| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-20页 |
| 1.1 胃溃疡概述 | 第15-17页 |
| 1.1.1 胃溃疡的发病诱因 | 第15-16页 |
| 1.1.2 胃溃疡的治疗方法 | 第16-17页 |
| 1.2 胃部菌群和H. pylori | 第17-18页 |
| 1.3 细菌 16S rDNA高通量测序技术 | 第18-20页 |
| 第二章 胃部菌群结构研究 | 第20-48页 |
| 2.1 前言 | 第20-21页 |
| 2.2 实验材料 | 第21-22页 |
| 2.2.1 研究对象 | 第21页 |
| 2.2.2 试剂与仪器 | 第21-22页 |
| 2.2.3 标本采集及运送 | 第22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-29页 |
| 2.3.1 胃粘膜相关菌群总DNA分离、提取、纯化和检测 | 第22-23页 |
| 2.3.2 16S rDNA的v3-v4区的扩增、纯化与回收 | 第23-24页 |
| 2.3.3 建库、库检和测序 | 第24-25页 |
| 2.3.4 下机数据预处理 | 第25-26页 |
| 2.3.5 OTU分析 | 第26-27页 |
| 2.3.6 菌群Alpha多样性分析 | 第27页 |
| 2.3.7 菌群的分类组成分析 | 第27-28页 |
| 2.3.8 菌群结构的Beta多样性分析 | 第28-29页 |
| 2.3.9 网络分析 | 第29页 |
| 2.4 实验结果 | 第29-43页 |
| 2.4.1 胃部菌群 16s rDNA v3-v4区的电泳结果 | 第29页 |
| 2.4.2 OTU分析 | 第29-31页 |
| 2.4.3 菌群Alpha多样性分析 | 第31-35页 |
| 2.4.4 菌群的分类组成分析 | 第35-40页 |
| 2.4.5 菌群结构的Beta多样性分析 | 第40-42页 |
| 2.4.6 网络分析 | 第42-43页 |
| 2.5 讨论 | 第43-48页 |
| 第三章 H. pylori的分子进化研究 | 第48-60页 |
| 3.1 前言 | 第48-49页 |
| 3.2 实验材料 | 第49-51页 |
| 3.2.1 研究对象 | 第49页 |
| 3.2.2 试剂与仪器 | 第49-51页 |
| 3.2.3 培养基 | 第51页 |
| 3.3 实验方法 | 第51-54页 |
| 3.3.1 H.pylori培养、鉴定及冻存 | 第51-52页 |
| 3.3.2 H.pylori总DNA提取、纯化和检测 | 第52页 |
| 3.3.3 cag A基因目的片段的扩增、回收及测序 | 第52-54页 |
| 3.3.4 CagA蛋白羧基端EPIYA位点特征分析 | 第54页 |
| 3.3.5 EPIYA型别与其在胃部的相对丰度关联分析 | 第54页 |
| 3.4 结果 | 第54-58页 |
| 3.4.1 生物学特性 | 第54-55页 |
| 3.4.2 cag A基因的基因多态性 | 第55-56页 |
| 3.4.3 系统进化树的构建 | 第56页 |
| 3.4.4 CagA蛋白羧基端EPIYA位点特征分析 | 第56-57页 |
| 3.4.5 EPIYA型别与其在胃部的相对丰度关联分析 | 第57-58页 |
| 3.5 讨论 | 第58-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-68页 |
| 攻读硕士期间所取得的科研成果 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
