| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第14-25页 |
| 1.1 弓形虫及弓形虫病概述 | 第14-16页 |
| 1.2 生物信息学研究进展 | 第16-19页 |
| 1.3 弓形虫感染后宿主转录组变化的研究进展 | 第19-21页 |
| 1.4 弓形虫感染后宿主miRNA变化的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.5 弓形虫感染后宿主蛋白质组变化的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.6 总结与展望 | 第23-25页 |
| 第二章 弓形虫感染对小鼠脾脏转录组的影响 | 第25-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-28页 |
| 2.1.1 实验动物和虫株 | 第25页 |
| 2.1.2 仪器设备和试剂 | 第25页 |
| 2.1.3 样品处理及收集 | 第25页 |
| 2.1.4 脾脏DNA提取和弓形虫感染鉴定 | 第25-26页 |
| 2.1.5 RNA提取和质量鉴定 | 第26页 |
| 2.1.6 转录组测序和基因组比对 | 第26页 |
| 2.1.7 差异表达基因的鉴定及其生物信息学分析 | 第26-27页 |
| 2.1.8 高通量测序的荧光定量PCR验证 | 第27-28页 |
| 2.2 结果 | 第28-37页 |
| 2.2.1 弓形虫在昆明鼠脾脏中的感染鉴定及RNA质量检测 | 第28页 |
| 2.2.2 高通量测序检测及Q-PCR结果 | 第28-29页 |
| 2.2.3 GO和KEGG分析 | 第29-32页 |
| 2.2.4 脾脏细胞器组分分析 | 第32-37页 |
| 2.2.5 差异转录本的转录因子分析 | 第37页 |
| 2.3 讨论 | 第37-44页 |
| 2.3.1 弓形虫感染后脾脏的细胞因子及其受体变化影响 | 第37-39页 |
| 2.3.2 脾脏先天免疫通路在弓形虫感染中的变化 | 第39页 |
| 2.3.3 弓形虫感染对脾脏线粒体的影响 | 第39-40页 |
| 2.3.4 弓形虫感染对脾脏细胞骨架组分的影响 | 第40-41页 |
| 2.3.5 弓形虫感染对脾脏内吞溶酶体组分的影响 | 第41-42页 |
| 2.3.6 弓形虫感染对脾脏高尔基体组分的影响 | 第42页 |
| 2.3.7 弓形虫感染对脾脏内质网组分的影响 | 第42-43页 |
| 2.3.8 脾脏差异转录本的转录因子分析 | 第43-44页 |
| 第三章 弓形虫感染对小鼠脾脏mi RNA表达的影响 | 第44-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-47页 |
| 3.1.1 实验动物和虫株 | 第44页 |
| 3.1.2 仪器设备和试剂 | 第44页 |
| 3.1.3 样品处理及收集 | 第44页 |
| 3.1.4 脾脏DNA提取和弓形虫感染鉴定 | 第44-45页 |
| 3.1.5 RNA提取和质量鉴定 | 第45页 |
| 3.1.6 高通量测序和生物信息学分析 | 第45页 |
| 3.1.7 荧光定量PCR验证 | 第45-47页 |
| 3.2 结果 | 第47-50页 |
| 3.2.1 弓形虫在昆明鼠脾脏中的感染鉴定及RNA质量检测 | 第47页 |
| 3.2.2 高通量测序检测及茎环定量反转录PCR结果 | 第47-49页 |
| 3.2.3 miRNA靶基因的生物信息学分析 | 第49-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-53页 |
| 第四章 弓形虫感染对小鼠肝脏蛋白组的影响 | 第53-63页 |
| 4.1 材料与方法 | 第53-55页 |
| 4.1.1 实验动物和虫株 | 第53页 |
| 4.1.2 实验设计及样品采集 | 第53页 |
| 4.1.3 肝脏蛋白质提取 | 第53-54页 |
| 4.1.4 iTRAQ标记和SCX分馏 | 第54页 |
| 4.1.5 LC-ESI-MS/MS分析 | 第54页 |
| 4.1.6 肝脏蛋白组数据分析 | 第54-55页 |
