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基于CRISPR的大肠杆菌分子分型方法的建立

摘要第4-6页
Abstract第6-7页
英文缩略词第13-14页
1 引言第14-17页
2 材料和方法第17-21页
    2.1 实验材料第17页
        2.1.1 菌株来源第17页
        2.1.2 生物信息学服务器及方法第17页
    2.2 实验方法第17-20页
        2.2.1 大肠杆菌中CRISPR信息提取及分析第17-18页
        2.2.2 CRISPR位点临近基因位置关系的确定第18页
        2.2.3 Cas基因的识别第18页
        2.2.4 重复序列分析第18页
        2.2.5 间隔序列分析第18-19页
        2.2.6 CRISPR分型数据库的构建第19页
        2.2.7 大肠杆菌菌株血清型、毒力基因及MLST分型结果的获取第19页
        2.2.8 序列比对及系统进化树的构建第19页
        2.2.9 统计分析第19-20页
    2.3 技术路线图第20-21页
3 结果第21-51页
    3.1 283株全基因组测序的大肠杆菌CRISPR/Cas系统的结构特征第21-35页
        3.1.1 大肠杆菌CRISPR/Cas系统中CRISPR位点的新命名方法第21页
        3.1.2 CRISPR/Cas系统在大肠杆菌中基因组中的存在形式及分布情况第21-23页
        3.1.3 Cas基因第23页
        3.1.4 重复序列第23-25页
        3.1.5 间隔序列第25-34页
        3.1.6 CRISPR1及CRISPR2.2之间的相互关系第34-35页
    3.2 大肠杆菌CRISPR分型数据库的构建第35-40页
        3.2.1 数据库中菌株基本信息第35页
        3.2.2 间隔序列的识别第35-37页
        3.2.3 间隔序列图谱构建第37页
        3.2.4 CCT(Conventional CRISPR Type)分型数据库的构建第37-38页
        3.2.5 CLPST (CRISPR Locus Pairing Sequence Type)分型数据库的构建第38页
        3.2.6 CCT、CLPST、MLST及血清分型方法的比较第38-39页
        3.2.7 CCT、CLPST、MLST及血清分型四种分型方法之间的关系第39-40页
    3.3 间隔序列组成及排布方式与血清分型及stx噬菌体的关系第40-44页
        3.3.1 O157:H7血清型大肠杆菌间隔序列组成及排列顺序与stx噬菌体的关系第40-41页
        3.3.2 O26:H11或NM血清型大肠杆菌间隔序列组成及排列顺序与stx噬菌体的关系第41-44页
    3.4 间隔序列排布方式与分离地区、分离来源及分离时间的关系第44-45页
    3.5 CRISPR分型方法在预测大肠杆菌血清型中的应用第45-51页
4 讨论第51-57页
    4.1 大肠杆菌CRISPR/Cas系统的生物信息学分析第51-53页
    4.2 大肠杆菌CRISPR分型数据库的构建第53-54页
    4.3 间隔序列组成及排布方式与血清分型及stx噬菌体的关系第54页
    4.4 间隔序列排布方式与分离地区、分离来源及分离时间的关系第54-55页
    4.5 CRISPR分型方法在预测大肠杆菌血清型中的应用第55-57页
5 创新性与局限性第57-58页
6 结论第58-59页
参考文献第59-63页
综述 CRISPR分子分型技术在病原菌分型中的研究进展第63-77页
    1 CRISPR/Cas系统研究历史第63-64页
    2 CRISPR/Cas系统的结构与分类第64-66页
        2.1 CRISPR/Cas系统的结构第64-66页
            2.1.1 CRISPR基因簇第64-65页
            2.1.2 前导序列第65页
            2.1.3 Cas蛋白第65-66页
        2.2 CRISPR/Cas系统的分类第66页
    3 CRISPR/Cas系统的功能介绍第66-67页
        3.1 适应阶段第66-67页
        3.2 表达阶段第67页
        3.3 干扰阶段第67页
    4 CRISPR在致病菌分型中的应用第67-70页
        4.1 间区寡核苷酸分型(Spoligotyping)第68页
        4.2 传统CRISPR分型方法(Conventional CRISPR Type,CCT)第68-69页
        4.3 多毒力位点-CRISPR分型方法(CRISPR-Multi-Virulence-Locus sequencetyping,CRISPR-MVLST)第69-70页
    5 CRISPR分子分型方法在预测血清型中的应用第70-71页
    6 总结与展望第71-73页
    参考文献第73-77页
附录第77-92页
个人简历第92-93页
致谢第93页

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