| 目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 缩略语表 | 第15-16页 |
| 第一章 基于csaB基因序列对Bacillus cereus群菌株的鉴定与分型 | 第16-38页 |
| 1 蜡状芽胞杆菌群的鉴定和分型现状 | 第16-26页 |
| ·B.cereus群的组成 | 第16-17页 |
| ·传统区分B.cereus群的方法 | 第17-22页 |
| ·基于酶切和扩增片段多样性的分型技术 | 第17-18页 |
| ·基于核苷酸序列的分型技术 | 第18-22页 |
| ·苏云金芽胞杆菌的鉴定与区分 | 第22-25页 |
| ·使用H-血清型进行B.thuringiensis菌株鉴定 | 第22-23页 |
| ·单独使用鞭毛蛋白区分B.thuringiensis菌株 | 第23-25页 |
| ·csaB基因以及SLH蛋白简介 | 第25-26页 |
| 2 材料和方法 | 第26-28页 |
| ·材料 | 第26页 |
| ·csaB基因测序 | 第26页 |
| ·序列比对以及系统发育树的构建 | 第26-27页 |
| ·SLH蛋白分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-37页 |
| ·基于csaB基因序列的分型反映出B.cereus群菌株的宿主来源 | 第28-32页 |
| ·csaB基因能够用来鉴定区分B cereus群菌株 | 第28-30页 |
| ·基于csaB分型的两个簇代表两种不同类型的宿主 | 第30-31页 |
| ·位于两个簇的菌株的SLH蛋白基因具有不同的分布和进化特征 | 第31-32页 |
| ·csaB基因可以用来对B.thuringiensis菌株进行鉴定 | 第32-37页 |
| ·使用csaB基因区分B.thuringiensis的血清型和血清亚型 | 第32-35页 |
| ·结合使用csaB基因和鞭毛蛋白可以将所有测试的B.thuringiensis血清型和血清亚型区分开 | 第35-37页 |
| 4 结论与讨论 | 第37-38页 |
| 第二章 B. cereus群比较质粒组学 | 第38-67页 |
| 1 质粒研究进展 | 第38-43页 |
| ·细菌质粒简介 | 第38-40页 |
| ·质粒的复制方式 | 第38页 |
| ·质粒的拷贝数以及稳定性 | 第38-40页 |
| ·质粒的主要作用 | 第40-42页 |
| ·质粒在宿主适应环境方面的作用 | 第40页 |
| ·质粒在细菌基因组的进化中的作用 | 第40-41页 |
| ·质粒的起源、动态以及进化的研究现状 | 第41-42页 |
| ·B.cereus群的质粒 | 第42-43页 |
| 2 材料和方法 | 第43-46页 |
| ·数据收集 | 第43页 |
| ·质粒复制必需蛋白的分析以及最小复制子的预测 | 第43页 |
| ·序列比对以及系统发育树的构建 | 第43页 |
| ·基因聚类分析 | 第43-44页 |
| ·两个新型tubZ/tubR类最小复制子的验证 | 第44-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-66页 |
| ·B.cereus群中大质粒起源于较小质粒的相互融合事件 | 第46-57页 |
| ·实验证实位于B.cereus群大质粒上两个新型的tubZ/tubR类最小复制子 | 第46-47页 |
| ·B.cereus群的大质粒中存在六种类型的最小复制子 | 第47-52页 |
| ·B.cereus群中大于100 kb的质粒含两个或者两个以上最小复制子 | 第52-54页 |
| ·B.cereus群中的大质粒可能是由小质粒融合而成的 | 第54-55页 |
| ·B.cereus群大质粒所拥有的每种最小复制子的亚类可能决定了它们的不相容组 | 第55-56页 |
| ·质粒之间的整合在质粒的进化过程中普遍存在 | 第56-57页 |
| ·B.cereus群中的质粒是其染色体基因冗余的载体 | 第57-66页 |
| ·质粒和染色体享有相同的动态基因池 | 第57-60页 |
| ·在B.cereus群的进化过程中,质粒和染色体之间基因交换频繁 | 第60-65页 |
| ·质粒和染色体上的共有基因受不同的元件调控 | 第65-66页 |
| 4 结论与讨论 | 第66-67页 |
| 第三章 人类微生物组中细菌素多样性的分析 | 第67-85页 |
| 1 细菌素研究进展 | 第67-70页 |
| ·细菌素简介 | 第67-68页 |
| ·细菌素的作用方式 | 第68页 |
| ·细菌素的生态作用 | 第68-69页 |
| ·细菌素合成基因簇的预测 | 第69-70页 |
| 2 材料和方法 | 第70-72页 |
| ·数据收集 | 第70页 |
| ·细菌素的预测 | 第70-71页 |
| ·序列聚类和分组 | 第71页 |
| ·细菌素参照基因组的分类学分析 | 第71-72页 |
| 3 结果与分析 | 第72-84页 |
| ·人类微生物组中存在多种多样潜在的细菌素 | 第72-73页 |
| ·来自不同位点的样品含有不同丰度的细菌素 | 第73-75页 |
| ·每个位点中某些细菌素占主导 | 第75-78页 |
| ·各个位点的细菌素主要来自于该位点的优势共生菌 | 第78-81页 |
| ·不同的位点细菌素的生态作用不尽相同 | 第81-84页 |
| 4 结论与讨论 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-91页 |
| 附录 | 第91-107页 |
| A1 附表S1 第一章中用到的Bacillus thuringiensis菌株 | 第91-94页 |
| A2 附表S2 第一章中用到的基因组序列已知的芽胞杆菌 | 第94-98页 |
| A3 附表S3 第二章中所使用的质粒 | 第98-101页 |
| A4 附表S4 第二章所使用的基因组 | 第101-102页 |
| A5 附表S5 第二章所使用的预测质粒最小复制子的模型 | 第102-103页 |
| A6 附表S6 口腔以外的其它位点细菌素的参照基因组所属的种 | 第103-105页 |
| A7 已发表和待发表论文 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
