| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| ·引言 | 第16-22页 |
| ·研究背景与问题 | 第22-25页 |
| ·生物学网络中的功能模块 | 第22-23页 |
| ·功能模块性度量方法 | 第23-24页 |
| ·代谢网络的模块性进化研究 | 第24页 |
| ·基于基因表达模型的条件特异调控网络模块识别方法研究 | 第24-25页 |
| ·论文的主要工作与创新 | 第25-28页 |
| ·论文的结构 | 第28-30页 |
| 第二章 生物学网络模块性分析与模块识别方法 | 第30-44页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·复杂网络的模块性研究 | 第30-33页 |
| ·复杂网络的模块性 | 第30-31页 |
| ·模块识别方法研究 | 第31-32页 |
| ·模块性度量指标 | 第32-33页 |
| ·生物学网络是一种特殊的复杂网络 | 第33页 |
| ·生物学网络的模块识别方法 | 第33-39页 |
| ·蛋白质相互作用网络的模块识别方法 | 第33-35页 |
| ·基因调控网络的模块识别方法 | 第35-38页 |
| ·代谢网络的模块识别方法 | 第38-39页 |
| ·生物学网络的功能模块性度量与分析 | 第39-40页 |
| ·网络功能模块性的进化分析 | 第40-42页 |
| ·本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 生物学网络功能模块的定义与分析 | 第44-64页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·利用功能注释定义网络功能模块的基本原则 | 第45-47页 |
| ·基于MIPS 功能注释定义模块及其应用 | 第47-57页 |
| ·MIPS 功能注释模块 | 第48页 |
| ·数据集 | 第48-50页 |
| ·功能模块或网络的内聚性度量和分析 | 第50-53页 |
| ·使用无内聚度模块率衡量和比较网络的模块性 | 第53-57页 |
| ·基于GO 功能注释的模块定义方法、实现及其应用 | 第57-63页 |
| ·定义GO 功能模块 | 第57-59页 |
| ·GO 层次化功能模块（InitGO 方法）的Cytoscape 插件实现 | 第59-60页 |
| ·InitGO 方法在转录因子调控网络中的应用 | 第60-63页 |
| ·本章小结 | 第63-64页 |
| 第四章 一种新的生物学网络模块性指标体系及其应用 | 第64-88页 |
| ·引言 | 第64-65页 |
| ·模块度指标体系的定义和分析 | 第65-69页 |
| ·软件工程中的模块化概念 | 第65-67页 |
| ·内聚性度量指标定义 | 第67页 |
| ·耦合性度量指标定义 | 第67-68页 |
| ·基于内聚性和耦合性的模块性度量指标定义 | 第68-69页 |
| ·模块度MCC 的计算实现方法 | 第69-75页 |
| ·网络中最短路径的计算方法 | 第70-71页 |
| ·网络模块间节点对最短路径的一般计算方法 | 第71-72页 |
| ·求模块间节点对最小路径的DNM 算法 | 第72-74页 |
| ·两种实现算法在并行计算方面的比较 | 第74-75页 |
| ·功能模块性判定准则 | 第75-76页 |
| ·转录因子调控网络的功能模块性分析 | 第76-79页 |
| ·数据集与功能模块定义结果 | 第77页 |
| ·功能模块性分析结果 | 第77-79页 |
| ·蛋白质相互作用网络功能模块性分析 | 第79-83页 |
| ·数据集 | 第80-81页 |
| ·功能模块定义 | 第81-82页 |
| ·功能模块性分析结果 | 第82-83页 |
| ·蛋白质相互作用网络与转录因子调控网络功能模块性的比较 | 第83-85页 |
| ·功能模块性指标MCC 与其他模块度指标的比较 | 第85-86页 |
| ·本章小结 | 第86-88页 |
| 第五章 代谢网络通路模块性的进化相关分析 | 第88-106页 |
| ·引言 | 第88页 |
| ·数据集与通路模块定义 | 第88-94页 |
| ·代谢通路数据 | 第88-90页 |
| ·根据代谢通路构建代谢网络酶图 | 第90-92页 |
| ·代谢网络酶图通路模块的定义 | 第92页 |
| ·系统发育树与进化距离 | 第92-94页 |
| ·真核生物的通路模块性分析 | 第94-97页 |
| ·多物种通路模块性与进化距离的相关分析 | 第97-104页 |
| ·真核生物的通路模块性与进化距离之间的关系 | 第97-98页 |
| ·细菌的通路模块性与进化距离成正比 | 第98-102页 |
| ·古生菌的通路模块性与进化距离之间的关系 | 第102-104页 |
| ·本章小结 | 第104-106页 |
| 第六章 条件特异的基因调控网络模块识别方法研究 | 第106-124页 |
| ·引言 | 第106页 |
| ·基因表达微分方程模型 | 第106-107页 |
| ·基因表达的微分方程模型 | 第107页 |
| ·模型的改进 | 第107页 |
| ·数据集 | 第107-109页 |
| ·基于GA 方法的模型求解 | 第109-114页 |
| ·GA 算法简介 | 第109-111页 |
| ·模型求解过程 | 第111-114页 |
| ·模型求解结果 | 第114页 |
| ·结果评价与比较 | 第114-118页 |
| ·性能评价指标简介 | 第114-117页 |
| ·GEDEM 与TBA 算法的性能比较 | 第117页 |
| ·我们数据集的条件特异调控子网 | 第117-118页 |
| ·共调控转录因子的相关分析与调控复合物的识别 | 第118-120页 |
| ·条件特异调控子网和静态网络中共调控转录因子间的相关性 | 第118-119页 |
| ·GEDEM 识别的调控复合物 | 第119-120页 |
| ·方法的适用性 | 第120-121页 |
| ·酵母中组合调控的普遍性 | 第120页 |
| ·GEDEM 扩展使用的能力和限制 | 第120-121页 |
| ·GEDEM 对数据集的要求 | 第121页 |
| ·本章小结 | 第121-124页 |
| 第七章 结论与展望 | 第124-128页 |
| ·工作总结 | 第124-126页 |
| ·生物学网络功能模块性分析的深入研究 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-144页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第144-146页 |
| 附录A 细菌各物种通路模块性判定的指标值 | 第146-148页 |
| 附录B 显著相关的共调控转录因子集列表 | 第148-156页 |
