| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略术语表 | 第9-12页 |
| 致谢 | 第12-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 植物中不同的复制类型导致蛋白家族成员扩增 | 第13-14页 |
| 1.2 植物非编码RNA作为主要组件形成RNA指导下的DNA甲基化(RdDM)通路 | 第14-17页 |
| 1.3 植物长非编码RNA概述 | 第17-22页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 第2章 植物特有的TIFY家族的起源和进化研究 | 第24-44页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第25页 |
| 2.2.2 多序列比对和结构分析 | 第25-26页 |
| 2.2.3 系统发育树和基因结构分析 | 第26页 |
| 2.2.4 同线性分析和Ka/Ks计算 | 第26页 |
| 2.3 结果 | 第26-41页 |
| 2.3.1 TIFY蛋白鉴定和分类 | 第26-29页 |
| 2.3.2 TIFY家族的特征 | 第29-32页 |
| 2.3.3 TIFY家族的基因结构 | 第32-34页 |
| 2.3.4 TIFY家族的系统发育树构建 | 第34-37页 |
| 2.3.5 TIFY基因的复制 | 第37-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-44页 |
| 2.4.1 植物特异的TIFY结构域和新转录因子的起源 | 第41-42页 |
| 2.4.2 JAZ亚家族的保守模体及其可能功能 | 第42-43页 |
| 2.4.3 TIFY家族的扩增 | 第43-44页 |
| 第3章 拟南芥编码基因复制模式对RdDM通路的影响 | 第44-53页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 方法 | 第44-46页 |
| 3.2.1 拟南芥蛋白基因的复制模式和转座原件的注释 | 第44-45页 |
| 3.2.2 AG04和Pol V结合位点的数据收集 | 第45页 |
| 3.2.3 Pol Ⅳ-依赖和Pol Ⅴ-依赖的siRNA产生位置的鉴定 | 第45-46页 |
| 3.2.4 基因体的甲基化水平的分化 | 第46页 |
| 3.3 结果 | 第46-51页 |
| 3.3.1 拟南芥中蛋白编码基因复制模式与TE的关系 | 第46-47页 |
| 3.3.2 蛋白编码基因复制模式与RdDM过程siRNA产生关系 | 第47-48页 |
| 3.3.3 蛋白编码基因复制模式与AG04结合位点、Pol V结合位点 | 第48-50页 |
| 3.3.4 蛋白编码基因复制模式与基因体的DNA甲基化分化的关系 | 第50-51页 |
| 3.4 讨论 | 第51-53页 |
| 第4章 构建拟南芥基于lncRNA的RNA调控网络 | 第53-67页 |
| 4.1 引言 | 第53-54页 |
| 4.2 方法 | 第54-56页 |
| 4.2.1 数据收集 | 第54页 |
| 4.2.2 lncRNA注释 | 第54-55页 |
| 4.2.3 ChIP-seq数据分析 | 第55页 |
| 4.2.4 比较基因组的分析拟南芥中的保守性 | 第55页 |
| 4.2.5 MiRNA预测和降级组数据分析 | 第55-56页 |
| 4.2.6 NAT的预测 | 第56页 |
| 4.3 结果 | 第56-65页 |
| 4.3.1 lncRNA注释 | 第56-59页 |
| 4.3.2 染色体修饰分析 | 第59-61页 |
| 4.3.3 降解组数据验证mi RNA切割lncRNA | 第61-63页 |
| 4.3.4 lncRNA和蛋白编码转录本形成NAT | 第63-65页 |
| 4.4 讨论 | 第65-67页 |
| 第5章 结论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-76页 |
| 附录 | 第76-77页 |
