| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第10-26页 |
| 1.1 差异调控分析的研究现状 | 第10-15页 |
| 1.2 疾病间相关关系的研究现状 | 第15-20页 |
| 1.3 位点特异性表达的研究现状 | 第20-23页 |
| 1.4 本课题的研究内容及意义 | 第23-26页 |
| 第2章 基于差异共表达分析结果的差异调控分析方法 | 第26-42页 |
| 2.1 DCGL v1中原有功能 | 第27-32页 |
| 2.2 改进DCGL v1中原有功能 | 第32-35页 |
| 2.3 加入差异调控分析模块到DCGL v2 | 第35-39页 |
| 2.3.1 TF2target：人类已知的转录调控数据资源库 | 第35页 |
| 2.3.2 DRsort：差异调控信息的鉴定 | 第35-36页 |
| 2.3.3 DRplot:差异共表达和差异调控信息的展示 | 第36-38页 |
| 2.3.4 DRrank：差异调控基因的排序 | 第38-39页 |
| 2.4 检验DCGL v2 | 第39-40页 |
| 2.5 本章小结 | 第40-42页 |
| 第3章 基于差异共表达分析和差异调控分析的疾病间相关关系的研究 | 第42-64页 |
| 3.1 疾病间相关关系所用数据和方法 | 第43-44页 |
| 3.1.1 疾病转录组数据 | 第43页 |
| 3.1.2 生物学通路数据 | 第43-44页 |
| 3.2 疾病间相关关系的研究流程 | 第44页 |
| 3.3 疾病间相关关系的研究结果 | 第44-62页 |
| 3.3.1 鉴定出1,326对疾病间相关关系 | 第44-49页 |
| 3.3.2 比较由差异共表达分析策略和差异表达分析策略得到的疾病网络 | 第49-50页 |
| 3.3.3 1,326对疾病间关系与传统疾病分类学的关系 | 第50-54页 |
| 3.3.4 疾病类型和发病组织都能影响疾病间的相关关系 | 第54-57页 |
| 3.3.5 疾病关系对中相似的失调机制是引起疾病的共同原因 | 第57-62页 |
| 3.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 第4章 开发鉴定疾病间相关关系的工具 | 第64-75页 |
| 4.1 疾病间相关关系鉴定工具的组成部分 | 第64-73页 |
| 4.1.1 DCEA：计算差异共表达基因和基因对 | 第65-67页 |
| 4.1.2 DCpathway：计算pathway的差异共表达水平 | 第67-68页 |
| 4.1.3 DS：计算疾病间相关关系 | 第68-69页 |
| 4.1.4 comDCGL：寻找疾病关系对中共有的差异共表达基因和基因对 | 第69-72页 |
| 4.1.5 comDCGLplot：展示共有的差异共表达基因对 | 第72-73页 |
| 4.2 本章小结 | 第73-75页 |
| 第5章 比较两种位点特异性表达的鉴定方法 | 第75-89页 |
| 5.1 pDNAar方法 | 第76-77页 |
| 5.2 mREF方法 | 第77-78页 |
| 5.3 基于模拟数据比较pDNAar和mREF | 第78-85页 |
| 5.3.1 pDNAar能成功鉴定ASE | 第78-81页 |
| 5.3.2 pDNAar具有更高的假阴性 | 第81页 |
| 5.3.3 mREF具有更高的准确率 | 第81-83页 |
| 5.3.4 mREF比pDNAar更可靠 | 第83-85页 |
| 5.4 基于真实数据比较pDNAar和mREF | 第85-88页 |
| 5.5 本章小结 | 第88-89页 |
| 第6章 总结与展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 附录1 | 第101-102页 |
| 附录2 | 第102-105页 |
| 附录3 | 第105-155页 |
| 附录4 | 第155-159页 |
| 科研成果 | 第159页 |
