| 致谢 | 第5-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| 文献综述 | 第13-31页 |
| 1.1 研究目的和意义 | 第13-15页 |
| 1.2 miRNA 研究进展 | 第15-29页 |
| 1.2.1 miRNA 简介 | 第15页 |
| 1.2.2 miRNA 的结构特点 | 第15-16页 |
| 1.2.3.m iRNA 的合成 | 第16-18页 |
| 1.2.4 miRNA 调控动物基因表达的机制 | 第18-19页 |
| 1.2.5 动物miRNA 的表达调控 | 第19-21页 |
| 1.2.6 miRNA 的功能 | 第21-24页 |
| 1.2.7 miRNA 发现和鉴定方法 | 第24-26页 |
| 1.2.8.m iRNA 靶基因的研究 | 第26-29页 |
| 1.3 基因差异表达研究 | 第29-31页 |
| 第二章 Solexa 技术构建鸡下丘脑miRNA 表达谱 | 第31-53页 |
| 1. 材料方法 | 第31-34页 |
| 1.1 样品采集和总 RNA 提取 | 第31页 |
| 1.2 试验方法 | 第31-34页 |
| 1.2.1 差异表达miRNA 表达谱构建步骤 | 第31-33页 |
| 1.2.2 小 RNA 数据的计算机分析 | 第33页 |
| 1.2.3 预测新的候选miRNAs | 第33页 |
| 1.2.4 miRNA 差异分析 | 第33-34页 |
| 1.2.5 差异miRNA 基因靶基因的预测及功能注释 | 第34页 |
| 2. 结果 | 第34-49页 |
| 2.1 RNA 的纯度与浓度检测 | 第34-36页 |
| 2.2 小 RNA 测序分析结果 | 第36-40页 |
| 2.2.1 小 RNA 测序产生的总读数 | 第36页 |
| 2.2.2 公共及特有序列分析及基因组定位 | 第36-38页 |
| 2.2.3 小 RNA 的片段长度分布情况 | 第38页 |
| 2.2.4 小 RNAs 注释和分类 | 第38-40页 |
| 2.3 已知miRNA 分析 | 第40页 |
| 2.4 已知miRNA 的差异表达分析 | 第40-45页 |
| 2.5 新的候选miRNA 的预测 | 第45页 |
| 2.6 miRNAs 的成簇分析 | 第45-47页 |
| 2.7 靶基因预测及 KEGG 和 GO 分类注释 | 第47-49页 |
| 2.7.1 差异miRNA 靶基因的 KEGG 分析 | 第47-48页 |
| 2.7.2 差异miRNA 靶基因的 GO 注释 | 第48-49页 |
| 3、讨论 | 第49-51页 |
| 3.1 solexa 测序技术 | 第49页 |
| 3.2 鸡1 日龄和36 周龄鸡下丘脑组织miRNA 表达谱差异分析 | 第49-51页 |
| 3.3 鸡下丘脑高丰度表达miRNA 的潜在生物学功能 | 第51页 |
| 4、小结 | 第51-53页 |
| 第三章 鸡下丘脑发育部分差异miRNA 表达谱的验证 | 第53-67页 |
| 1 材料与方法 | 第53-55页 |
| 1.1 实验动物 | 第53页 |
| 1.2 仪器和药品 | 第53-54页 |
| 1.3 实时荧光定量 PCR | 第54-55页 |
| 1.3.1 PCR 反应原理 | 第54页 |
| 1.3.2 合成第一链cDNA | 第54-55页 |
| 1.3.3 实时定量 PCR | 第55页 |
| 1.4 靶基因预测软件 | 第55页 |
| 1.5 实时定量数据分析 | 第55页 |
| 2. 结果 | 第55-62页 |
| 2.1 实时定量 PCR 验证高通量结果 | 第55-57页 |
| 2.1.1 候选miRNA 引物特异性 | 第55-56页 |
| 2.1.2 候选miRNA 在下丘脑中的表达 | 第56-57页 |
| 2.2 miRNA 在不同组织和发育阶段的差异表达谱分析 | 第57-60页 |
| 2.2.1 miR-9 在鸡不同组织间表达谱分析 | 第57-58页 |
| 2.2.2 miR-181a 在鸡不同组织间表达谱分析 | 第58-59页 |
| 2.2.3 miR-92 在鸡不同组织间表达谱分析 | 第59-60页 |
| 2.3 各miRNA 靶基因的代谢途径分析 | 第60-62页 |
| 2.3.1 miR-9 靶基因的代谢途径分析 | 第60-61页 |
| 2.3.2 miR-92 靶基因的代谢途径分析 | 第61页 |
| 2.3.3 miR-181a 靶基因的代谢途径分析 | 第61-62页 |
| 3 讨论 | 第62-66页 |
| 3.1 miRNA 定量检测 | 第62-63页 |
| 3.2 靶基因的功能富集分析 | 第63-66页 |
| 4. 小结 | 第66-67页 |
| 第四章 鸡下丘脑mRNA 数字表达谱的构建及初步分析 | 第67-93页 |
| 1. 材料与方法 | 第67-72页 |
