| 摘要 | 第1-19页 |
| ABSTRACT | 第19-26页 |
| 第一章 绪论 | 第26-38页 |
| ·酶的简介 | 第26-33页 |
| ·酶的概念和特点 | 第26-27页 |
| ·酶的化学本质 | 第27-28页 |
| ·酶的分类 | 第28页 |
| ·酶的专一性 | 第28-29页 |
| ·酶的作用机制 | 第29-32页 |
| ·影响酶催化反应速度的因素 | 第32-33页 |
| ·酶的应用 | 第33页 |
| ·本论文研究目的及内容 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-38页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第38-50页 |
| ·分子对接方法 | 第38-39页 |
| ·分子动力学方法 | 第39-41页 |
| ·量子化学方法 | 第41-43页 |
| ·量子力学与分子力学组合方法 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 第三章 碳青霉烯合成酶催化机理的理论研究 | 第50-78页 |
| ·前言 | 第50-52页 |
| ·计算细节 | 第52-55页 |
| ·模型构建 | 第52-54页 |
| ·QM/MM计算 | 第54-55页 |
| ·经验色散校正 | 第55页 |
| ·结果与讨论 | 第55-71页 |
| ·氧气结合位点 | 第55-57页 |
| ·反应物~5R’的选择 | 第57-58页 |
| ·Fe~Ⅳ=O的异构化 | 第58-59页 |
| ·差向异构化机理 | 第59-64页 |
| ·去饱和化机理 | 第64-70页 |
| ·CarC催化循环 | 第70-71页 |
| ·结论 | 第71页 |
| 参考文献 | 第71-78页 |
| 第四章 工程细胞色素P450_(BM3)酶催化机理的理论研究 | 第78-94页 |
| ·前言 | 第78-81页 |
| ·计算细节 | 第81-82页 |
| ·模型构建 | 第81-82页 |
| ·QM和QM/MM计算 | 第82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-88页 |
| ·Fe-卟啉卡宾中间体 | 第82-83页 |
| ·苯乙烯环丙烷化机理 | 第83-85页 |
| ·立体选择性 | 第85-88页 |
| ·结论 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-94页 |
| 第五章 尿苷二磷酸连接糖氮-乙酰基转移酶催化机理的理论研究 | 第94-110页 |
| ·前言 | 第94-96页 |
| ·计算细节 | 第96-99页 |
| ·模型构建 | 第96-97页 |
| ·动力学模拟 | 第97-98页 |
| ·QM/MM计算 | 第98-99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-104页 |
| ·反应机理 | 第99-101页 |
| ·残基Asn84的作用 | 第101-102页 |
| ·初始构型的影响 | 第102-104页 |
| ·结论 | 第104页 |
| 参考文献 | 第104-110页 |
| 第六章 脱氧胸苷二磷酸-葡萄糖-4,6-脱水酶催化机理的理论研究 | 第110-130页 |
| ·前言 | 第110-113页 |
| ·计算细节 | 第113-115页 |
| ·模型构建 | 第113页 |
| ·QM/MM计算 | 第113-115页 |
| ·结果与讨论 | 第115-122页 |
| ·活性位点关键残基的质子化状态 | 第115-116页 |
| ·反应路径 | 第116-122页 |
| ·结论 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-130页 |
| 第七章 尿苷二磷酸-氮-乙酰葡糖胺-5,6-脱水酶催化机理的理论研究 | 第130-148页 |
| ·前言 | 第130-133页 |
| ·计算细节 | 第133-135页 |
| ·模型构建 | 第133-134页 |
| ·QM/MM计算 | 第134-135页 |
| ·结果与讨论 | 第135-142页 |
| ·TunA-底物-辅因子复合物的结构 | 第135-136页 |
| ·反应机理 | 第136-142页 |
| ·结论 | 第142页 |
| 参考文献 | 第142-148页 |
| 第八章 果胶酸裂解酶催化机理的理论研究 | 第148-160页 |
| ·前言 | 第148-150页 |
| ·计算细节 | 第150-151页 |
| ·模型构建 | 第150页 |
| ·QM/MM计算 | 第150-151页 |
| ·结果与讨论 | 第151-156页 |
| ·β-消除机理 | 第151-153页 |
| ·模型比较 | 第153-155页 |
| ·β-离去基团的质子化 | 第155-156页 |
| ·结论 | 第156页 |
| 参考文献 | 第156-160页 |
| 博士期间发表的论文 | 第160-162页 |
| 致谢 | 第162-163页 |
| 附已发表论文 | 第163-210页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第210页 |
