进化树构建算法的研究与改进
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-18页 |
| 1.1 课题来源 | 第8页 |
| 1.2 研究背景及意义 | 第8-9页 |
| 1.3 进化距离 | 第9-11页 |
| 1.4 系统发生树 | 第11-12页 |
| 1.5 国内外研究现状 | 第12-17页 |
| 1.5.1 基于距离的方法 | 第14-15页 |
| 1.5.2 基于序列的方法 | 第15-16页 |
| 1.5.3 对比分析 | 第16-17页 |
| 1.6 本文研究内容与组织结构 | 第17-18页 |
| 第2章 距离矩阵构建以及优化 | 第18-32页 |
| 2.1 进化模型 | 第18-20页 |
| 2.2 基于模型的进化距离 | 第20-24页 |
| 2.2.1 JC69 模型以及距离 | 第20-21页 |
| 2.2.2 K80 双参数模型及距离 | 第21页 |
| 2.2.3 TN93 模型及距离 | 第21-22页 |
| 2.2.4 F84 模型及距离 | 第22-23页 |
| 2.2.5 HKY85 模型及距离 | 第23页 |
| 2.2.6 GTR 模型 | 第23-24页 |
| 2.3 距离矩阵校正 | 第24-27页 |
| 2.4 本章实验结果及分析 | 第27-31页 |
| 2.4.1 结果分析 | 第27-31页 |
| 2.4.2 讨论 | 第31页 |
| 2.5 本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 进化树构建算法的改进 | 第32-41页 |
| 3.1 邻接法 | 第32-35页 |
| 3.2 改进的算法 | 第35-38页 |
| 3.3 实验结果及分析 | 第38-40页 |
| 3.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 数据获取及进化树构建系统 | 第41-50页 |
| 4.1 数据获取 | 第41-42页 |
| 4.1.1 分子序列数据 | 第41页 |
| 4.1.2 分子序列数据获取 | 第41-42页 |
| 4.2 数据格式以及预处理 | 第42-43页 |
| 4.3 系统概述 | 第43-46页 |
| 4.3.1 概述 | 第43-44页 |
| 4.3.2 系统输入 | 第44-45页 |
| 4.3.3 系统输出 | 第45-46页 |
| 4.4 系统功能的实现 | 第46-48页 |
| 4.5 本章小结 | 第48-50页 |
| 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-56页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
