| 中文摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 英文缩略词表 | 第15-16页 |
| 第一部分 文献综述 | 第16-40页 |
| 1. 植物的耐盐机制 | 第16-24页 |
| 1.1 渗透调节保护 | 第16-17页 |
| 1.2 氧化胁迫及活性氧清除系统 | 第17-18页 |
| 1.3 植物激素与耐盐响应 | 第18-21页 |
| 1.4 MAPK 信号途径与盐应答 | 第21-22页 |
| 1.5 转录因子与耐盐响应 | 第22-23页 |
| 1.6 细胞壁在盐胁迫中的作用 | 第23-24页 |
| 2. 植物逆境驯化作用的生理与分子机制研究进展 | 第24-34页 |
| 2.1 植物驯化作用 | 第25页 |
| 2.2 不同胁迫条件下的驯化作用 | 第25-31页 |
| 2.2.1 抗病驯化 | 第25-27页 |
| 2.2.2 冷驯化 | 第27-28页 |
| 2.2.3 热驯化 | 第28-29页 |
| 2.2.4 盐驯化 | 第29-31页 |
| 2.3 不同驯化过程存在交叉适应现象 | 第31-32页 |
| 2.4 驯化的作用机制 | 第32-33页 |
| 2.5 驯化作用的研究 | 第33-34页 |
| 3. RNA-seq 技术的应用 | 第34-36页 |
| 4. 图位克隆技术 | 第36-38页 |
| 5. 本实验的意义 | 第38-40页 |
| 5.1 对盐驯化耐盐机制的研究的意义 | 第38-39页 |
| 5.2 低钾敏感（黄化）突变体研究的意义 | 第39-40页 |
| 第二部分 实验论文 | 第40-94页 |
| 第一章 拟南芥盐驯化遗传机制的分析 | 第40-79页 |
| 1. 实验材料和仪器 | 第40-43页 |
| 1.1 植物材料与培养条件 | 第40页 |
| 1.2 菌种及质粒 | 第40页 |
| 1.3 酶及化学试剂 | 第40-41页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第41-42页 |
| 1.5 培养基 | 第42页 |
| 1.6 引物 | 第42-43页 |
| 1.7 生物信息学分析软件及网站 | 第43页 |
| 2. 实验方法 | 第43-54页 |
| 2.1 拟南芥种子灭菌的方法 | 第43页 |
| 2.2 2×CTAB 法提取植物基因组 DNA | 第43-44页 |
| 2.3 拟南芥总 RNA 的提取、DNA 的去除及 RNA 的反转录 | 第44-46页 |
| 2.3.1 Trizol 法提取拟南芥总 RNA | 第44页 |
| 2.3.2 DNaseⅠ处理总 RNA 中的 DNA | 第44-45页 |
| 2.3.3 反转录合成 cDNA | 第45-46页 |
| 2.4 基因克隆 | 第46页 |
| 2.4.1 PCR 反应体系 | 第46页 |
| 2.4.2 PCR 扩增反应及检测 | 第46页 |
| 2.5 GeneClean 方法回收 DNA 片段及与载体的连接 | 第46-47页 |
| 2.6 E.coli 感受态制备及转化 | 第47-50页 |
| 2.6.1 大肠杆菌感受态的制备 | 第47页 |
| 2.6.2 热激法转化大肠杆菌 | 第47-48页 |
| 2.6.3 质粒的提取及酶切 | 第48页 |
| 2.6.4 酶切验证 | 第48-49页 |
| 2.6.5 农杆菌感受态制备及转化 | 第49页 |
| 2.6.6 农杆菌质粒的提取 | 第49页 |
| 2.6.7 植物表达载体构建及农杆菌的转化 | 第49-50页 |
| 2.7 花序浸染法转化拟南芥 | 第50页 |
| 2.8 RNA-seq 样品准备 | 第50-51页 |
| 2.8.1 RNeasy Plant Mini Kit 试剂盒提取植物 RNA | 第50-51页 |
| 2.8.2 RNA 质量检测 | 第51页 |
| 2.9 测序数据的处理 | 第51-52页 |
