
| ·大体肺组织标本肉眼观 | 第73页 |
| ·Ⅰ、Ⅲ型胶原天狼猩红染色的偏振光显微镜观察结果 | 第73-74页 |
| ·矽肺动物模型各个时间点实验组和对照组活性介质比较 | 第74-79页 |
| ·矽肺纤维化不同时间点活性介质之间的相关矩阵 | 第79-80页 |
| ·矽肺动物模型纤维化活性介质调控网络 | 第80-81页 |
| ·TNF-α可溶性受体干扰后调控网络校正 | 第81-83页 |
| ·讨论 | 第83-92页 |
| ·矽肺纤维化模型及胶原动态变化比较 | 第83-84页 |
| ·矽肺纤维化模型血清中生物活性介质动态变化比较 | 第84-89页 |
| ·矽肺纤维化过程中活性介质的网络调控 | 第89-90页 |
| ·干扰实验的影响以及对调控网络的校正 | 第90-91页 |
| ·动物实验系统检测、调控网络构建的研究 | 第91-92页 |
| ·小结 | 第92-93页 |
| 第五章 生物活性介质基因调控网络实验确证和扩充 | 第93-115页 |
| ·前言 | 第93-95页 |
| ·基因表达芯片研究的意义 | 第93页 |
| ·基因表达芯片制备及杂交 | 第93-94页 |
| ·数据的预处理和归一化 | 第94页 |
| ·基因表达矩阵 | 第94页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第94-95页 |
| ·基因调控网络 | 第95页 |
| ·材料与方法 | 第95-99页 |
| ·实验动物分组情况及样本量的确定 | 第95页 |
| ·气管暴露法建立大鼠矽肺模型 | 第95-96页 |
| ·生物样本的采集 | 第96页 |
| ·总RNA的提取 | 第96页 |
| ·基因表达谱芯片杂交及分析 | 第96页 |
| ·基因芯片的数据处理 | 第96-98页 |
| ·基因调控网络的构建 | 第98-99页 |
| ·结果 | 第99-110页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第99页 |
| ·矽肺中的基因功能聚类 | 第99-103页 |
| ·矽肺中的可能发生改变的生物学通路 | 第103-109页 |
| ·矽肺纤维化调控网络的构建 | 第109页 |
| ·矽肺纤维化细胞因子及其基因调控网络的整合 | 第109-110页 |
| ·讨论 | 第110-113页 |
| ·矽肺纤维化活性介质差异表达基因的筛选及聚类分析 | 第110-111页 |
| ·矽肺纤维化相关细胞因子基因调控网络的构建 | 第111-112页 |
| ·矽肺纤维化活性介质及基因调控网络整合分析 | 第112-113页 |
| ·对构建的调控网络完整性和准确性的评估 | 第113页 |
| ·小结 | 第113-115页 |
| 第六章 总结、创新与展望 | 第115-119页 |
| ·总结 | 第115-117页 |
| ·创新 | 第117页 |
| ·展望 | 第117-119页 |
| 参考文献 | 第119-131页 |
| 附录1 检索策略 | 第131-133页 |
| 附录2 肺纤维化部分活性介质结果分析及其漏斗图分析 | 第133-159页 |
| 综述 | 第159-167页 |
| 代表性论文 | 第167-174页 |
| 攻读博士期间从事的科学研究工作与成果 | 第174-175页 |
| 作者简历 | 第175-176页 |
| 致谢 | 第176页 |
