| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 前言 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-18页 |
| ·转录因子(TF)与转录因子结合位点(TFBS) | 第11页 |
| ·转录因子分类的研究意义 | 第11-12页 |
| ·转录因子分类的研究现状 | 第12-14页 |
| ·基于DNA结合域对转录因子分类 | 第12-13页 |
| ·基于转录起始的必要性对转录因子分类 | 第13-14页 |
| ·转录因子结合位点的识别特性 | 第14-15页 |
| ·用于转录因子分类的方法 | 第15-18页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第16页 |
| ·最近邻算法(NNA) | 第16-18页 |
| 第2章 转录因子的向量表示 | 第18-24页 |
| ·转录因子结合位点的长度 | 第18-19页 |
| ·新的位置频率值 | 第19-20页 |
| ·不保守的转录因子结合位点的比率 | 第20-21页 |
| ·非核小体位置的转录因子结合位点的比率 | 第21-22页 |
| ·既保守又在核小体位置的转录因子结合位点比率 | 第22页 |
| ·GC含量 | 第22-24页 |
| 第3章 用支持向量机对转录因子分类 | 第24-27页 |
| ·支持向量机 | 第24-25页 |
| ·支持向量机在生物信息学中的应用 | 第25页 |
| ·支持向量机用于转录因子分类 | 第25-27页 |
| 第4章 实验 | 第27-36页 |
| ·实验数据来源 | 第27-29页 |
| (1) 转录因子结合位点的序列结构信息和位置信息 | 第27页 |
| (2) 转录因子结合位点所在DNA区域的保守性信息 | 第27-28页 |
| (3) 全基因组序列的核小体位置信息 | 第28-29页 |
| ·实验过程 | 第29-33页 |
| ·实验结果校验 | 第33-36页 |
| ·全检验法 | 第33页 |
| ·留一法交叉检验 | 第33页 |
| ·ROC曲线 | 第33-36页 |
| 第5章 总结和讨论 | 第36-38页 |
| ·总结 | 第36页 |
| ·讨论 | 第36-38页 |
| 参考文献 | 第38-42页 |
| 致谢 | 第42-43页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第43-44页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第44页 |