| 1.1 材料 | 第67页 |
| 1.2 主要试剂 | 第67页 |
| 1.3 表达谱构建的步骤 | 第67-68页 |
| 1.4 数据分析 | 第68-70页 |
| 1.4.1 有效数据的获得 | 第68-69页 |
| 1.4.2 干净读数的基因组匹配 | 第69页 |
| 1.4.3 基因注释 | 第69页 |
| 1.4.4 基因差异表达分析 | 第69-70页 |
| 1.4.5 Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第70页 |
| 1.4.6 Pathway 显著性富集分析 | 第70页 |
| 1.5 实时荧光定量 PCR 对测序结果中差异表达的基因的验证 | 第70-72页 |
| 1.5.1 PCR 引物设计与合成 | 第70页 |
| 1.5.2 反转录反应 | 第70-71页 |
| 1.5.3 目的片段的扩增与测序鉴定 | 第71页 |
| 1.5.4 实时荧光定量 PCR | 第71-72页 |
| 1.5.5 统计分析 | 第72页 |
| 2. 结果 | 第72-91页 |
| 2.1 测序数据分析 | 第72-73页 |
| 2.2 饱和度分析 | 第73-74页 |
| 2.3 Clean tag 比对统计分析 | 第74-76页 |
| 2.4 标准化后的mRNAs 数据 | 第76-77页 |
| 2.5 差异基因筛选 | 第77-82页 |
| 2.5 反义链分析 | 第82页 |
| 2.6 差异基因的 KEGG 基因富集分析 | 第82-84页 |
| 2.7 GO 功能分析 | 第84-87页 |
| 2.8 差异基因实时定量 PCR | 第87-89页 |
| 2.9 miRNA 和mRNA 关系分析 | 第89-91页 |
| 3. 讨论 | 第91-92页 |
| 4 小结 | 第92-93页 |
| 第五章 鸡 PMCH 基因的克隆及生物信息学分析 | 第93-112页 |
| 1 材料和方法 | 第94-99页 |
| 1.1 试验材料及来源 | 第94页 |
| 1.2 酶与试剂 | 第94页 |
| 1.3 主要实验仪器 | 第94页 |
| 1.4 常用培养基、缓冲液与试剂的配制 | 第94-95页 |
| 1.5 方法 | 第95-96页 |
| 1.5.1 总 RNA 的提取 | 第95页 |
| 1.5.2 反转录反应 | 第95页 |
| 1.5.3 克隆引物的设计与合成 | 第95-96页 |
| 1.6 目的片段的扩增 | 第96-97页 |
| 1.6.1 反转录合成第一链cDNA | 第96页 |
| 1.6.2 RT 反应 PCR 反应 | 第96页 |
| 1.6.3 目的基因克隆与克隆载体连接 | 第96-97页 |
| 1.6.4 细菌的转化 | 第97页 |
| 1.6.5 菌落 PCR 鉴定阳性克隆与质粒提取 | 第97页 |
| 1.7 5’ RACE 的扩增 | 第97页 |
| 1.8 3′RACE 反转录反应 | 第97-99页 |
| 1.9. PMCH 序列的生物信息学分析软件及方法 | 第99页 |
| 2 结果 | 第99-108页 |
| 2.1 鸡 PMCH 全长 cDNA 的获得 | 第99-100页 |
| 2.2 鸡PMCH mRNA 序列的分析 | 第100-101页 |
| 2.3 成熟蛋白核苷酸、氨基酸序列同源性及进化分析 | 第101页 |
| 2.4 系统发育分析 | 第101-102页 |
| 2.5 鸡PMCH 基因 CDS 区序列的碱基组成及氨基酸组成 | 第102-103页 |
| 2.6 鸡PMCH 蛋白疏水性分析 | 第103页 |
| 2.7 鸡PMCH 蛋白磷酸化位点预测 | 第103-104页 |
| 2.8 鸡PMCH 蛋白跨膜螺旋特征 | 第104页 |
| 2.9 鸡PMCH 蛋白二级结构预测 | 第104-105页 |
| 2.10 鸡PMCH 蛋白信号肽序列的预测 | 第105-106页 |
| 2.11 蛋白氨基酸功能元件分析 | 第106-107页 |
| 2.13 鸡 PMCH 基因miRNA 分析 | 第107-108页 |
| 3. 讨论 | 第108-111页 |
| 3.1 鸡PMCH 基因cDNA 克隆序列的分析 | 第108页 |
| 3.2 鸡PMCH 蛋白结构的预测与分析 | 第108-111页 |
| 4. 小结 | 第111-112页 |
| 第六章 结论、创新点及进一步研究的内容 | 第112-114页 |
| 6.1 结论 | 第112-113页 |
| 6.2 创新点 | 第113页 |
| 6.3 下一步要研究的内容 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-127页 |
| ABSTRACT | 第127-130页 |
| 附表 | 第131-141页 |
| 个人简介 | 第141-143页 |
| 缩略词表 | 第143页 |
