基于网络模型的癌症致病模式挖掘方法
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 符号对照表 | 第12-14页 |
| 缩略语对照表 | 第14-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-27页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第19-20页 |
| 1.2 研究进展与存在问题 | 第20-23页 |
| 1.2.1 国内外研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2.2 存在问题 | 第22-23页 |
| 1.3 本文研究内容及组织结构 | 第23-27页 |
| 1.3.1 研究思路与主要贡献 | 第23-25页 |
| 1.3.2 本文组织结构 | 第25-27页 |
| 第二章 基于粗糙模糊集的网络模块挖掘算法 | 第27-51页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 粗糙模糊聚类 | 第28-31页 |
| 2.2.1 粗糙模糊集的基本术语 | 第28-30页 |
| 2.2.2 网络节点相似性定义 | 第30页 |
| 2.2.3 重叠节点处理方法 | 第30-31页 |
| 2.3 粗糙模糊聚类算法 | 第31-34页 |
| 2.3.1 RFC算法步骤 | 第31页 |
| 2.3.2 RFC算法实例 | 第31-34页 |
| 2.4 算法实验验证 | 第34-38页 |
| 2.4.1 互信息 | 第35页 |
| 2.4.2 参数设置 | 第35-36页 |
| 2.4.3 合成网络 | 第36-37页 |
| 2.4.4 社交网络 | 第37-38页 |
| 2.5 蛋白质网络中的应用 | 第38-48页 |
| 2.5.1 评价指标 | 第38-40页 |
| 2.5.2 蛋白质网络数据集 | 第40-41页 |
| 2.5.3 有权网络复合体挖掘 | 第41-44页 |
| 2.5.4 无权网络复合体挖掘 | 第44-48页 |
| 2.6 本章小结 | 第48-51页 |
| 第三章 基于网络模型的癌症重叠驱动通路挖掘算法 | 第51-71页 |
| 3.1 引言 | 第51-54页 |
| 3.2 驱动通路挖掘 | 第54-59页 |
| 3.2.1 互斥度和覆盖度 | 第54-56页 |
| 3.2.2 突变基因网络构建 | 第56-57页 |
| 3.2.3 驱动通路挖掘算法 | 第57-58页 |
| 3.2.4 参数设置 | 第58-59页 |
| 3.3 实验验证和结果分析 | 第59-70页 |
| 3.3.1 模拟数据 | 第59-60页 |
| 3.3.2 真实体细胞突变数据 | 第60-70页 |
| 3.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 基于网络模型的癌症失调模块挖掘算法 | 第71-81页 |
| 4.1 引言 | 第71-73页 |
| 4.2 基因突变和表达数据集成方法 | 第73-74页 |
| 4.3 失调模块挖掘 | 第74-75页 |
| 4.3.1 互斥度和权重度 | 第74-75页 |
| 4.3.2 关联互斥基因网络构建 | 第75页 |
| 4.3.3 失调模块挖掘算法 | 第75页 |
| 4.4 实验验证和结果分析 | 第75-79页 |
| 4.4.1 神经胶质瘤基因突变和表达数据 | 第76页 |
| 4.4.2 实验结果分析 | 第76-79页 |
| 4.5 本章小结 | 第79-81页 |
| 第五章 基于网络模型的癌症演化通路挖掘算法 | 第81-95页 |
| 5.1 引言 | 第81-82页 |
| 5.2 演化模型和演化率定义 | 第82-85页 |
| 5.2.1 通路线性演化模型 | 第82-83页 |
| 5.2.2 演化率定义 | 第83-85页 |
| 5.3 癌症演化通路挖掘 | 第85-87页 |
| 5.3.1 基于近似互斥的基因网络构建 | 第85-86页 |
| 5.3.2 癌症演化通路挖掘算法 | 第86页 |
| 5.3.3 参数设置 | 第86-87页 |
| 5.4 实验验证和结果分析 | 第87-93页 |
| 5.4.1 模拟数据 | 第88页 |
| 5.4.2 真实体细胞突变数据 | 第88-93页 |
| 5.5 本章小结 | 第93-95页 |
| 第六章 结论 | 第95-99页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第95-96页 |
| 6.2 未来工作展望 | 第96-99页 |
| 参考文献 | 第99-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
| 作者简介 | 第115-117页 |
