| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩写表 | 第8-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-47页 |
| 1.1 细菌生物被膜形成和解散的分子机理研究进展 | 第12-24页 |
| 1.1.1 细菌生物被膜的组成和结构 | 第12-17页 |
| 1.1.2 细菌生物被膜的功能 | 第17-18页 |
| 1.1.3 生物被膜形成和解散的分子机理 | 第18-23页 |
| 1.1.4 研究生物被膜形成和解散分子机理的应用价值 | 第23-24页 |
| 1.2 Csr/Rsm转录后全局调控系统 | 第24-36页 |
| 1.2.1 Csr/Rsm转录后全局调控系统的历史 | 第24-26页 |
| 1.2.2 CsrA/Rsm转录后全局调控系统的功能 | 第26-30页 |
| 1.2.3 Csr/Rsm转录后全局调控系统的调控机制 | 第30-32页 |
| 1.2.4 CsrA/RsmA的直接作用靶标的鉴定 | 第32-34页 |
| 1.2.5 调控CsrA/RsmA的因素 | 第34-36页 |
| 1.3 黄单胞菌致病机理研究进展 | 第36-46页 |
| 1.3.1 黄单胞菌属简介 | 第36-37页 |
| 1.3.2 黄单胞菌属的致病因子和致病相关基因 | 第37-41页 |
| 1.3.3 十字花科黑腐病菌主要致病调控系统 | 第41-44页 |
| 1.3.4 生物被膜形成与解散在黄单胞菌中的作用 | 第44-46页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第46-47页 |
| 第二章 材料与方法 | 第47-75页 |
| 2.1 材料 | 第47-56页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第47-50页 |
| 2.1.2 常用抗生素 | 第50-51页 |
| 2.1.3 细菌培养基、菌株培养条件及菌种保存 | 第51-52页 |
| 2.1.4 常用试剂和缓冲液 | 第52-53页 |
| 2.1.5 本研究所用的引物 | 第53-56页 |
| 2.2 方法 | 第56-75页 |
| 2.2.1 常规的生物学操作 | 第56-58页 |
| 2.2.2 DNA操作 | 第58-61页 |
| 2.2.3 RNA操作 | 第61-65页 |
| 2.2.4 蛋白质操作 | 第65-68页 |
| 2.2.5 凝胶阻滞试验(EMSA) | 第68-70页 |
| 2.2.6 无筛选标记的缺失突变体的构建 | 第70页 |
| 2.2.7 过量表达菌株的构建 | 第70-71页 |
| 2.2.8 突变体及过量表达菌株的表型检测 | 第71-72页 |
| 2.2.9 β-葡糖醛酸酶(GUS)活性测定 | 第72-74页 |
| 2.2.10 c-di-GMP的提取及定量检测 | 第74-75页 |
| 第三章 RsmA_(Xcc)调控生物被膜形成的分子机理 | 第75-112页 |
| 3.1 RsmA_(Xcc)的功能 | 第75-77页 |
| 3.2 RsmA_(Xcc)缺失导致细胞内c-di-GMP产量显著升高 | 第77-78页 |
| 3.3 RsmA_(Xcc)通过直接调控GGDEF蛋白的翻译来调控胞内c-di-GMP水平 | 第78-105页 |
| 3.3.1 RsmA_(Xcc)可与5个编码GGDEF/EAL蛋白基因mRNA的5,UTR结合 | 第79-88页 |
| 3.3.2 5个RsmA_(Xcc)直接靶标基因缺失突变体的表型分析 | 第88-96页 |
| 3.3.3 RsmA_(Xcc)抑制3个直接靶标基因(XC1803、XC2715和XC2866)翻译水平的表达 | 第96-100页 |
| 3.3.4 RsmA_(Xcc)缺失影响11个编码GGDEF、EAL和HD-GYP结构域蛋白基因的转录 | 第100-105页 |
