| 摘要 | 第3-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 中英文缩略词表 | 第14-15页 |
| 第1章 引言 | 第15-23页 |
| 1.1 白念珠菌 | 第15-17页 |
| 1.2 白念珠菌转录组测序 | 第17-18页 |
| 1.3 白念珠菌基因敲除 | 第18-20页 |
| 1.4 本论文的主要内容 | 第20-22页 |
| 1.5 本论文的研究意义 | 第22-23页 |
| 第2章 材料与方法 | 第23-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-27页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第23页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第23-26页 |
| 2.1.3 主要仪器和设备 | 第26页 |
| 2.1.4 培养基和缓冲液的配制 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-46页 |
| 2.2.1 菌株的培养及保存 | 第27-28页 |
| 2.2.2 临床念珠菌标本的鉴定 | 第28-30页 |
| 2.2.2.1 多重PCR鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.2.2 科玛嘉显色培养基鉴定 | 第29-30页 |
| 2.2.3 体外抗真菌药物敏感性实验 | 第30-31页 |
| 2.2.3.1 药敏板的配制 | 第30页 |
| 2.2.3.2 菌悬液的制备与接种 | 第30页 |
| 2.2.3.3 孵育及结果判读 | 第30-31页 |
| 2.2.4 白念珠菌RAPD基因分型实验 | 第31-32页 |
| 2.2.5 白念珠菌总RNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2.6 高通量测序及转录组分析 | 第33-36页 |
| 2.2.6.1 菌株处理和总RNA的提取 | 第33页 |
| 2.2.6.2 cDNA文库构建和测序 | 第33-34页 |
| 2.2.6.3 测序数据处理与分析 | 第34-36页 |
| 2.2.7 荧光定量PCR | 第36-37页 |
| 2.2.8 酸化玻璃微珠法提取白念珠菌基因组DNA | 第37页 |
| 2.2.9 PCR介导的同源重组基因敲除组件构建 | 第37-41页 |
| 2.2.9.1 PCR同源臂和筛选标记 | 第38-39页 |
| 2.2.9.2 PCR片段切胶回收 | 第39页 |
| 2.2.9.3 融合PCR扩增同源重组基因敲除组件 | 第39-40页 |
| 2.2.9.4 乙醇沉淀纯化DNA片段 | 第40-41页 |
| 2.2.10 乙酸锂法转化白念珠菌 | 第41-42页 |
| 2.2.11 同源重组基因敲除突变株阳性克隆的验证 | 第42-43页 |
| 2.2.11.1 营养型鉴定阳性克隆 | 第42页 |
| 2.2.11.2 PCR鉴定阳性克隆 | 第42-43页 |
| 2.2.12 白念珠菌细胞计数 | 第43页 |
| 2.2.13 质粒小量抽提 | 第43-44页 |
| 2.2.14 白念珠菌生长曲线测定 | 第44页 |
| 2.2.15 SpotAssay | 第44-45页 |
| 2.2.16 生物信息学方法 | 第45-46页 |
| 第3章 结果 | 第46-71页 |
| 3.1 白念珠菌耐药菌株的获得 | 第46-50页 |
| 3.1.1 临床念珠菌的分离、纯化和鉴定 | 第46-47页 |
| 3.1.2 临床白念珠菌抗真菌药物敏感性 | 第47-49页 |
| 3.1.3 临床白念珠菌RAPD基因分型 | 第49-50页 |
| 3.2 白念珠菌转录组测序 | 第50-65页 |
| 3.2.1 白念珠菌总RNA的提取与文库构建 | 第50-52页 |
| 3.2.2 测序数据整理及质量评估 | 第52-55页 |
| 3.2.3 参考基因组注释与基因组定位分析 | 第55-56页 |
| 3.2.4 比对分析 | 第56页 |
| 3.2.5 基因表达差异分析 | 第56-58页 |
| 3.2.6 差异表达基因的GO分析 | 第58-61页 |
| 3.2.7 差异表达基因的KEGG分析 | 第61-65页 |
| 3.2.8 转录组测序结果的荧光定量PCR验证 | 第65页 |
| 3.3 QDR1基因与白念珠菌耐药性关系初探 | 第65-71页 |
| 3.3.1 QDR1基因缺失突变株的构建 | 第65-68页 |
| 3.3.1.1 敲除组件的PCR扩增 | 第66-67页 |
| 3.3.1.2 对QDR1基因缺失突变株的鉴定 | 第67-68页 |
| 3.3.3 QDR1基因对白念珠菌抗真菌药物敏感性的影响 | 第68-70页 |
| 3.3.4 QDR1基因对菌株生长的影响 | 第70-71页 |
| 第4章 讨论 | 第71-77页 |
| 4.1 白念珠菌耐药菌株的获得 | 第71-73页 |
| 4.2 白念珠菌的转录组学 | 第73-75页 |
| 4.3 QDR1基因与白念珠菌耐药性的关系 | 第75-77页 |
| 第5章 结论与展望 | 第77-78页 |
| 5.1 结论 | 第77页 |
| 5.2 展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-82页 |
| 附录 | 第82-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 攻读硕士期间研究成果 | 第95-96页 |
| 综述 | 第96-99页 |
