| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略词表 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-38页 |
| 1 基因组学 | 第17-22页 |
| 1.1 基因组测序 | 第17-19页 |
| 1.1.1 基因组测序的发展 | 第17-18页 |
| 1.1.2 高通量测序 | 第18页 |
| 1.1.3 高通量测序平台 | 第18-19页 |
| 1.2 微生物基因组学 | 第19-22页 |
| 1.2.1 我国微生物基因组的发展 | 第20-21页 |
| 1.2.2 研究方法与应用 | 第21-22页 |
| 2 谱系特有基因 | 第22-27页 |
| 2.1 谱系特有基因研究进展 | 第22-27页 |
| 2.1.1 鉴定方法 | 第23-24页 |
| 2.1.2 基因结构特征 | 第24-25页 |
| 2.1.3 基因功能分析 | 第25页 |
| 2.1.4 基因进化起源分析 | 第25-26页 |
| 2.1.5 基因表达分析 | 第26-27页 |
| 3 柠檬形克勒克酵母 | 第27-31页 |
| 3.1 生物防治 | 第27-31页 |
| 3.1.1 柠檬形克勒克酵母的生防作用 | 第30页 |
| 3.1.2 柠檬形克勒克酵母的生防机理 | 第30-31页 |
| 4 柑橘采后真菌病害 | 第31-34页 |
| 4.1 柑橘青绿霉病 | 第31-32页 |
| 4.2 真菌病原物的鉴定方法 | 第32-34页 |
| 4.2.1 基于保守基因开发特异引物 | 第33-34页 |
| 5 生防细菌 | 第34-37页 |
| 5.1 生防细菌在农业领域的应用 | 第35页 |
| 5.2 生防细菌的抑菌机理 | 第35-37页 |
| 6 本研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二章 柠檬形克勒克酵母全基因组测序和基因组特征分析 | 第38-67页 |
| 1 引言 | 第38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-40页 |
| 2.1.1 菌株和培养基 | 第38-39页 |
| 2.1.2 软件与数据库 | 第39-40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-46页 |
| 2.2.1 柠檬形克勒克酵母基因组准备 | 第40页 |
| 2.2.2 柠檬形克勒克酵母全基因组测序 | 第40-42页 |
| 2.2.3 基因组基本特征分析 | 第42-43页 |
| 2.2.4 柠檬形克勒克酵母的比较基因组学 | 第43-45页 |
| 2.2.5 基因组上传 | 第45-46页 |
| 3 实验结果 | 第46-64页 |
| 3.1 34-9总DNA质量 | 第46页 |
| 3.2 文库构建和基因组组装 | 第46-47页 |
| 3.3 基因组注释、分类以及特征分析 | 第47-57页 |
| 3.4 KA比较基因组学 | 第57-63页 |
| 3.4.1 线粒体基因组 | 第58-59页 |
| 3.4.2 基因组共线性分析 | 第59-61页 |
| 3.4.3 Hanseniaspora spp.共有特有基因分析 | 第61-63页 |
| 3.5 KA基因组数据共享 | 第63-64页 |
| 4 讨论 | 第64-67页 |
| 第三章 柠檬形克勒克酵母谱系特有基因 | 第67-81页 |
| 1 引言 | 第67页 |
| 2 材料与方法 | 第67-73页 |
| 2.1 实验材料 | 第67-70页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第67-70页 |
| 2.1.2 分析软件 | 第70页 |
| 2.2 实验方法 | 第70-73页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第70-71页 |
| 2.2.2 同源序列搜索 | 第71-72页 |
| 2.2.3 HSGs、orphan genes和ECs的基因特点分析 | 第72页 |
| 2.2.4 LSGs功能分类 | 第72页 |
| 2.2.5 LSGs基因起源初探 | 第72页 |
| 2.2.6 LSGs基因表达情况分析 | 第72-73页 |
| 3 实验结果 | 第73-78页 |
| 3.1 LSGs的鉴定 | 第73页 |
| 3.2 LSGs的特征 | 第73-74页 |
| 3.3 LSGs的功能推断 | 第74-76页 |
