| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-27页 |
| 1.1 问题的由来 | 第12-13页 |
| 1.2 肌纤维的特征和类型研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2.1 肌纤维特征 | 第13页 |
| 1.2.2 肌纤维类型的分类方法 | 第13-15页 |
| 1.3 肌纤维和生产性能的关系 | 第15-19页 |
| 1.3.1 肌纤维与胴体性状 | 第15-16页 |
| 1.3.2 肌纤维与肉质 | 第16-19页 |
| 1.4 肌纤维性状的遗传研究进展 | 第19-24页 |
| 1.4.1 主效基因 | 第19-21页 |
| 1.4.2 其他候选基因 | 第21-22页 |
| 1.4.3 品种 | 第22-24页 |
| 1.4.4 锻炼、环境温度和营养 | 第24页 |
| 1.5 高通量时代 | 第24-26页 |
| 1.6 研究的目的意义 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-41页 |
| 2.1 试验材料 | 第27-30页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第27页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第27-28页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.1.4 缓冲液和常用试剂的配制 | 第29-30页 |
| 2.1.5 主要软件和数据库 | 第30页 |
| 2.2 试验方法 | 第30-41页 |
| 2.2.1 技术路线 | 第30-31页 |
| 2.2.2 试验样本采集 | 第31页 |
| 2.2.3 石蜡切片技术 | 第31-32页 |
| 2.2.4 HE染色 | 第32页 |
| 2.2.5 免疫组织化学技术 | 第32-33页 |
| 2.2.6 显微摄影及图像分析 | 第33页 |
| 2.2.7 切片数据统计及分析 | 第33页 |
| 2.2.8 总RNA提取 | 第33-34页 |
| 2.2.9 RNA质量检测 | 第34页 |
| 2.2.10 转录组RNA-Seq高通量测序 | 第34-35页 |
| 2.2.11 cDNA文库制备与测序 | 第35-36页 |
| 2.2.12 转录组测序原始数据质控 | 第36页 |
| 2.2.13 测序reads比对到基因组 | 第36-37页 |
| 2.2.14 转录本表达水平确定 | 第37页 |
| 2.2.15 转录本组装、可变剪切事件鉴定与差异基因筛选 | 第37-38页 |
| 2.2.16 差异基因的GO及KEGG富集分析 | 第38页 |
| 2.2.17 反转录反应 | 第38-39页 |
| 2.2.18 实时荧光定量PCR反应 | 第39-40页 |
| 2.2.19 定量PCR结果数据分析 | 第40-41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-64页 |
| 3.1 肌肉的HE染色与形态学分析 | 第41页 |
| 3.2 肌肉的快慢肌免疫组织化学分析 | 第41-45页 |
| 3.3 RNA完整性的检测结果 | 第45-46页 |
| 3.4 转录组测序测序分析 | 第46-64页 |
| 3.4.1 测序下机数据质量控制 | 第46-48页 |
| 3.4.2 测序数据比对到参考基因组 | 第48页 |
| 3.4.3 可变剪切分析 | 第48-50页 |
| 3.4.4 基因表达水平的分析 | 第50-52页 |
| 3.4.5 差异表达基因分析 | 第52-56页 |
| 3.4.6 差异表达基因的GO富集分析 | 第56-60页 |
| 3.4.7 差异表达基因的KEGG通路富集分析 | 第60-62页 |
| 3.4.8 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第62-64页 |
| 4 讨论 | 第64-71页 |
| 4.1 关于品种 | 第64-65页 |
| 4.2 关于转录组 | 第65-66页 |
| 4.3 关于差异表达基因 | 第66-68页 |
| 4.4 关于差异基因的GO分析和KEGG分析 | 第68-71页 |
| 5 小结 | 第71-73页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第71-72页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第72页 |
| 5.3 本试验的不足与进一步研究的建议 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-88页 |
| 附录 | 第88-102页 |
| 1 测序质控信息 | 第88-96页 |
| 2 差异表达基因列表（最强上调和最强下调部分） | 第96-100页 |
| 3 差异表达基因显著富集的KEGG通路 | 第100-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |