| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略词 | 第13-14页 |
| 1 引言 | 第14-17页 |
| 2 材料和方法 | 第17-21页 |
| 2.1 实验材料 | 第17页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第17页 |
| 2.1.2 生物信息学服务器及方法 | 第17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-20页 |
| 2.2.1 大肠杆菌中CRISPR信息提取及分析 | 第17-18页 |
| 2.2.2 CRISPR位点临近基因位置关系的确定 | 第18页 |
| 2.2.3 Cas基因的识别 | 第18页 |
| 2.2.4 重复序列分析 | 第18页 |
| 2.2.5 间隔序列分析 | 第18-19页 |
| 2.2.6 CRISPR分型数据库的构建 | 第19页 |
| 2.2.7 大肠杆菌菌株血清型、毒力基因及MLST分型结果的获取 | 第19页 |
| 2.2.8 序列比对及系统进化树的构建 | 第19页 |
| 2.2.9 统计分析 | 第19-20页 |
| 2.3 技术路线图 | 第20-21页 |
| 3 结果 | 第21-51页 |
| 3.1 283株全基因组测序的大肠杆菌CRISPR/Cas系统的结构特征 | 第21-35页 |
| 3.1.1 大肠杆菌CRISPR/Cas系统中CRISPR位点的新命名方法 | 第21页 |
| 3.1.2 CRISPR/Cas系统在大肠杆菌中基因组中的存在形式及分布情况 | 第21-23页 |
| 3.1.3 Cas基因 | 第23页 |
| 3.1.4 重复序列 | 第23-25页 |
| 3.1.5 间隔序列 | 第25-34页 |
| 3.1.6 CRISPR1及CRISPR2.2之间的相互关系 | 第34-35页 |
| 3.2 大肠杆菌CRISPR分型数据库的构建 | 第35-40页 |
| 3.2.1 数据库中菌株基本信息 | 第35页 |
| 3.2.2 间隔序列的识别 | 第35-37页 |
| 3.2.3 间隔序列图谱构建 | 第37页 |
| 3.2.4 CCT（Conventional CRISPR Type）分型数据库的构建 | 第37-38页 |
| 3.2.5 CLPST （CRISPR Locus Pairing Sequence Type）分型数据库的构建 | 第38页 |
| 3.2.6 CCT、CLPST、MLST及血清分型方法的比较 | 第38-39页 |
| 3.2.7 CCT、CLPST、MLST及血清分型四种分型方法之间的关系 | 第39-40页 |
| 3.3 间隔序列组成及排布方式与血清分型及stx噬菌体的关系 | 第40-44页 |
| 3.3.1 O157:H7血清型大肠杆菌间隔序列组成及排列顺序与stx噬菌体的关系 | 第40-41页 |
| 3.3.2 O26:H11或NM血清型大肠杆菌间隔序列组成及排列顺序与stx噬菌体的关系 | 第41-44页 |
| 3.4 间隔序列排布方式与分离地区、分离来源及分离时间的关系 | 第44-45页 |
| 3.5 CRISPR分型方法在预测大肠杆菌血清型中的应用 | 第45-51页 |
| 4 讨论 | 第51-57页 |
| 4.1 大肠杆菌CRISPR/Cas系统的生物信息学分析 | 第51-53页 |
| 4.2 大肠杆菌CRISPR分型数据库的构建 | 第53-54页 |
| 4.3 间隔序列组成及排布方式与血清分型及stx噬菌体的关系 | 第54页 |
| 4.4 间隔序列排布方式与分离地区、分离来源及分离时间的关系 | 第54-55页 |
| 4.5 CRISPR分型方法在预测大肠杆菌血清型中的应用 | 第55-57页 |
| 5 创新性与局限性 | 第57-58页 |
| 6 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 综述 CRISPR分子分型技术在病原菌分型中的研究进展 | 第63-77页 |
| 1 CRISPR/Cas系统研究历史 | 第63-64页 |
| 2 CRISPR/Cas系统的结构与分类 | 第64-66页 |
| 2.1 CRISPR/Cas系统的结构 | 第64-66页 |
| 2.1.1 CRISPR基因簇 | 第64-65页 |
| 2.1.2 前导序列 | 第65页 |
| 2.1.3 Cas蛋白 | 第65-66页 |
| 2.2 CRISPR/Cas系统的分类 | 第66页 |
| 3 CRISPR/Cas系统的功能介绍 | 第66-67页 |
| 3.1 适应阶段 | 第66-67页 |
| 3.2 表达阶段 | 第67页 |
| 3.3 干扰阶段 | 第67页 |
| 4 CRISPR在致病菌分型中的应用 | 第67-70页 |
| 4.1 间区寡核苷酸分型（Spoligotyping） | 第68页 |
| 4.2 传统CRISPR分型方法（Conventional CRISPR Type，CCT） | 第68-69页 |
| 4.3 多毒力位点-CRISPR分型方法（CRISPR-Multi-Virulence-Locus sequencetyping，CRISPR-MVLST） | 第69-70页 |
| 5 CRISPR分子分型方法在预测血清型中的应用 | 第70-71页 |
| 6 总结与展望 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 附录 | 第77-92页 |
| 个人简历 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93页 |