| 2.9.1 测序数据质量控制 | 第51-52页 |
| 2.9.2 基因功能注释和差异基因的识别筛选 | 第52页 |
| 2.9.3 差异表达基因的分类以及功能分析 | 第52页 |
| 2.10 实时荧光定量 PCR 验证 RNAseq 数据 | 第52-54页 |
| 2.10.1 FastQuant cDNA（with gDNA）试剂盒反转录 | 第53页 |
| 2.10.2 实时荧光定量 PCR | 第53-54页 |
| 3. 实验结果与分析 | 第54-77页 |
| 3.1 盐驯化条件 | 第54-56页 |
| 3.2 RNA-seq 测序样品的准备及文库构建 | 第56-58页 |
| 3.3 RNA-seq 数据结果分析 | 第58-60页 |
| 3.4 差异表达基因的分析 | 第60-71页 |
| 3.4.1 盐驯化与未处理对照差异表达基因及功能分析 | 第60-65页 |
| 3.4.2 驯化后和非驯化后盐胁迫分别与未处理组比较下的差异表达基因 | 第65-66页 |
| 3.4.3 驯化后盐胁迫与非驯化后盐胁迫比较条件下的差异基因及分析 | 第66-69页 |
| 3.4.4 荧光实时定量 PCR 验证 RNA-seq 数据 | 第69-71页 |
| 3.5 MAPK6 在盐驯化中的作用 | 第71-75页 |
| 3.5.1 MAPK3/MAPK6 T-DNA 插入突变体的鉴定 | 第71页 |
| 3.5.2 MAPK3/MAPK6 T-DNA 插入突变体的盐驯化表型 | 第71-72页 |
| 3.5.3 pCAMBIA3301H-MAPK6 表达载体的构建 | 第72-73页 |
| 3.5.4 pCAMBIA3301H-MAPK6 表达载体的转化及功能互补株系的获得 | 第73-74页 |
| 3.5.5 MAPK6 互补株系盐驯化表型 | 第74-75页 |
| 3.6 观察其它突变体在盐驯化条件下的表型 | 第75-77页 |
| 3.6.1 T-DNA 插入突变体基因型鉴定 | 第75-76页 |
| 3.6.2 T-DNA 插入突变体在盐驯化条件下的表型 | 第76-77页 |
| 4. 讨论 | 第77-79页 |
| 第二章 拟南芥突变体的图位克隆及基因功能分析 | 第79-94页 |
| 1. 实验材料和仪器 | 第79-80页 |
| 1.1 植物材料和生长条件 | 第79页 |
| 1.2 酶及化学试剂 | 第79页 |
| 1.3 主要仪器及设备 | 第79-80页 |
| 1.4 引物 | 第80页 |
| 1.5 分析网站及软件 | 第80页 |
| 2. 实验方法 | 第80-84页 |
| 2.1 叶绿素含量的测定 | 第80-81页 |
| 2.2 TAIL-PCR 检测 T-DNA 插入位点 | 第81-83页 |
| 2.2.1 引物设计 | 第81页 |
| 2.2.2 TAIL-PCR 反应体系 | 第81-82页 |
| 2.2.3 TAIL-PCR 反应程序 | 第82-83页 |
| 2.3 建立 F2 作图群体 | 第83页 |
| 2.4 分子标记的设计 | 第83页 |
| 2.5 PAGE 胶的制备及 EB 染色 | 第83-84页 |
| 3. 实验结果与分析 | 第84-92页 |
| 3.1 突变体的表型分析 | 第84-86页 |
| 3.2 Tail-PCR 检测 T-DNA 插入位点及插入位点附近基因突变体表型观察 | 第86-87页 |
| 3.3 突变位点的图位克隆 | 第87-92页 |
| 3.3.1 作图群体的构建 | 第87-88页 |
| 3.3.2 突变位点粗定位 | 第88-89页 |
| 3.3.3 突变位点精细定位 | 第89-92页 |
| 4. 讨论 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-102页 |
| 附录 | 第102-114页 |
| 攻读博士期间发表文章 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