| 3.4 RsmA_(Xcc)正调控manA负调控xagA和xagB基因的转录 | 第105-109页 |
| 3.4.1 RsmA_(Xcc)缺失导致manA_(Xcc)的转录水平显著下降 | 第105-108页 |
| 3.4.2 rsmA_(Xcc)缺失导致xagB和xagA转录水平显著升高 | 第108-109页 |
| 3.5 RsmA_(Xcc)通过c-di-GMP和C1p调控manA和xag基因簇的转录 | 第109-111页 |
| 3.6 RsmA_(Xcc)调控Xcc生物被膜形成的分子机理 | 第111-112页 |
| 第四章 胞外多糖在Xcc生物被膜形成中的作用 | 第112-123页 |
| 4.1 rsmA_(Xcc)缺失影响gum基因簇的表达 | 第112-114页 |
| 4.2 黄原胶不是rsmA_(Xcc)缺失突变体生物被膜形成必需的 | 第114-116页 |
| 4.2.1 构建GumB非极性整合突变体 | 第114-115页 |
| 4.2.2 整合突变体EPS和生物被膜形成的检测 | 第115-116页 |
| 4.3 ManA可能通过降解Xag-type EPS来解散Xcc生物被膜 | 第116-123页 |
| 4.3.1 构建manA_(Xcc)过量表达菌株 | 第117-121页 |
| 4.3.2 过量表达菌株生物被膜形成的检测 | 第121-122页 |
| 4.3.3 过量表达菌株EPS的检测 | 第122-123页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第123-129页 |
| 5.1 结论 | 第123-125页 |
| 5.1.1 RsmA_(Xcc)通过抑制直接靶标XC1803,XC2715和XC2866(c-di-GMP合成酶)的表达,负调控X_(CC)细胞内c-di-GMP水平,因此抑制生物被膜的形成 | 第123页 |
| 5.1.2 RsmA_(Xcc)通过促进manA_(Xcc)的表达,抑制Xag EPS的产生,因而抑制X_(CC)生物被膜的形成 | 第123-124页 |
| 5.1.3 RsmA_(Xcc)通过c-di-GMP和Clp调控manA和xagA基因的转录 | 第124页 |
| 5.1.4 RsmA_(Xcc)调控X_(CC)生物被膜形成的分子机理 | 第124页 |
| 5.1.5 RsmA_(Xcc)通过影响11个编码GGDEF、EAL和HD-GYP结构域蛋白基因的表达间接调控Xcc细胞内c-di-GMP的水平 | 第124页 |
| 5.1.6 黄原胶不是rsmA_(Xcc)缺失突变体生物被膜形成必需的 | 第124-125页 |
| 5.1.7 ManA可能通过降解Xag-type EPS来解散Xcc生物被膜 | 第125页 |
| 5.2 讨论 | 第125-128页 |
| 5.2.1 Rsm和DSF/rpf调控系统在控制Xcc的群体行为和致病因子产生方面可能有相似的作用 | 第125页 |
| 5.2.2 RsmA_(Xcc)可能通过复杂的调控网络调控细胞内c-di-GMP的水平 | 第125-126页 |
| 5.2.3 manA_(Xcc)编码的内切β-1,4-甘露糖酶(endo-β-1,4-mannanase)可能通过水解xag-type EPS驱散生物被膜 | 第126-127页 |
| 5.2.4 xag-type EPS和Gum-type EPS对rsmA_(Xcc)缺失突变体生物被膜形成影响不一致 | 第127-128页 |
| 5.3 后续工作 | 第128-129页 |
| 5.3.1 RsmA_(Xcc)直接调控靶标的鉴定 | 第128页 |
| 5.3.2 与RsmA_(Xcc)相互作用的小RNA的鉴定 | 第128页 |
| 5.3.3 xag-type EPS的结构及功能研究 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-149页 |
| 致谢 | 第149-150页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第150页 |
