| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 青枯菌的研究概况 | 第11-14页 |
| 1.1.1 青枯菌及其发生危害 | 第11页 |
| 1.1.2 青枯菌的生物学特性及生活史 | 第11-12页 |
| 1.1.3 青枯菌的遗传多样性 | 第12页 |
| 1.1.4 青枯菌致病性研究 | 第12-14页 |
| 1.2 FadP蛋白的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3 转录组学与RNA-seq技术 | 第15-16页 |
| 1.4 噬菌体研究 | 第16-21页 |
| 1.4.1 噬菌体的发现 | 第16页 |
| 1.4.2 噬菌体的组成和分类 | 第16-18页 |
| 1.4.3 噬菌体的生活史 | 第18页 |
| 1.4.4 噬菌体的研究应用 | 第18-21页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 供试菌株、质粒、噬菌体和培养条件 | 第22页 |
| 2.1.2 生化试剂、引物和其他材料 | 第22-23页 |
| 2.1.3 常见培养基、溶液和缓冲液 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-40页 |
| 2.2.1 fadP基因生物信息学分析 | 第24页 |
| 2.2.2 E.coli K12C118感受态细胞制备 | 第24页 |
| 2.2.3 fadP基因重组自杀质粒的构建及鉴定 | 第24-26页 |
| 2.2.4 青枯菌感受态细胞的制备及电转化 | 第26页 |
| 2.2.5 突变株的筛选与鉴定 | 第26-27页 |
| 2.2.6 互补载体的构建及鉴定 | 第27页 |
| 2.2.7 互补菌株的筛选与鉴定 | 第27页 |
| 2.2.8 突变体菌株表型分析 | 第27-29页 |
| 2.2.9 细菌总RNA提取及检测 | 第29-30页 |
| 2.2.10 转录组文库构建、测序和数据分析 | 第30-31页 |
| 2.2.11 细菌总RNA反转录 | 第31-32页 |
| 2.2.12 突变体部分基因的表达分析 | 第32页 |
| 2.2.13 噬菌体颗粒的粗提取 | 第32-34页 |
| 2.2.14 噬菌体颗粒的纯化 | 第34页 |
| 2.2.15 噬菌体电镜观察 | 第34-35页 |
| 2.2.16 噬菌体基因组DNA的制备 | 第35页 |
| 2.2.17 噬菌体核酸EcoRI酶切分析 | 第35页 |
| 2.2.18 噬菌体P_2Tb1556的全基因组测序 | 第35-36页 |
| 2.2.19 噬菌体P_2Tb1556基因组的生物信息学分析 | 第36-39页 |
| 2.2.20 tRNA编码序列的分析 | 第39页 |
| 2.2.21 转录终止子和启动子的分析预测 | 第39页 |
| 2.2.22 P_2Tb1556基因组上CpG岛的分析 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-66页 |
| 3.1 fadP基因的生物信息学分析 | 第40-44页 |
| 3.1.1 fadP基因DNA序列和蛋白质序列同源性比对 | 第40页 |
| 3.1.2 fadP基因的蛋白质基本性质 | 第40页 |
| 3.1.3 FadP蛋白结构和蛋白互作分析 | 第40-44页 |
| 3.2 ΔfadP突变体的获得 | 第44-46页 |
| 3.2.1 基因缺失突变载体的构建 | 第44-45页 |
| 3.2.2 突变体的构建与PCR鉴定 | 第45-46页 |
| 3.3 fadP基因互补体的获得 | 第46-47页 |
| 3.3.1 互补载体的构建 | 第46页 |
| 3.3.2 互补体的筛选与鉴定 | 第46-47页 |
| 3.4 野生菌、突变体和互补体的表型测定 | 第47-51页 |
| 3.4.1 生长曲线测定 | 第47-48页 |
| 3.4.2 纤维素酶检测 | 第48-49页 |
| 3.4.3 运动性测定 | 第49页 |
| 3.4.4 番茄致病性测定和烟草过敏性反应 | 第49-50页 |
| 3.4.5 四环素抗性实验 | 第50页 |
| 3.4.6 胞外多糖的测定 | 第50-51页 |
| 3.4.7 低温生长状况比较 | 第51页 |
| 3.5 细菌总RNA的质量检测 | 第51-52页 |
| 3.6 与参考基因组和参考基因序列比对 | 第52-53页 |
| 3.7 测序随机性评价 | 第53页 |
| 3.8 基因覆盖度（Coverage）统计 | 第53-54页 |
| 3.9 Tm1401和 ΔfadP的差异基因分析 | 第54-56页 |
| 3.9.1 Tm1401和 ΔfadP的差异基因统计 | 第54-55页 |
| 3.9.2 差异基因的GO分析 | 第55页 |
| 3.9.3 差异基因的KEGG分析 | 第55-56页 |
| 3.10 Tm1401和 ΔfadP的致病调控相关基因的表达差异比较 | 第56-57页 |
| 3.10.1 III型分泌系统基因表达差异分析 | 第56页 |
| 3.10.2 运动性、鞭毛组成及趋化性调控基因表达差异比较 | 第56-57页 |
| 3.11 差异表达基因的QRT-PCR分析 | 第57页 |
| 3.11.1 部分差异基因的QRT-PCR结果 | 第57页 |
| 3.11.2 青枯菌fadP基因调控的可能模式 | 第57页 |
| 3.12 噬菌体的电镜观察 | 第57-59页 |
| 3.13 噬菌体核酸酶切分析 | 第59页 |
| 3.14 原始测序数据质控图 | 第59-61页 |
| 3.15 测序数据统计 | 第61页 |
| 3.16 基因组组装 | 第61-62页 |
| 3.17 基因预测 | 第62页 |
| 3.18 各数据库基因功能注释 | 第62-65页 |
| 3.19 tRNA编码序列的分析 | 第65页 |
| 3.20 转录终止子和启动子的分析 | 第65页 |
| 3.21 基因组上CpG岛的分析 | 第65-66页 |
| 4 讨论与结论 | 第66-72页 |
| 4.1 突变体 ΔfadP的生物学性状 | 第66页 |
| 4.2 转录组测序比较 | 第66-69页 |
| 4.3 噬菌体P_2Tb1556基因组 | 第69-72页 |
| 5 总结论和进一步研究设想 | 第72-74页 |
| 5.1 总结论 | 第72页 |
| 5.2 创新点 | 第72页 |
| 5.3 进一步研究设想 | 第72-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 附录 | 第81-91页 |
