| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 蛋白质二级结构与弱相互作用种类 | 第11页 |
| 1.2 蛋白质结构的研究方法 | 第11-13页 |
| 1.3 PPII是一种特殊的二级结构 | 第13-17页 |
| 1.4 本论文的研究内容 | 第17-18页 |
| 第二章 溶剂环境对PPII结构的影响 | 第18-25页 |
| 2.1 初始结构的来源 | 第18-19页 |
| 2.2 计算方法 | 第19-20页 |
| 2.3 不同介电常数的溶剂下PPII结构的变化 | 第20-21页 |
| 2.4 脯氨酸endo/exo异构体对PPII结构的影响 | 第21-22页 |
| 2.5 讨论 | 第22-25页 |
| 第三章n-π~*作用 | 第25-34页 |
| 3.1 n-π~*作用及其在蛋白质中的表现 | 第25-26页 |
| 3.2 n-π~*作用的研究方法 | 第26-28页 |
| 3.2.1 自然键轨道分析（NBO analysis） | 第26-27页 |
| 3.2.2 羰基椎体化（Carbonyl pyramidalization）与Bürgi-Dunitz angle | 第27-28页 |
| 3.3 PPII 中脯氨酸 endo/exo 异构体对 n-π~*作用的影响 | 第28-30页 |
| 3.4 脯氨酸endo/exo异构体对PPII结构稳定性的影响 | 第30-31页 |
| 3.5 讨论 | 第31-34页 |
| 第四章 非键作用的可视化呈现 | 第34-43页 |
| 4.1 NCIPLOT的原理 | 第34-37页 |
| 4.2 利用NCIPLOT呈现PPII结构中的弱相互作用 | 第37-38页 |
| 4.3 脯氨酸endo/exo异构体表现出的分子偶极矩的区别 | 第38-40页 |
| 4.4 讨论 | 第40-43页 |
| 第五章 PDB统计分析 | 第43-48页 |
| 5.1 方法与材料 | 第43-44页 |
| 5.2 脯氨酸endo/exo异构体在大量源自PDB结构数据的PPII结构中的表现 | 第44-47页 |
| 5.3 讨论 | 第47-48页 |
| 第六章 总结与展望 | 第48-49页 |
| 6.1 总结 | 第48页 |
| 6.2 展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-51页 |
| 硕士期间发表的文章 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
