| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语表 | 第8-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-28页 |
| 1.1 珊瑚礁生态系统概述 | 第15-22页 |
| 1.1.1 珊瑚起源与进化 | 第15-16页 |
| 1.1.2 珊瑚钙化过程与原理 | 第16-17页 |
| 1.1.3 珊瑚共生体概述 | 第17-22页 |
| 1.1.3.1 珊瑚-藻共生的重要性 | 第19-20页 |
| 1.1.3.2 共生藻基因型多样性 | 第20-22页 |
| 1.2 全球变化对珊瑚礁生态系统的影响 | 第22-26页 |
| 1.2.1 温度胁迫对珊瑚的影响 | 第23-24页 |
| 1.2.2 海洋酸化对珊瑚的影响 | 第24页 |
| 1.2.3 珊瑚白化 | 第24-26页 |
| 1.3 虫黄藻对珊瑚响应环境胁迫的调控 | 第26-28页 |
| 第2章 虫黄藻ITS2 rDNA条形码数据库构建 | 第28-42页 |
| 2.1 引言 | 第28-31页 |
| 2.2 材料与方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 技术路线图 | 第31-32页 |
| 2.2.2 数据挖掘 | 第32-33页 |
| 2.2.2.1 虫黄藻rDNA GenBank开放数据库 | 第32页 |
| 2.2.2.2 虫黄藻ITS2专业参考数据库 | 第32-33页 |
| 2.2.3 生物信息学分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 ITS2 rDNA条形码数据库的构建 | 第34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-41页 |
| 2.3.1 来自GenBank的虫黄藻rDNA序列的注释错误 | 第34-35页 |
| 2.3.2 来自专业数据库的虫黄藻ITS2序列的冗余性 | 第35-40页 |
| 2.3.3 虫黄藻ITS2定制数据库的效用 | 第40-41页 |
| 2.4 小结 | 第41-42页 |
| 第3章 自然环境中珊瑚内共生虫黄藻基因型多样性 | 第42-59页 |
| 3.1 引言 | 第42-43页 |
| 3.2 材料与方法 | 第43-47页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第43-44页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第44-47页 |
| 3.2.2.1 DNA提取与纯化 | 第44-45页 |
| 3.2.2.2 珊瑚种类鉴定 | 第45-46页 |
| 3.2.2.3 虫黄藻rDNA目的片段PCR扩增 | 第46页 |
| 3.2.2.4 文库建立和二代高通量测序 | 第46-47页 |
| 3.3 数据处理与分析 | 第47-48页 |
| 3.3.1 质量筛选并去除嵌合体 | 第47页 |
| 3.3.2 OTU聚类及物种注释 | 第47页 |
| 3.3.3 高通量数据质控与下游分析 | 第47-48页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第48-57页 |
| 3.4.1 测序数据质控报告 | 第48-50页 |
| 3.4.2 虫黄藻多样性指数 | 第50-51页 |
| 3.4.3 虫黄藻支系种群结构 | 第51-53页 |
| 3.4.4 虫黄藻亚支系种群结构 | 第53-55页 |
| 3.4.5 虫黄藻系统进化及生物地理 | 第55-57页 |
| 3.5 小结 | 第57-59页 |
| 第4章 高温胁迫对珊瑚内共生虫黄藻种群结构的影响 | 第59-70页 |
| 4.1 引言 | 第59-60页 |
| 4.2 材料与方法 | 第60-63页 |
| 4.2.1 实验珊瑚及培养 | 第60-61页 |
| 4.2.2 人工海水温度控制系统 | 第61页 |
| 4.2.3 珊瑚生理 | 第61-62页 |
| 4.2.3.1 珊瑚白化率测定 | 第61页 |
| 4.2.3.2 虫黄藻最大光量子效率测定 | 第61-62页 |
| 4.2.4 分子样品采集及DNA提取 | 第62页 |
| 4.2.5 实时荧光定量PCR | 第62页 |
| 4.2.6 二代高通量测序 | 第62-63页 |
| 4.3 数据处理与分析 | 第63页 |
| 4.3.1 实时定量PCR数据分析 | 第63页 |
| 4.3.2 高通量测序数据分析 | 第63页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第63-69页 |
| 4.4.1 珊瑚白化率 | 第63-64页 |
| 4.4.2 虫黄藻光合效率 | 第64-65页 |
| 4.4.3 高温胁迫下虫黄藻种群结构的动态变化 | 第65-69页 |
| 4.4.3.1 基于28S荧光定量PCR的虫黄藻支系变化 | 第65-66页 |
| 4.4.3.2 基于ITS2高通量测序的虫黄藻亚支系变化 | 第66-69页 |
| 4.5 小结 | 第69-70页 |
| 第5章 总结与展望 | 第70-72页 |
| 5.1 主要研究结果 | 第70页 |
| 5.2 创新性与突破 | 第70-71页 |
| 5.3 不足与展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-90页 |
| 附件 | 第90-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
