| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-15页 |
| 1.2.1 国外研究现状 | 第11-14页 |
| 1.2.2 国内研究现状 | 第14页 |
| 1.2.3 国内外研究现状分析 | 第14-15页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第15-16页 |
| 1.4 章节安排 | 第16-18页 |
| 第2章 大规模半结构化生物数据查询算法 | 第18-36页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 半结构化生物数据的存储 | 第18-25页 |
| 2.2.1 XML文档的解析 | 第20-22页 |
| 2.2.2 XML文档存储到HDFS | 第22-23页 |
| 2.2.3 XML文档存储到Hbase | 第23-25页 |
| 2.3 查询预处理 | 第25-29页 |
| 2.3.1 简单Xpath语句的翻译 | 第25-26页 |
| 2.3.2 含有谓语的Xpath语句的翻译 | 第26-29页 |
| 2.4 基于MAPREDUCE的半结构生物数据查询 | 第29-35页 |
| 2.4.1 Map阶段的工作 | 第30-32页 |
| 2.4.2 Reduce阶段的工作 | 第32-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 大规模结构化生物数据查询算法 | 第36-45页 |
| 3.1 引言 | 第36页 |
| 3.2 结构化生物数据的存储 | 第36-38页 |
| 3.3 基于MAPREDUCE的结构化生物数据查询 | 第38-40页 |
| 3.4 查询性能优化 | 第40-44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 大规模生物数据管理系统设计与实现 | 第45-60页 |
| 4.1 引言 | 第45页 |
| 4.2 系统架构设计 | 第45-47页 |
| 4.3 系统功能结构设计 | 第47-50页 |
| 4.3.1 生物数据存储模块 | 第47-48页 |
| 4.3.2 生物数据查询模块 | 第48-49页 |
| 4.3.3 性能优化模块 | 第49-50页 |
| 4.4 数据库设计 | 第50-52页 |
| 4.5 大规模生物数据管理系统实现 | 第52-59页 |
| 4.5.1 生物数据存储模块实现 | 第52-55页 |
| 4.5.2 生物数据查询模块实现 | 第55-57页 |
| 4.5.3 性能优化模块实现 | 第57-59页 |
| 4.6 本章小结 | 第59-60页 |
| 第五章 实验及结果分析 | 第60-70页 |
| 5.1 实验环境 | 第60-61页 |
| 5.2 实验设计 | 第61-63页 |
| 5.3 实验结果 | 第63-69页 |
| 5.3.1 生物文档数据的存储 | 第63-66页 |
| 5.3.2 XML生物文档数据查询测试 | 第66-67页 |
| 5.3.3 VCF生物文档数据查询测试 | 第67-69页 |
| 5.4 本章小结 | 第69-70页 |
| 结论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-77页 |
| 致谢 | 第77页 |