| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-15页 |
| 1. 引言 | 第15-31页 |
| ·基因组学与生物信息学 | 第15-23页 |
| ·背景介绍 | 第15-16页 |
| ·信息网络技术发展现状 | 第16-17页 |
| ·生物信息学发展现状 | 第17-18页 |
| ·整合生物信息学 | 第18-19页 |
| ·Web2.0、云计算和大数据 | 第19-23页 |
| ·分子进化分析方法 | 第23-31页 |
| ·背景介绍 | 第23-25页 |
| ·常用分子进化分析方法 | 第25-27页 |
| ·选择压力计算 | 第27-28页 |
| ·进化树的推算与可视化 | 第28-31页 |
| 2. EvoME系统设计 | 第31-45页 |
| ·EvoME系统概述 | 第31页 |
| ·EvoME的研究意义 | 第31-36页 |
| ·为什么要研发EvoME系统? | 第32-34页 |
| ·为什么选择分子进化分析? | 第34页 |
| ·EvoME系统的研究意义 | 第34页 |
| ·EvoME系统开发计划 | 第34-35页 |
| ·EvoME使用的技术平台 | 第35-36页 |
| ·EvolView进化树可视化子系统 | 第36-41页 |
| ·EvolView系统架构 | 第36-38页 |
| ·基本用户界面 | 第38页 |
| ·界面控制器 | 第38页 |
| ·数据容器 | 第38-39页 |
| ·PhyloViewer图形引擎 | 第39-40页 |
| ·辅助工具 | 第40页 |
| ·数据库与账户系统 | 第40页 |
| ·数据导出与格式转换 | 第40-41页 |
| ·EvoKalc计算子系统 | 第41-45页 |
| ·EvoKalc系统架构 | 第41-42页 |
| ·基本用户界面 | 第42页 |
| ·数据模型 | 第42页 |
| ·Tasklnstant任务向导 | 第42-43页 |
| ·数据库与账户系统 | 第43页 |
| ·EvoDaemon后台队列系统 | 第43页 |
| ·辅助工具 | 第43-45页 |
| 3. EvoME系统实现 | 第45-131页 |
| ·开发平台搭建 | 第45页 |
| ·EvolView系统实现 | 第45-93页 |
| ·源代码结构 | 第45-46页 |
| ·模块定义和入口类 | 第46-47页 |
| ·基本用户界面 | 第47-53页 |
| ·界面控制器 | 第53-54页 |
| ·PhyloViewer图形引擎 | 第54-69页 |
| ·进化树注释功能 | 第69-82页 |
| ·数据库与账户系统 | 第82-87页 |
| ·远程过程调用GWT-RPC接口 | 第87-90页 |
| ·数据导出与格式转换 | 第90-93页 |
| ·EvoKalc系统实现 | 第93-131页 |
| ·源代码结构 | 第93-94页 |
| ·基本用户界面 | 第94-100页 |
| ·数据模型 | 第100页 |
| ·TasklnstantKaks任务向导 | 第100-108页 |
| ·TasklnstantPhylo任务向导 | 第108-111页 |
| ·数据库与账户系统 | 第111-119页 |
| ·远程过程调用GWT-RPC接口 | 第119-121页 |
| ·EvoDaemon后台队列模块 | 第121-124页 |
| ·结果显示与辅助工具 | 第124-131页 |
| 4. EvoME系统应用测试 | 第131-151页 |
| ·EvolView系统测试与应用 | 第131-139页 |
| ·使用模拟数据测试基本系统功能 | 第131-134页 |
| ·使用Ensembl数据绘制BRCA2直系同源树 | 第134-137页 |
| ·使用PFAM数据绘制PF07707家族树及结构域注释 | 第137-139页 |
| ·EvoKalc系统测试与应用 | 第139-151页 |
| ·使用模拟数据测试系统功能 | 第139-143页 |
| ·使用两种藻类线粒体基因进行Ka/Ks计算应用 | 第143-147页 |
| ·使用75种藻类线粒体数据进行进化树构建应用 | 第147-151页 |
| 5. 总结与讨论 | 第151-155页 |
| ·总结 | 第151-152页 |
| ·具有的优势 | 第152-153页 |
| ·技术上的优势 | 第152页 |
| ·设计上的优势 | 第152页 |
| ·整合上的优势 | 第152-153页 |
| ·存在的不足 | 第153-155页 |
| 6. 下一步工作计划 | 第155-161页 |
| ·进一步完善EvolView子系统 | 第155-156页 |
| ·修正存在的问题 | 第155页 |
| ·改进进化树注释功能 | 第155页 |
| ·改进与优化界面 | 第155-156页 |
| ·增加重排与比较功能 | 第156页 |
| ·进一步完善EvoKalc子系统 | 第156-157页 |
| ·完善与发布 | 第156页 |
| ·加入更多的功能 | 第156-157页 |
| ·启用集群和本地化支持 | 第157页 |
| ·进行EvoStream流程控制系统开发 | 第157-160页 |
| ·EvoStream流程控制系统设计 | 第157-158页 |
| ·开发基本流程系统 | 第158-159页 |
| ·开发流程编辑器 | 第159页 |
| ·开发流程可视化 | 第159-160页 |
| ·实现流程本地化运行 | 第160页 |
| ·进行EvoBase协作数据库系统的开发 | 第160-161页 |
| ·设计并实现大数据容器 | 第160页 |
| ·使用大数据方法进行数据挖掘 | 第160-161页 |
| 7. 参考文献 | 第161-169页 |
| 8. 附录 | 第169-177页 |
| ·Ensembl BRCA2基因系统树 | 第169-170页 |
| ·PFAM-PF07707(BACK)结构域家族树 | 第170-172页 |
| ·使用PhyML测试数据构建的进化树 | 第172-173页 |
| ·Popu和Pyye线粒体编码基因Ka/Ks计算配对列表 | 第173-174页 |
| ·使用75种藻类线粒体6个共有基因构建的进化树 | 第174-177页 |
| 9. 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第177-178页 |
| 作者简历 | 第177页 |
| 已发表的学术论文 | 第177-178页 |
| 参加学术会议 | 第178页 |
| 参加的研究项目 | 第178页 |
