| 英文缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 BACE-1的功能简介 | 第12-15页 |
| 1.1.1 阿尔兹海默症简介 | 第12-13页 |
| 1.1.2 BACE-1的结构特点 | 第13-14页 |
| 1.1.3 BACE-1抑制剂简述 | 第14-15页 |
| 1.2 AspDyad质子化状态的研究背景 | 第15-17页 |
| 1.2.1 AspDyad质子化状态确定的意义 | 第15-16页 |
| 1.2.2 AspDyad质子化状态确定的方法 | 第16-17页 |
| 1.3 理论方法概述 | 第17-22页 |
| 1.3.1 分子动力学模拟 | 第17-19页 |
| 1.3.2 自由能计算方法 | 第19-22页 |
| 1.3.2.1 自由能微扰 | 第20页 |
| 1.3.2.2 热力学积分 | 第20-21页 |
| 1.3.2.3 MM/PBSA | 第21-22页 |
| 1.4 课题研究内容和创新点 | 第22-24页 |
| 1.4.1 课题研究内容 | 第22-23页 |
| 1.4.2 课题创新之处 | 第23-24页 |
| 第二章 比较MD和TI方法确定质子化状态的效率 | 第24-36页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 模拟细节 | 第25-28页 |
| 2.2.1 经典分子动力学模拟 | 第25-27页 |
| 2.2.2 热力学积分计算 | 第27-28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-34页 |
| 2.3.1 力场对经典MD模拟结果的影响 | 第28-29页 |
| 2.3.2 截断值对经典MD模拟结果的影响 | 第29-30页 |
| 2.3.3 模拟时长对经典MD结果的影响 | 第30-32页 |
| 2.3.4 采用TI模拟方法确定质子化状态 | 第32-34页 |
| 2.4 结论 | 第34-36页 |
| 第三章 发展快速确定AspDyad质子化状态的方法 | 第36-49页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 快速计算自由能方法 | 第37-40页 |
| 3.3 模拟细节 | 第40-42页 |
| 3.3.1 模型体系准备 | 第40-41页 |
| 3.3.2 热力学积分计算 | 第41-42页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第42-48页 |
| 3.4.1 快速计算自由能方法确定质子化状态 | 第42-44页 |
| 3.4.2 快速计算自由能方法中的关键因素 | 第44-48页 |
| 3.5 结论 | 第48-49页 |
| 第四章 发展多价态AspDyad质子化状态确定的方法 | 第49-54页 |
| 4.1 引言 | 第49-51页 |
| 4.2 模拟方法 | 第51-52页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第52-53页 |
| 4.3.1 验证方法的可靠性 | 第52-53页 |
| 4.4 结论 | 第53-54页 |
| 第五章 AspDyad质子化状态与抑制剂活性的相关性 | 第54-58页 |
| 5.1 引言 | 第54页 |
| 5.2 实验细节 | 第54-55页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第55-57页 |
| 5.4 结论 | 第57-58页 |
| 全文总结 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 附录1 (攻读学位期间发表论文目录) | 第69-70页 |
| 附录2 (图表) | 第70-73页 |
