蛋白质折叠问题的优化模型及并行算法研究
| 第1章 引言 | 第1-11页 |
| 1．1 研究背景及意义 | 第7-8页 |
| 1．2 研究目的与技术路线 | 第8页 |
| 1．2．1 研究目的 | 第8页 |
| 1．2．2 技术路线 | 第8页 |
| 1．3 本文的主要工作 | 第8-10页 |
| 1．3．1 并行HP格点模型 | 第8-9页 |
| 1．3．2 简化的能量函数 | 第9页 |
| 1．3．3 预处理技术 | 第9-10页 |
| 1．4 论文的组织 | 第10页 |
| 1．5 小结 | 第10-11页 |
| 第2章 蛋白质折叠 | 第11-22页 |
| 2．1 研究工具——元胞自动机 | 第11-14页 |
| 2．1．1 复杂性理论 | 第11页 |
| 2．1．2 元胞自动机 | 第11-14页 |
| 2．2 蛋白质折叠 | 第14-17页 |
| 2．2．1 生物信息学概述 | 第14-15页 |
| 2．2．2 蛋白质折叠 | 第15-17页 |
| 2．3 HP格点模型 | 第17-21页 |
| 2．3．1 串行HP格点模型 | 第18-19页 |
| 2．3．2 并行HP格点模型 | 第19-21页 |
| 2．4 小结 | 第21-22页 |
| 第3章 能量函数优化模型 | 第22-28页 |
| 3．1 经验势能函数 | 第22-23页 |
| 3．2 平均势能函数 | 第23-27页 |
| 3．2．1 传统平均势函数 | 第23-24页 |
| 3．2．2 新型平均势函数 | 第24-25页 |
| 3．2．3 简化平均势函数 | 第25-27页 |
| 3．3 小结 | 第27-28页 |
| 第4章 优化方法与结果 | 第28-54页 |
| 4．1 区域分解算法 | 第28-29页 |
| 4．2 预处理技术 | 第29-41页 |
| 4．2．1 共轭梯度法的预处理技术 | 第29-34页 |
| 4．2．2 预处理迭代的性质及应用 | 第34-41页 |
| 4．3 算法实现 | 第41-51页 |
| 4．3．1 基于局部正交化的一维搜索预报并行算法 | 第41-48页 |
| 4．3．2 局部正交化与近似LU分解的融合 | 第48-51页 |
| 4．4 数值结果 | 第51-53页 |
| 4．5 小结 | 第53-54页 |
| 第5章 结论与展望 | 第54-56页 |
| 5．1 主要成果与创新点 | 第54页 |
| 5．2 展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文及参加科研项目情况 | 第61页 |