| 3.4 LSGs基因起源分析 | 第76页 |
| 3.5 LSGs的非生物胁迫响应情况 | 第76-78页 |
| 4 讨论 | 第78-81页 |
| 第四章 柑橘采后青绿霉病原菌特异性分子标记的开发 | 第81-105页 |
| 1 引言 | 第81页 |
| 2 材料与方法 | 第81-92页 |
| 2.1 实验材料 | 第81-85页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第81-84页 |
| 2.1.2 培养基 | 第84页 |
| 2.1.3 供试柑橘 | 第84页 |
| 2.1.4 分析软件和数据库 | 第84-85页 |
| 2.2 实验方法 | 第85-92页 |
| 2.2.1 查找青霉属物种基因组测序情况 | 第85页 |
| 2.2.2 真菌保守基因的收集 | 第85页 |
| 2.2.3 保守基因的同源比对 | 第85页 |
| 2.2.4 特异引物设计 | 第85-87页 |
| 2.2.5 引物特异性反向同源搜索验证 | 第87-89页 |
| 2.2.6 引物特异性检测 | 第89-90页 |
| 2.2.7 PCR产物测序验证 | 第90-91页 |
| 2.2.8 候选引物的验证 | 第91页 |
| 2.2.9 待定青霉菌株的形态学鉴定进一步验证引物 | 第91-92页 |
| 2.2.10 待定青霉菌株的分子鉴定进一步验证引物 | 第92页 |
| 3 实验结果 | 第92-102页 |
| 3.1 青霉属物种基因组统计 | 第92页 |
| 3.2 保守基因的收集和同源比对 | 第92页 |
| 3.3 特异引物设计 | 第92-93页 |
| 3.4 候选特异性引物的获得 | 第93-95页 |
| 3.5 候选引物的应用性验证 | 第95-97页 |
| 3.6 形态学鉴定验证引物的特异性 | 第97-101页 |
| 3.7 分子扩增验证引物的特异性 | 第101-102页 |
| 4 讨论 | 第102-105页 |
| 第五章 生防细菌DH-4对绿霉病的防治及机理的研究 | 第105-125页 |
| 1 引言 | 第105页 |
| 2 材料与方法 | 第105-111页 |
| 2.1 实验材料 | 第105-107页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第105-106页 |
| 2.1.2 试验柑橘 | 第106页 |
| 2.1.3 培养基 | 第106-107页 |
| 2.2 实验方法 | 第107-111页 |
| 2.2.1 绿霉病拮抗菌的筛选 | 第107页 |
| 2.2.2 菌株DH-4的鉴定 | 第107-108页 |
| 2.2.3 Ba DH-4抑菌条件的优化 | 第108-109页 |
| 2.2.4 Ba DH-4的抗真菌谱实验 | 第109页 |
| 2.2.5 Ba DH-4在柑橘果实上的抑菌作用 | 第109页 |
| 2.2.6 Ba DH-4抗菌滤液的稳定性检测 | 第109-110页 |
| 2.2.7 Ba DH-4抗菌物质的鉴定 | 第110页 |
| 2.2.8 UPLC各抗菌组分的抑菌效果 | 第110页 |
| 2.2.9 UPLC各抗菌组分热致死实验 | 第110页 |
| 2.2.10 Ba DH-4的抑菌模式 | 第110-111页 |
| 2.2.11 SEM观察活体抑菌作用 | 第111页 |
| 3 实验结果 | 第111-122页 |
| 3.1 DH-4的鉴定 | 第111-112页 |
| 3.2 Ba DH-4抑菌条件筛选 | 第112-114页 |
| 3.3 抗真菌谱实验 | 第114页 |
| 3.4 活体抑菌作用 | 第114-115页 |
| 3.5 抗菌滤液的稳定性 | 第115-116页 |
| 3.6 抗菌物质的鉴定 | 第116-118页 |
| 3.7 UPLC各抗菌组分的抑菌效果 | 第118-119页 |
| 3.8 抗菌组分热致死实验 | 第119-120页 |
| 3.9 TEM观察抗菌滤液的作用位点 | 第120-121页 |
| 3.10 SEM观察活体抑菌 | 第121-122页 |
| 4 讨论 | 第122-125页 |
| 小结 | 第125-127页 |
| 展望 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-154页 |
| 图版和说明 | 第154-156页 |
| 附录1 谱系特有基因qRT-PCR实验所设计的引物 | 第156-157页 |
| 攻博期间论文发表情况 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158-160页 |
