| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-24页 |
| 1.1 微生物基因组规模生物网络模型的构建 | 第11-14页 |
| 1.1.1 工业微生物高通量数据及基因组技术的发展 | 第11-12页 |
| 1.1.2 基因组规模代谢网络模型的构建 | 第12-13页 |
| 1.1.3 基因组规模转录调控网络模型的构建 | 第13页 |
| 1.1.4 基因组规模蛋白质互作网络模型的构建 | 第13页 |
| 1.1.5 基因组规模全细胞网络模型的构建 | 第13-14页 |
| 1.1.6 其他基因组规模生物模型的构建 | 第14页 |
| 1.2 基因组规模生物网络模型在工业微生物中的应用 | 第14-19页 |
| 1.2.1 解析工业微生物的生理特性 | 第14-16页 |
| 1.2.2 发展微生物菌种生产性能优化策略 | 第16-19页 |
| 1.3 光滑球拟酵母生理特性的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.1 基于菌种选育的生产性能优化策略 | 第19页 |
| 1.3.2 基于营养条件的生产性能优化策略 | 第19-20页 |
| 1.3.3 基于辅因子工程的生产性能优化策略 | 第20页 |
| 1.4 本论文主要研究内容 | 第20-24页 |
| 1.4.1 系统生物学阐释光滑球拟酵母生理特征、生产性能面临的科学问题 | 第20-22页 |
| 1.4.2 本论文主要研究内容 | 第22-24页 |
| 第二章 光滑球拟酵母CCTCC M202019全基因组测序与特征分析 | 第24-36页 |
| 2.1 前言 | 第24-25页 |
| 2.2 材料与方法 | 第25-27页 |
| 2.2.1 光滑球拟酵母CCTCC M202019和CBS138的发酵实验 | 第25页 |
| 2.2.2 致病性检测 | 第25-26页 |
| 2.2.3 光滑球拟酵母CCTCC M202019基因组的提取 | 第26页 |
| 2.2.4 基因组测序和拼接 | 第26页 |
| 2.2.5 基因组预测和注释 | 第26-27页 |
| 2.2.6 光滑球拟酵母CCTCC M202019和CBS138的比较基因组研究 | 第27页 |
| 2.2.7 光滑球拟酵母凝集素蛋白的分析 | 第27页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第27-35页 |
| 2.3.1 光滑球拟酵母生产丙酮酸的能力评估 | 第27-31页 |
| 2.3.2 光滑球拟酵母CCTCC M202019全基因组测序及基本特征 | 第31页 |
| 2.3.3 光滑球拟酵母CCTCC M202019和CBS138比较基因组概况 | 第31-32页 |
| 2.3.4 光滑球拟酵母CCTCC M202019高产丙酮酸的基因特征 | 第32页 |
| 2.3.5 光滑球拟酵母与黏附性相关的基因特征 | 第32-34页 |
| 2.3.6 光滑球拟酵母CCTCC M202019菌株生产安全性评价 | 第34-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 光滑球拟酵母基因组规模代谢网络模型iNX804的构建与应用 | 第36-51页 |
| 3.1 前言 | 第36页 |
| 3.2 材料与方法 | 第36-38页 |
| 3.2.1 粗模型的构建 | 第36-37页 |
| 3.2.2 模型的精细化 | 第37-38页 |
| 3.2.3 模型的修正和验证 | 第38页 |
| 3.2.4 模型的分析与应用 | 第38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-49页 |
| 3.3.1 光滑球拟酵母基因组规模代谢网络模型iNX804的构建和特征分析 | 第38-41页 |
| 3.3.2 模型iNX804准确性评价 | 第41-42页 |
| 3.3.3 光滑球拟酵母生长必需基因分析 | 第42-44页 |
| 3.3.4 基于模型iNX804的生产性能的解析和优化 | 第44-47页 |
| 3.3.5 光滑球拟酵母生产精细化学品的合成途径设计与构建 | 第47-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 光滑球拟酵母基因组规模转录调控模型的构建与分析 | 第51-61页 |
| 4.1 前言 | 第51页 |
| 4.2 材料与方法 | 第51-53页 |
| 4.2.1 光滑球拟酵母相关组学材料的准备 | 第51-52页 |
| 4.2.2 光滑球拟酵母转录因子的预测 | 第52页 |
| 4.2.3 光滑球拟酵母转录调控网络模型的构建 | 第52页 |
| 4.2.4 光滑球拟酵母转录调控网络模型的精炼与评价 | 第52-53页 |
| 4.2.5 光滑球拟酵母转录调控网络模型的特征 | 第53页 |
| 4.2.6 光滑球拟酵母转录调控网络模型的应用 | 第53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-60页 |
| 4.3.1 光滑球拟酵母转录调控网络模型的构建与特征分析 | 第53-55页 |
| 4.3.2 转录调控功能性模块的分析 | 第55-58页 |
| 4.3.3 光滑球拟酵母转录调控网络模型的应用 | 第58-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 工业微生物辅因子代谢网络模型icmNX6434的构建 | 第61-72页 |
| 5.1 前言 | 第61页 |
| 5.2 材料与方法 | 第61-63页 |
| 5.2.1 辅因子代谢网络模型构建所需的数据 | 第61-62页 |
| 5.2.2 辅因子代谢网络粗模型的构建 | 第62页 |
| 5.2.3 辅因子代谢网络模型的统一和精炼 | 第62-63页 |
| 5.2.4 辅因子代谢网络模型的调试与分析 | 第63页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第63-70页 |
| 5.3.1 辅因子代谢网络模型icmNX6434的构建 | 第63-66页 |
| 5.3.2 辅因子代谢网络模型icmNX6434的特征分析 | 第66-68页 |
| 5.3.3 辅因子的合成、消耗及相互转化 | 第68-70页 |
| 5.4 本章小结 | 第70-72页 |
| 第六章 模型icmNX6434对工业微生物生产性能的解析与优化 | 第72-87页 |
| 6.1 前言 | 第72页 |
| 6.2 材料与方法 | 第72-75页 |
| 6.2.1 实验材料 | 第72-73页 |
| 6.2.2 模拟和分析 | 第73-75页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第75-85页 |
| 6.3.1 辅因子对细胞生长的影响 | 第75-76页 |
| 6.3.2 辅因子对目标产物合成的影响 | 第76-79页 |
| 6.3.3 辅因子对鲁棒性的影响 | 第79-82页 |
| 6.3.4 基于模型icmNX6434的工业微生物生产性能优化 | 第82-85页 |
| 6.4 本章小结 | 第85-87页 |
| 主要结论与展望 | 第87-89页 |
| 主要结论 | 第87-88页 |
| 展望 | 第88-89页 |
| 论文创新点 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-101页 |
| 附录Ⅰ: 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第101-102页 |
| 附录Ⅱ: 缩略语表 | 第102-104页 |
| 附录Ⅲ: 光滑球拟酵母中单核苷酸多态性位点分布 | 第104-107页 |
| 附录Ⅳ: 光滑球拟酵母生物量组成 | 第107-109页 |
| 附录Ⅴ: 光滑球拟酵母转录调控子网络中多级调控关系 | 第109-113页 |
| 附录Ⅵ: 三类辅因子模型的生物量组成 | 第113-116页 |
| 附录Ⅶ: 原核和真核微生物通用代谢途径中特有辅因子代谢 | 第116-118页 |
| 附录Ⅷ: 辅因子常见合成和消耗反应 | 第118-124页 |
