| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-25页 |
| 1.1 microRNA 的发现 | 第12页 |
| 1.2 microRNA 的特征 | 第12-13页 |
| 1.3 microRNA 基因起源 | 第13页 |
| 1.4 microRNA 的生物发生 | 第13-15页 |
| 1.5 microRNA 双链的加工后修饰 | 第15页 |
| 1.6 microRNA 的成熟 | 第15页 |
| 1.7 micorRNA 的降解 | 第15-16页 |
| 1.8 microRNA 的作用方式 | 第16-17页 |
| 1.9 microRNA 的生物学功能 | 第17页 |
| 1.10 microRNA 与逆境胁迫 | 第17-18页 |
| 1.11 microRNA 挖掘方法 | 第18-19页 |
| 1.12 microRNA 差异分析方法 | 第19-21页 |
| 1.13 microRNA 的靶标预测 | 第21-22页 |
| 1.14 靶基因的功能注释 | 第22-23页 |
| 1.15 本研究的目的及意义 | 第23-25页 |
| 第二章 植物 miRNA 分析软件 miR-island 的开发 | 第25-36页 |
| 2.1 实验条件 | 第25页 |
| 2.2 相关软件 | 第25页 |
| 2.3 测试数据及其预处理 | 第25-26页 |
| 2.4 小 RNA 测序数据分析流程 | 第26-31页 |
| 2.4.1 基因组检查 | 第27-29页 |
| 2.4.2 已知 miRNA 的定量与差异分析 | 第29页 |
| 2.4.3 将序列比对到参考基因组上 | 第29页 |
| 2.4.4 潜在前体的剪切 | 第29页 |
| 2.4.5 前体序列的二级结构折叠 | 第29-30页 |
| 2.4.6 新 miRNA 的识别、定量与差异分析 | 第30-31页 |
| 2.5 miR-island 程序性能评价 | 第31-34页 |
| 2.6 讨论 | 第34-36页 |
| 第三章 番茄 miRNA 的识别、差异分析及功能分析 | 第36-42页 |
| 3.1 材料 | 第36页 |
| 3.2 方法 | 第36页 |
| 3.3 结果 | 第36-40页 |
| 3.3.1 测序数据统计 | 第36-37页 |
| 3.3.2 小 RNA 的分类注释 | 第37-38页 |
| 3.3.3 已注释 miRNA 的定量和差异表达分析 | 第38页 |
| 3.3.4 全新 miRNA 的识别、定量及差异表达分析 | 第38-39页 |
| 3.3.5 差异 miRNA 的靶基因预测及功能注释 | 第39-40页 |
| 3.4 讨论 | 第40-42页 |
| 第四章 结论 | 第42-44页 |
| 4.1 开发了一款植物 miRNA 识别和定量软件 miR-island | 第42页 |
| 4.2 找到一条与番茄灰霉菌胁迫相关的 miRNA | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-50页 |
| 附录 | 第50-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 作者简介 | 第64页 |
