| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-37页 |
| ·分子模拟的研究进展 | 第13-18页 |
| ·分子模拟方法概述 | 第13-15页 |
| ·量子力学法 | 第13页 |
| ·分子力学方法 | 第13-14页 |
| ·分子动力学方法 | 第14页 |
| ·蒙特卡罗法 | 第14-15页 |
| ·分子模拟常用软件 | 第15页 |
| ·分子模拟的应用 | 第15-18页 |
| ·分子模拟在石油化工领域的应用 | 第15-17页 |
| ·分子模拟在高分子材料中的的应用 | 第17页 |
| ·分子模拟在生物学中的应用 | 第17-18页 |
| ·脂肪酶的研究现状 | 第18-22页 |
| ·脂肪酶的介绍及其应用 | 第18-19页 |
| ·脂肪酶的分子和结构特征 | 第19-21页 |
| ·脂肪酶的催化特征 | 第21页 |
| ·脂肪酶的手性拆分和对映体选择性 | 第21-22页 |
| ·分子模拟在脂肪酶研究中的应用 | 第22-35页 |
| ·分子对接在脂肪酶中的应用 | 第22-29页 |
| ·分子对接的介绍 | 第22-23页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第23-24页 |
| ·分子对接在脂肪酶研究中的应用实例 | 第24-29页 |
| ·分子动力学在脂肪酶中的应用 | 第29-35页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第29-30页 |
| ·分子动力学在脂肪酶研究中的应用 | 第30-35页 |
| ·本文研究思路 | 第35-37页 |
| 第二章 已知PDB结构脂肪酶与底物的对接模拟 | 第37-59页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·模拟软件介绍 | 第38-41页 |
| ·分子模拟平台Sybyl | 第38页 |
| ·对接软件介绍 | 第38-41页 |
| ·Surflex介绍 | 第38-40页 |
| ·FlexX介绍 | 第40-41页 |
| ·对接模拟部分 | 第41-56页 |
| ·Surflex普通对接 | 第41-47页 |
| ·对接底物分子库的选取 | 第41页 |
| ·底物分子的制备 | 第41-42页 |
| ·受体脂肪酶结构的制备 | 第42页 |
| ·Surflex进行的底物结构和酶蛋白的对接 | 第42-45页 |
| ·Surflex对接打分及结果分析 | 第45-47页 |
| ·实验自由能差和Surflex预测自由能差相关性分析 | 第47页 |
| ·Surflex高精度对接 | 第47-51页 |
| ·对接底物分子库的选取 | 第47-48页 |
| ·底物分子的制备 | 第48页 |
| ·受体脂肪酶结构的制备 | 第48页 |
| ·Surflex-GeomX进行的底物和酶蛋白的对接 | 第48-49页 |
| ·Surflex-GeomX对接结果分析 | 第49页 |
| ·实验自由能差和Surflex-GeomX预测自由能差相关性分析 | 第49页 |
| ·Surflex-GeomX对接预测结果评价 | 第49-51页 |
| ·FlexX共价对接 | 第51-56页 |
| ·底物分子的制备 | 第51页 |
| ·受体脂肪酶分子的制备 | 第51页 |
| ·中间态底物和酶的共价对接 | 第51-52页 |
| ·FlexX共价对接打分及结果分析 | 第52-54页 |
| ·FlexX预测自由能差和对接自由能差相关性分析 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-59页 |
| 第三章 三种模建脂肪酶的底物对映体选择性预测 | 第59-67页 |
| ·引言 | 第59页 |
| ·材料和方法 | 第59-66页 |
| ·模拟软件和材料 | 第59-60页 |
| ·三种脂肪酶的同源模建 | 第60页 |
| ·模建结果的评价 | 第60-62页 |
| ·模建脂肪酶催化残基的确定 | 第62页 |
| ·受体酶结构和中间态底物的制备 | 第62页 |
| ·酶和中间态底物的对接 | 第62页 |
| ·FlexX共价对接打分及结果分析 | 第62-64页 |
| ·实验自由能差和FlexX预测自由能差相关性分析 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 第四章 脂肪酶HLL结构的分子动力学研究 | 第67-77页 |
| ·引言 | 第67页 |
| ·材料和软件 | 第67-68页 |
| ·模拟方法 | 第68-75页 |
| ·整体思路 | 第68页 |
| ·酶结构的预处理 | 第68页 |
| ·分子动力学模拟 | 第68-69页 |
| ·结果分析和讨论 | 第69-75页 |
| ·酶分子核心结构的变化 | 第69-70页 |
| ·酶分子二级结构及溶剂可及表面积(SASA)的变化 | 第70-72页 |
| ·酶分子残基的柔性 | 第72-75页 |
| ·酶盖子结构的变化 | 第75页 |
| ·本章小结 | 第75-77页 |
| 第五章 结论与展望 | 第77-79页 |
| ·结论 | 第77页 |
| ·展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 附录 | 第85-93页 |
| 附录Ⅰ 模建蛋白一级序列 | 第85-86页 |
| 附录Ⅱ 同源模建蛋白催化三残基位置示意图 | 第86-88页 |
| 附录Ⅲ Amber动力学模拟输入参数文件 | 第88-90页 |
| 附录Ⅳ HLL晶体结构与MD结构比对图 | 第90-93页 |
