| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 阿维链霉菌相关简介 | 第12-16页 |
| 1.1.1 链霉菌 | 第12页 |
| 1.1.2 链霉菌形态分化和代谢产物生物合成的调控 | 第12-13页 |
| 1.1.3 阿维链霉菌与阿维菌素 | 第13-14页 |
| 1.1.4 阿维链霉菌基因组的序列分析 | 第14页 |
| 1.1.5 阿维菌素生物合成的调控 | 第14-16页 |
| 1.2 DNA与转录因子相互作用的研究方法及进展 | 第16-20页 |
| 1.2.1 传统研究方法 | 第16-18页 |
| 1.2.1.1 电泳迁移率变动分析(Electrophoresis Mobility Shift Assay,EMSA) | 第16-17页 |
| 1.2.1.2 DNase I足迹法(DNase I footprinting) | 第17页 |
| 1.2.1.3 表面等离子共振(Surface plasmon resonance,SPR) | 第17-18页 |
| 1.2.1.4 生物膜干涉(Biolayer Interferometry,BLI) | 第18页 |
| 1.2.1.5 染色质免疫沉淀法(Chromatin Immuno Precipitation analysis,ChIP) | 第18页 |
| 1.2.2 ALPHA技术 | 第18-20页 |
| 1.2.2.1 ALPHA的原理 | 第18-19页 |
| 1.2.2.2 ALPHA技术的优缺点及应用 | 第19-20页 |
| 1.3 基于别构转录因子识别的小分子检测 | 第20-23页 |
| 1.3.1 生物传感器 | 第20页 |
| 1.3.2 别构转录因子及其在小分子检测领域的应用 | 第20-23页 |
| 第二章 建立阿维链霉菌的全基因组转录因子靶点筛选方法 | 第23-38页 |
| 2.1 材料 | 第23-26页 |
| 2.1.1 试剂 | 第23页 |
| 2.1.2 菌株和质粒 | 第23页 |
| 2.1.3 培养基的配制 | 第23-24页 |
| 2.1.4 缓冲液的配制 | 第24-26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 带有生物素标签的各个DNA片段的制备 | 第26-27页 |
| 2.2.2 带有His_6标签的AvaR1蛋白的表达纯化 | 第27页 |
| 2.2.3 凝胶阻滞实验(EMSA) | 第27-28页 |
| 2.2.4 生物膜干涉实验(BLI) | 第28页 |
| 2.2.5 确定精确结合位点的实验策略 | 第28-29页 |
| 2.2.6 荧光的输出分析 | 第29页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第29-37页 |
| 2.3.1 ALPHA方法的建立并将其应用于确定有无相互作用 | 第29-32页 |
| 2.3.2 确定精确的结合位点 | 第32-34页 |
| 2.3.3 相互作用强度的测定 | 第34-35页 |
| 2.3.4 目标蛋白全局靶点的筛选 | 第35-37页 |
| 2.4 小结 | 第37-38页 |
| 第三章 建立基于别构转录因子识别的小分子检测方法 | 第38-58页 |
| 3.1 材料 | 第38-43页 |
| 3.1.1 试剂 | 第38页 |
| 3.1.2 菌株和质粒 | 第38-39页 |
| 3.1.3 培养基的配制 | 第39页 |
| 3.1.4 缓冲液的配制 | 第39-43页 |
| 3.2 方法 | 第43-46页 |
| 3.2.1 带有生物素标签的hucO,otrO及其突变体的制备 | 第43页 |
| 3.2.2 带有His_6标签的HucR和OtrR蛋白的制备 | 第43-44页 |
| 3.2.3 凝胶阻滞实验(EMSA) | 第44页 |
| 3.2.4 生物膜干涉实验(BLI) | 第44页 |
| 3.2.5 荧光的输出分析 | 第44-45页 |
| 3.2.6 基于aTFs和ALPHA技术的小分子检测方法的原理 | 第45-46页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第46-55页 |
| 3.3.1 基于HucR识别的检测尿酸的新方法 | 第46-48页 |
| 3.3.2 基于aTFs识别的检测方法的优化—理论分析 | 第48-50页 |
| 3.3.3 基于aTFs识别的检测方法的优化—实验验证 | 第50-53页 |
| 3.3.4 基于OtrR识别的检测土霉素的新方法 | 第53-55页 |
| 3.3.5 土霉素检测新方法的优化 | 第55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 3.5 小结 | 第57-58页 |
| 第四章 结论与展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第71页 |
