| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 生物背景 | 第14-16页 |
| 1.1.1 基因表达与调控 | 第14-15页 |
| 1.1.2 转录调控与结合位点 | 第15-16页 |
| 1.2 什么是模体发现 | 第16-17页 |
| 1.3 模体发现的大数据集 | 第17-18页 |
| 1.4 本文工作 | 第18-20页 |
| 第二章 模体发现相关知识 | 第20-30页 |
| 2.1 模体发现基础知识 | 第20-23页 |
| 2.1.1 问题定义 | 第20页 |
| 2.1.2 问题难度分析 | 第20-21页 |
| 2.1.3 模体打分与评价 | 第21-23页 |
| 2.2 模体发现算法研究现状 | 第23-28页 |
| 2.2.1 单模体发现研究现状 | 第23-25页 |
| 2.2.2 结构模体发现研究现状 | 第25-27页 |
| 2.2.3 现有模体发现面对大数据集的挑战性 | 第27-28页 |
| 2.3 本章小结 | 第28-30页 |
| 第三章 DNA序列大数据集样本序列选择算法 | 第30-50页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 样本序列选择的必要性 | 第30-32页 |
| 3.3 方法 | 第32-40页 |
| 3.3.1 基本思路 | 第32-33页 |
| 3.3.2 词频统计 | 第33-36页 |
| 3.3.3 高频子串获取 | 第36-38页 |
| 3.3.4 高频子串聚类 | 第38-40页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第40-48页 |
| 3.4.1 数据和实验设置 | 第40-42页 |
| 3.4.2 加速基于后缀树的模式驱动q PMS算法的结果 | 第42-45页 |
| 3.4.3 加速基于样本模式驱动的q PMS算法的结果 | 第45-47页 |
| 3.4.4 真实数据的结果 | 第47-48页 |
| 3.5 本章小结 | 第48-50页 |
| 第四章 DNA序列大数据集结构模体发现算法 | 第50-64页 |
| 4.1 引言 | 第50页 |
| 4.2 方法 | 第50-57页 |
| 4.2.1 基本思路 | 第50-52页 |
| 4.2.2 词频统计 | 第52-53页 |
| 4.2.3 峰值子串搜索 | 第53-55页 |
| 4.2.4 峰值子串分组 | 第55-57页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第57-63页 |
| 4.3.1 数据和实验设置 | 第57-59页 |
| 4.3.2 模拟数据实验结果 | 第59-62页 |
| 4.3.3 真实数据实验结果 | 第62-63页 |
| 4.4 本章小结 | 第63-64页 |
| 第五章 总结展望 | 第64-66页 |
| 5.1 研究总结 | 第64页 |
| 5.2 研究展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 作者简介 | 第72-73页 |