| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-19页 |
| 1.1 高通量测序技术体系和主要应用 | 第10-14页 |
| 1.1.1 高通量测序技术原理 | 第10-11页 |
| 1.1.2 全基因组重测序 | 第11-12页 |
| 1.1.3 简化基因组测序 | 第12-14页 |
| 1.1.4 转录组测序 | 第14页 |
| 1.2 关联分析和玉米关键性状的研究进展 | 第14-18页 |
| 1.2.1 关联分析 | 第14-16页 |
| 1.2.2 玉米籽粒油份含量及部分农艺性状的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.3 本研究的意义和目的 | 第18-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-29页 |
| 2.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 关联群体材料 | 第19页 |
| 2.1.2 TEO/MO17 RIL群体中10份典型材料 | 第19页 |
| 2.1.3 合作项目芒草材料 | 第19-20页 |
| 2.2 高通量测序平台的构建 | 第20-26页 |
| 2.2.1 简化基因组测序GBS建库及其改进 | 第20-23页 |
| 2.2.2 关联群体材料的DNA质量控制、GBS建库及基因型鉴定 | 第23页 |
| 2.2.3 TEO /MO17 RIL群体中10份典型材料的Pair-end及Mate-pair建库 | 第23-26页 |
| 2.2.4 芒草DNA提取、质量控制、GBS建库和基因型鉴定 | 第26页 |
| 2.3 全基因组关联分析 | 第26-29页 |
| 2.3.1 表型测定、群体结构和亲缘关系评估 | 第26页 |
| 2.3.2 各基因型鉴定技术开发的SNP标记一致性比较、整合、推算及SNP注释 | 第26-27页 |
| 2.3.3 基于各基因型鉴定技术的全基因组关联分析 | 第27-28页 |
| 2.3.4 基因注释、功能预测、新显著位点的确定及候选基因提名 | 第28-29页 |
| 3 结果分析 | 第29-51页 |
| 3.1 高通量测序结果分析 | 第29-35页 |
| 3.1.1 关联群体GBS技术开发SNP变异结果的统计及初步验证 | 第29-33页 |
| 3.1.2 芒草材料GBS基因型鉴定 | 第33-35页 |
| 3.2 影响玉米复杂性状变异位点的鉴定和分析 | 第35-51页 |
| 3.2.1 各基因型鉴定技术SNP标记一致性验证及推算结果 | 第35-36页 |
| 3.2.2 整合基因型的优势体现 | 第36-38页 |
| 3.2.3 基于各基因型鉴定技术结合籽粒油份含量的GWAS结果比较 | 第38-39页 |
| 3.2.4 利用整合基因型的GWAS鉴定影响籽粒油份含量的新位点 | 第39-41页 |
| 3.2.5 非基因区间的新位点影响籽粒油份含量变异 | 第41-43页 |
| 3.2.6 非基因区间油份含量显著关联的新位点与e QTL共定位分析 | 第43-45页 |
| 3.2.7 调控油份含量变异的候选基因功能注释 | 第45-47页 |
| 3.2.8 与穗长变异显著关联的位点及与QTL共定位分析 | 第47-49页 |
| 3.2.9 与雄穗主轴长变异显著关联的位点及与QTL共定位分析 | 第49-51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 简化基因组测序GBS建库方法 | 第51页 |
| 4.2 GBS pipe line鉴定SNP标记 | 第51-52页 |
| 4.3 各基因型鉴定技术的差异 | 第52-53页 |
| 4.4 影响GWAS效应的因素 | 第53页 |
| 4.5 影响关键性状的候选基因 | 第53-55页 |
| 5 主要结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
| 附录 | 第64-66页 |
| 附录 1 GBS接头及引物序列 | 第64-65页 |
| 附录 2 CTAB法提取玉米DNA用于高通量测序 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
