| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-34页 |
| ·引言 | 第12页 |
| ·抗菌肽的研究现状 | 第12-21页 |
| ·抗菌肽的分布、分类 | 第12-14页 |
| ·抗菌肽的作用过程及结构特点 | 第14-16页 |
| ·抗菌肽的功能 | 第16-18页 |
| ·细菌对抗菌肽的抗性 | 第18-19页 |
| ·抗菌肽药物研究现状 | 第19-20页 |
| ·抗菌肽的柔性对活性的影响 | 第20-21页 |
| ·研究手段 | 第21-32页 |
| ·分子动力学模拟 | 第21-30页 |
| ·有限元分析 | 第30-31页 |
| ·温度因子 | 第31-32页 |
| ·论文研究的主要内容 | 第32-34页 |
| 第二章 抗菌肽刚度依赖的构效关系 | 第34-58页 |
| ·材料与方法 | 第34-40页 |
| ·抗菌肽 | 第34-35页 |
| ·研究平台 | 第35页 |
| ·SMD 模拟过程 | 第35-38页 |
| ·拉伸刚度的提取 | 第38-39页 |
| ·SMD 模拟过程的分析 | 第39-40页 |
| ·结果 | 第40-53页 |
| ·抗菌肽体系的平衡 | 第40-41页 |
| ·SMD 模拟参数的选择 | 第41-43页 |
| ·抗菌肽 HP(2-20)及其类似物的非线性拉伸力学特性 | 第43-44页 |
| ·SMD 模拟过程中抗菌肽二级结构的变化 | 第44-45页 |
| ·SMD 模拟过程中抗菌肽肽链骨架二面角的变化 | 第45-48页 |
| ·SMD 模拟中抗菌肽上氢键的变化 | 第48-49页 |
| ·抗菌肽拉伸刚度的提取 | 第49-52页 |
| ·抗菌肽活性与刚度的关系 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 第三章 抗菌肽-膜体系分子动力学模拟 | 第58-83页 |
| ·材料与方法 | 第58-61页 |
| ·体系的构建 | 第58-60页 |
| ·分子动力学模拟过程 | 第60-61页 |
| ·结果 | 第61-79页 |
| ·体系的平衡 | 第61-62页 |
| ·NPAT 系综下抗菌肽几何位置及构象的变化 | 第62-67页 |
| ·NPAT 系综下抗菌肽与膜之间非键相互作用能的变化 | 第67页 |
| ·NPAT 系综下抗菌肽对单个磷脂分子的影响 | 第67-71页 |
| ·NPγT 系综下不同大小表面张力对磷脂分子平均面积的影响 | 第71-73页 |
| ·NPγT 系综下几何位置及构象的变化 | 第73-76页 |
| ·NPγT 系综下抗菌肽与膜之间非键相互作用能的变化 | 第76-77页 |
| ·NPγT 系综下抗菌肽对单个磷脂分子的影响 | 第77-79页 |
| ·讨论 | 第79-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 第四章 抗菌肽-膜体系有限元分析 | 第83-109页 |
| ·材料与方法 | 第83-88页 |
| ·结果 | 第88-105页 |
| ·有限元分析稳定性检验 | 第89页 |
| ·抗菌肽对膜上应力分布的影响 | 第89-95页 |
| ·抗菌肽对膜上应变分布的影响 | 第95-100页 |
| ·抗菌肽对膜上应变能密度分布的影响 | 第100-105页 |
| ·讨论 | 第105-107页 |
| ·本章小结 | 第107-109页 |
| 第五章 抗菌肽抑菌活性对柔性的双相依赖性 | 第109-124页 |
| ·材料与方法 | 第109-110页 |
| ·抗菌肽 | 第109页 |
| ·生物信息学分析 | 第109页 |
| ·计算柔性指数 | 第109-110页 |
| ·抗菌肽 IsCT 及其类似拉伸刚度的提取 | 第110页 |
| ·结果 | 第110-120页 |
| ·抗菌肽的柔性指数 | 第111-112页 |
| ·抗菌肽的柔性指数与拉伸刚度一致 | 第112-113页 |
| ·抗菌肽的柔性指数与活性 | 第113-114页 |
| ·抗菌肽的疏水性与活性 | 第114-115页 |
| ·抗菌肽的两亲性与活性 | 第115-116页 |
| ·抗菌肽的电荷与活性 | 第116-117页 |
| ·柔性-活性关系的结构基础 | 第117-120页 |
| ·讨论 | 第120-123页 |
| ·本章小结 | 第123-124页 |
| 结论 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-133页 |
| 附录 | 第133-150页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第150-152页 |
| 致谢 | 第152-153页 |
| 附件 | 第153页 |
