| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-28页 |
| 1.1 大豆种皮色相关基因研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2 植物滞绿的研究 | 第17-23页 |
| 1.2.1 滞绿的定位及类型 | 第17-18页 |
| 1.2.2 叶绿素降解 | 第18-22页 |
| 1.2.2.1 叶绿素-蛋白复合体及其衰老过程中的变化 | 第18-19页 |
| 1.2.2.2 叶绿素降解过程 | 第19-20页 |
| 1.2.2.3 叶绿素降解过程相关基因 | 第20-22页 |
| 1.2.3 大豆滞绿性状的研究 | 第22-23页 |
| 1.3 图位克隆在大豆基因发掘中的应用 | 第23-27页 |
| 1.3.1 控制开花和成熟的基因的图位克隆和功能分析 | 第23-24页 |
| 1.3.2 抗病虫基因的图位克隆 | 第24-25页 |
| 1.3.3 耐逆基因的图位克隆 | 第25页 |
| 1.3.4 结荚习性相关基因的图位克隆 | 第25-26页 |
| 1.3.5 产量相关基因的图位克隆 | 第26页 |
| 1.3.6 种子、叶片形态基因的图位克隆 | 第26-27页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 GWAS结合BSA分析鉴定验证大豆种皮色相关位点 | 第28-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-30页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第28-29页 |
| 2.1.2 基因型数据分析 | 第29页 |
| 2.1.3 关联分析 | 第29页 |
| 2.1.4 基因组DNA提取 | 第29页 |
| 2.1.5 分子标记检测 | 第29-30页 |
| 2.1.6 群体分离分析和精细定位 | 第30页 |
| 2.1.7 不同位点的遗传分析 | 第30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-41页 |
| 2.2.1 基于重测序的全基因组关联分析 | 第30-35页 |
| 2.2.1.1 SNP标记的选择及分布分析 | 第30-32页 |
| 2.2.1.2 群体遗传结构分析 | 第32-33页 |
| 2.2.1.3 利用关联分析鉴定种皮色相关位点 | 第33-35页 |
| 2.2.2 利用双亲群体验证关联的种皮色位点 | 第35-38页 |
| 2.2.3 结合关联分析和BSA分析精细定位鉴定的位点 | 第38-40页 |
| 2.2.4 分子标记的开发和不同位点的互作 | 第40-41页 |
| 2.3 讨论 | 第41-44页 |
| 第三章 大豆黄绿种皮位点qsC1的图位克隆和候选基因鉴定 | 第44-60页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-47页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第44页 |
| 3.1.2 基因组DNA提取 | 第44-45页 |
| 3.1.3 引物筛选与PCR反应 | 第45页 |
| 3.1.4 叶绿素含量测定 | 第45页 |
| 3.1.5 亚细胞定位 | 第45页 |
| 3.1.6 序列比对与系统发育分析 | 第45-46页 |
| 3.1.7 农杆菌介导的烟草瞬时表达 | 第46页 |
| 3.1.8 RNA的提取和反转录 | 第46页 |
| 3.1.9 引物筛选与PCR反应 | 第46-47页 |
| 3.1.10 不同品种GmSG基因序列的变异 | 第47页 |
| 3.2 结果与分析 | 第47-58页 |
| 3.2.1 种皮色qSC1 位点的图位克隆 | 第47-50页 |
| 3.2.1.1 qSC1近等基因系在种子成熟和叶片衰老过程中均保持绿色 | 第47-49页 |
| 3.2.1.2 qSC1位点的精细定位和图位克隆 | 第49-50页 |
| 3.2.2 候选基因分析 | 第50-57页 |
| 3.2.2.1 qSC1位点候选基因 | 第50-52页 |
| 3.2.2.2 候选基因特性分析及亚细胞定位 | 第52-55页 |
| 3.2.2.3 候选基因表达模式分析 | 第55-56页 |
| 3.2.2.4 叶绿素降解及衰老途径基因表达分析 | 第56-57页 |
| 3.2.3 大豆驯化过程中qSC1候选基因GmSG的选择 | 第57-58页 |
| 3.3 讨论 | 第58-60页 |
| 第四章 大豆滞绿基因GMSG的功能研究 | 第60-86页 |
| 4.1 材料和方法 | 第61-62页 |
| 4.1.1 实验材料及种植条件 | 第61页 |
| 4.1.2 叶绿体超微结构观察 | 第61页 |
| 4.1.3 植物总RNA提取及cDNA文库的构建 | 第61页 |
| 4.1.4 原始数据的过滤和参考基因组的比对 | 第61页 |
| 4.1.5 基因表达分析 | 第61-62页 |
| 4.1.6 差异表达基因分析 | 第62页 |
| 4.1.7 GO富集和KEGG途径分析 | 第62页 |
| 4.2 结果和分析 | 第62-85页 |
| 4.2.1 过表达GmSG大豆植株叶片和种皮滞绿 | 第62-66页 |
| 4.2.2 过表达ProGmSG:GmSG促进叶片中叶绿体降解 | 第66页 |
| 4.2.3 过表达GmSG叶片离体暗处理表型鉴定 | 第66-67页 |
| 4.2.4 离体黑暗处理下ProGmSG:GmSG转基因叶片的转录组 | 第67-85页 |
| 4.2.4.1 转录组测序数据分析 | 第67-68页 |
| 4.2.4.2 差异表达基因分析 | 第68-73页 |
| 4.2.4.3 光系统及叶绿素降解衰老相关基因的表达分析 | 第73-75页 |
| 4.2.4.4 叶绿素降解衰老相关基因的表达分析 | 第75-77页 |
| 4.2.4.5 目的基因表达趋势相关基因分析 | 第77-80页 |
| 4.2.4.6 与衰老相关的植物激素基因的表达分析 | 第80-83页 |
| 4.2.4.7 叶绿素降解途径及与其相关的激素基因的表达 | 第83页 |
| 4.2.3.8 过表达GmSG可以抑制乙烯衰老途径 | 第83-85页 |
| 4.3 讨论 | 第85-86页 |
| 第五章 大豆子叶滞绿基因的定位 | 第86-94页 |
| 5.1 材料与方法 | 第86-87页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第86页 |
| 5.1.2 基因组DNA提取 | 第86-87页 |
| 5.1.3 测序文库构建及Illumina测序 | 第87页 |
| 5.1.4 关联区域定位 | 第87页 |
| 5.1.5 位点验证及精细定位 | 第87页 |
| 5.1.6 RNA提取、cDNA合成和PCR扩增 | 第87页 |
| 5.2 结果与分析 | 第87-92页 |
| 5.2.1 分离群体遗传分析 | 第87-88页 |
| 5.2.2 BSA测序数据统计 | 第88-89页 |
| 5.2.3 利用测序数据进行BSA定位 | 第89-90页 |
| 5.2.4 BSA定位在群体的验证及精细定位 | 第90-91页 |
| 5.2.5 候选基因分析 | 第91-92页 |
| 5.3 讨论 | 第92-94页 |
| 第六章 全文结论 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-109页 |
| 附录 | 第109-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 作者简历 | 第114页 |
