| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-12页 |
| 引言 | 第16-18页 |
| 第一章 综述 | 第18-33页 |
| 1.1 低温压力对鱼类生理功能的影响 | 第18-20页 |
| 1.2 表观遗传修饰与低温压力 | 第20-23页 |
| 1.3 长非编码RNA(Long noncoding RNAs,lncRNAs)与低温压力 | 第23-24页 |
| 1.4 增强子元件研究进展 | 第24-33页 |
| 1.4.1 增强子作用模型 | 第25页 |
| 1.4.2 介导启动子与增强子识别与接触的分子 | 第25-27页 |
| 1.4.3 增强子的预测 | 第27-28页 |
| 1.4.4 探索染色质空间结构的技术 | 第28-30页 |
| 1.4.5 增强子研究的应用 | 第30-31页 |
| 1.4.6 展望 | 第31-33页 |
| 第二章 斑马鱼细胞ZF4中低温驯化相关lncRNAs的筛选与功能预测 | 第33-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-38页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第33页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.3 细胞培养及处理 | 第34页 |
| 2.1.4 RNA-seq | 第34页 |
| 2.1.5 RNA-seq数据比对和转录本的组装 | 第34页 |
| 2.1.6 lncRNAs的鉴定 | 第34-35页 |
| 2.1.7 lncRNA靶基因预测 | 第35页 |
| 2.1.8 基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因和基因组的百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析 | 第35-36页 |
| 2.1.9 荧光定量PCR(qPCR) | 第36-38页 |
| 2.2 结果 | 第38-44页 |
| 2.2.1 ZF4细胞中新lncRNAs的鉴定 | 第38-40页 |
| 2.2.2 低温驯化对lncRNAs表达的影响 | 第40-41页 |
| 2.2.3 响应低温压力lncRNAs靶基因预测及功能的分析 | 第41-43页 |
| 2.2.4 qPCR验证低温压力对lncRNA和靶基因的表达影响 | 第43-44页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第44-47页 |
| 第三章 寒冷驯化对斑马鱼细胞ZF4全基因组组蛋白修饰的影响 | 第47-77页 |
| 3.1 材料与方法 | 第47-56页 |
| 3.1.1 主要试剂 | 第47-48页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第48-49页 |
| 3.1.3 抗体 | 第49页 |
| 3.1.4 试剂配制 | 第49-50页 |
| 3.1.5 细胞培养与处理 | 第50页 |
| 3.1.6 Westernblotting | 第50-52页 |
| 3.1.7 染色质免疫共沉淀 | 第52-53页 |
| 3.1.8 建库与测序 | 第53页 |
| 3.1.9 ChIP-seq数据处理 | 第53-54页 |
| 3.1.10 基因集富集分析(Genes etenrichment analysis,GSEA) | 第54页 |
| 3.1.11 GO与KEGG富集分析 | 第54页 |
| 3.1.12 qPCR | 第54-55页 |
| 3.1.13 ChIP-qPCR | 第55-56页 |
| 3.1.14 增强子预测 | 第56页 |
| 3.2 结果 | 第56-73页 |
| 3.2.1 全基因组整体组蛋白修饰变化 | 第56-58页 |
| 3.2.2 Western blotting检测低温处理后组蛋白修饰变化 | 第58页 |
| 3.2.3 组蛋白修饰差异富集分析 | 第58-60页 |
| 3.2.4 组蛋白修饰差异富集位点在基因组上的分布 | 第60-63页 |
| 3.2.5 GSEA分析 | 第63-65页 |
| 3.2.6 ChIP-qPCR与qPCR验证 | 第65-66页 |
| 3.2.7 差异组蛋白修饰的GO和KEGG富集分析 | 第66-71页 |
| 3.2.8 冷驯化相关增强子元件预测与功能分析 | 第71-73页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第73-77页 |
| 结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-91页 |
| 博士期间发表的文章 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
