| Abstract | 第5页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| 1 Introduction | 第10-17页 |
| 1.1 Background and significance | 第11-12页 |
| 1.2 Domestic and Overseas Progress | 第12页 |
| 1.3 Research Content and methodology | 第12-14页 |
| 1.4 Objectives | 第14-15页 |
| 1.5 Key Problems solved | 第15-17页 |
| 2 Background | 第17-28页 |
| 2.1 Protein function | 第17-20页 |
| 2.1.1 Categories of protein functions | 第17-19页 |
| 2.1.2 Protein Data resources | 第19-20页 |
| 2.1.3 Extraction of Protein annotations | 第20页 |
| 2.2 Interaction Networks | 第20-22页 |
| 2.2.1 Role of PPI in Proteomics | 第21页 |
| 2.2.2 Analysis of Gene expression data | 第21-22页 |
| 2.3 Function Prediction from Sequence and structure | 第22-23页 |
| 2.3.1 Homology-based methods | 第22-23页 |
| 2.3.2 Sequence motif-based methods | 第23页 |
| 2.4 Function Prediction from Network-based methods | 第23-26页 |
| 2.4.1 Graph theoretic methods | 第23-24页 |
| 2.4.2 Neighborhood counting | 第24页 |
| 2.4.3 Module-assisted methods | 第24-25页 |
| 2.4.4 Gene co-expression network based methods | 第25-26页 |
| 2.5 Evolution of Protein Interaction Networks | 第26-28页 |
| 2.5.1 Experimental determination of protein functions | 第26页 |
| 2.5.2 Networks from integrated datasets | 第26-28页 |
| 3 Computational methods for protein function prediction | 第28-39页 |
| 3.1 Datasets | 第28-31页 |
| 3.1.1 Network and Graphical model definition | 第29-30页 |
| 3.1.2 Model parameters and assumptions | 第30-31页 |
| 3.2 Network construction | 第31-33页 |
| 3.2.1 Weighted gene co-expression network analysis | 第31-32页 |
| 3.2.2 Network construction and functional module detection | 第32-33页 |
| 3.3 Network Analysis | 第33-35页 |
| 3.3.1 Significant modules and module ranking | 第33-34页 |
| 3.3.2 Differential expression analysis | 第34-35页 |
| 3.4 Prediction by Information Integration | 第35-39页 |
| 3.4.1 Bi-relational Graphical model definition | 第35-37页 |
| 3.4.2 Protein function prediction based on transductive multi-label learning | 第37-38页 |
| 3.4.3 Data fusion and label propagation | 第38-39页 |
| 4 Results and implementation | 第39-52页 |
| 4.1 Functional information from network analysis | 第39-44页 |
| 4.1.1 Co-expression analysis | 第39-41页 |
| 4.1.2 Cluster analysis and biological validation | 第41-43页 |
| 4.1.3 Enrichment analysis | 第43-44页 |
| 4.2 Comparison with other methods | 第44-50页 |
| 4.2.1 Evaluation metrics | 第44-49页 |
| 4.2.3 Parameter sensitivity analysis | 第49-50页 |
| 4.3 Implementation | 第50-52页 |
| Conclusion | 第52-53页 |
| Reference | 第53-57页 |
| Research Projects and Publications in Master Study | 第57-58页 |
| Acknowledgement | 第58-60页 |
