| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第12-26页 |
| 1.1 环状RNA简介 | 第12-20页 |
| 1.1.1 环状RNA研究历程 | 第12-13页 |
| 1.1.2 环状RNA分类 | 第13页 |
| 1.1.3 环状RNA特征 | 第13-15页 |
| 1.1.4 环状RNA数据库 | 第15-16页 |
| 1.1.5 环状RNA成环机制 | 第16-18页 |
| 1.1.6 环状RNA生物学功能 | 第18-20页 |
| 1.2 研究环状RNA及相关的方法 | 第20-23页 |
| 1.2.1 实验方法 | 第20-22页 |
| 1.2.1.1 环状RNA建库方法 | 第20页 |
| 1.2.1.2 环状RNA实验验证 | 第20-21页 |
| 1.2.1.3 RNA与其他分子相互作用 | 第21-22页 |
| 1.2.2 计算生物学方法 | 第22-23页 |
| 1.3 Ch IA-PET技术简介 | 第23-25页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第25-26页 |
| 2 材料和方法 | 第26-35页 |
| 2.1 数据来源和所用工具 | 第26-30页 |
| 2.1.1 RNA-Seq数据 | 第26页 |
| 2.1.2 Ch IA-PET数据 | 第26-27页 |
| 2.1.3 参考基因组和注释信息 | 第27页 |
| 2.1.4 其他数据 | 第27-28页 |
| 2.1.5 使用的软件和网站 | 第28-30页 |
| 2.2 数据分析方法 | 第30-35页 |
| 2.2.1 数据质量评估和预处理 | 第30页 |
| 2.2.2 环状RNA鉴定 | 第30-32页 |
| 2.2.2.1 find_circ鉴定circRNA流程 | 第30-31页 |
| 2.2.2.2 CIRCexplorer鉴定circRNA流程 | 第31页 |
| 2.2.2.3 CIRI鉴定circRNA流程 | 第31-32页 |
| 2.2.3 Ch IA-PET数据分析 | 第32页 |
| 2.2.4 侧翼内含子互补配对统计 | 第32-33页 |
| 2.2.5 侧翼内含子相关的其他分析 | 第33页 |
| 2.2.6 miRNA种子序列与circRNA结合位点 | 第33页 |
| 2.2.7 染色质交互网络构建 | 第33-34页 |
| 2.2.8 GO和KEGG富集分析 | 第34页 |
| 2.2.9 显著性检验和置换检验 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-56页 |
| 3.1 环状RNA鉴定结果 | 第35-38页 |
| 3.2 环状RNA特征分析 | 第38-44页 |
| 3.2.1 环状RNA在各染色体的分布 | 第38-39页 |
| 3.2.2 环状RNA基本特征 | 第39-41页 |
| 3.2.3 热点环状RNA | 第41-42页 |
| 3.2.4 环状RNA表达特征 | 第42-44页 |
| 3.3 Host蛋白编码转录本表达水平 | 第44-46页 |
| 3.4 环状RNA侧翼内含子相关的成环机制探究 | 第46-51页 |
| 3.5 Host基因参与的染色质交互网络 | 第51-53页 |
| 3.6 环状RNA功能相关的分析 | 第53-56页 |
| 3.6.1 Host基因GO和KEGG富集分析 | 第53-54页 |
| 3.6.2 疾病SNP相关的环状RNA | 第54-55页 |
| 3.6.3 miRNA与circRNA结合位点预测 | 第55-56页 |
| 4 小结与讨论 | 第56-58页 |
| 5 展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-67页 |
| 附录 | 第67-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