| 4.2 结果 | 第55-59页 |
| 4.2.1 弓形虫在肝脏中的感染 | 第55页 |
| 4.2.2 肝脏iTRAQ检测结果 | 第55-57页 |
| 4.2.3 肝脏细胞器组分分析 | 第57-58页 |
| 4.2.4 肝脏比较毒理基因组学分析 | 第58-59页 |
| 4.2.5 肝脏差异蛋白的转录因子富集分析 | 第59页 |
| 4.3 讨论 | 第59-63页 |
| 4.3.1 肝脏的免疫反应分析 | 第59-60页 |
| 4.3.2 肝脏差异蛋白的转录因子和信号通路分析 | 第60页 |
| 4.3.3 弓形虫感染对肝细胞结构影响 | 第60-61页 |
| 4.3.4 弓形虫感染对肝解毒功能的影响 | 第61-63页 |
| 第五章 弓形虫感染对小鼠肝脏转录组的影响 | 第63-76页 |
| 5.1 材料与方法 | 第63-65页 |
| 5.1.1 实验动物和虫株 | 第63页 |
| 5.1.2 肝脏转录组实验设计及样品采集 | 第63页 |
| 5.1.3 肝脏组织病理学分析和肝功能分析 | 第63-64页 |
| 5.1.4 肝脏DNA提取和弓形虫感染鉴定 | 第64页 |
| 5.1.5 肝脏RNA提取及RNA质量鉴定 | 第64页 |
| 5.1.6 肝脏转录组测序和基因组比对 | 第64页 |
| 5.1.7 肝脏差异转录本的鉴定 | 第64页 |
| 5.1.8 高通量测序的荧光定量PCR验证 | 第64-65页 |
| 5.1.9 差异转录本的生物信息学分析以及与蛋白组数据关联分析 | 第65页 |
| 5.2 结果 | 第65-71页 |
| 5.2.1 肝脏弓形虫感染的检测结果 | 第65页 |
| 5.2.2 肝脏RNA检测、转录组测序结果和验证 | 第65-68页 |
| 5.2.3 肝脏比较毒理基因组学分析 | 第68页 |
| 5.2.4 肝脏组织病理学及肝功能检测 | 第68-70页 |
| 5.2.5 肝脏差异转录本的转录因子分析 | 第70页 |
| 5.2.6 肝脏转录组和蛋白质的关联性分析 | 第70-71页 |
| 5.3 讨论 | 第71-76页 |
| 5.3.1 弓形虫感染中肝脏的炎症反应及病理学变化 | 第71-72页 |
| 5.3.2 弓形虫感染对肝脏胆汁合成代谢的影响 | 第72-74页 |
| 5.3.3 肝脏毒理基因组学分析 | 第74页 |
| 5.3.4 肝脏基因表达调控分析 | 第74-76页 |
| 第六章 弓形虫感染对猪脾脏和肝脏转录组的影响 | 第76-92页 |
| 6.1 材料与方法 | 第76-80页 |
| 6.1.1 实验动物和虫株 | 第76页 |
| 6.1.2 仪器设备和试剂 | 第76页 |
| 6.1.3 卵囊制备 | 第76-77页 |
| 6.1.4 实验设计及样品采集 | 第77-78页 |
| 6.1.5 组织和卵囊DNA提取及弓形虫在肝脏和脾脏中的感染鉴定 | 第78页 |
| 6.1.6 RNA提取及RNA质量鉴定 | 第78页 |
| 6.1.7 转录组测序和基因组比对 | 第78页 |
| 6.1.8 差异表达转录本的鉴定 | 第78页 |
| 6.1.9 生物信息学分析 | 第78页 |
| 6.1.10 组织病理学分析 | 第78-79页 |
| 6.1.11 RNA-seq测序结果的荧光定量PCR验证 | 第79-80页 |
| 6.2 结果 | 第80-89页 |
| 6.2.1 弓形虫卵囊收集 | 第80页 |
| 6.2.2 弓形虫感染的检测及猪感染弓形虫后的体温变化 | 第80-81页 |
| 6.2.3 RNA检测及转录组测序结果分析 | 第81-85页 |
| 6.2.4 细胞因子表达变化分析 | 第85-86页 |
| 6.2.5 比较毒理基因组学分析 | 第86-87页 |
| 6.2.6 RNA-seq测序结果的荧光定量PCR验证 | 第87页 |
| 6.2.7 组织病理学变化 | 第87-89页 |
| 6.3 讨论 | 第89-92页 |
| 6.3.1 转录组数据的富集分析 | 第89-90页 |
| 6.3.2 细胞因子反应 | 第90-91页 |
| 6.3.3 比较毒理基因组学分析 | 第91-92页 |
| 第七章 全文结论 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简介 | 第107页 |
