| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-28页 |
| 0 引言 | 第13页 |
| 1 双壳贝类基因组学研究现状 | 第13-16页 |
| ·双壳贝类的基因组特征 | 第13-15页 |
| ·双壳贝类的功能基因组学研究 | 第15-16页 |
| 2 双壳贝类基因组学研究的主要方法 | 第16-24页 |
| ·大片段基因组文库和物理图谱 | 第16-18页 |
| ·cDNA 文库 | 第18-19页 |
| ·基因芯片 | 第19-20页 |
| ·高通量测序技术 | 第20-24页 |
| 3 全基因组鸟枪法进行全基因组测序和组装的现状 | 第24-28页 |
| 第二章 扇贝科（Pectinidae）10 个物种的系统发生基因组学分析 | 第28-41页 |
| 0 引言 | 第28页 |
| 1 材料与方法 | 第28-32页 |
| ·扇贝材料 | 第28-29页 |
| ·文库构建方法 | 第29-31页 |
| ·数据分析 | 第31-32页 |
| 2 结果与分析 | 第32-37页 |
| ·数据预处理 | 第32-33页 |
| ·标签序列的聚类和 SNP 分型 | 第33-34页 |
| ·各个物种间的共享标签 | 第34-36页 |
| ·系统发生树的建立 | 第36-37页 |
| 3 讨论 | 第37-41页 |
| ·2b-RAD 技术体系的建立 | 第37-38页 |
| ·不同种扇贝的杂合度 | 第38页 |
| ·种间共享位点的生物学功能 | 第38-39页 |
| ·基于全基因组标签序列的系统发生关系 | 第39-41页 |
| 第三章 虾夷扇贝的转录组测序和分析 | 第41-80页 |
| 第一节 虾夷扇贝转录组文库的构建及 454 测序 | 第41-55页 |
| 0 引言 | 第41-42页 |
| 1 材料与方法 | 第42-47页 |
| ·扇贝材料及 RNA 的提取 | 第42页 |
| ·cDNA 第一链的合成 | 第42-43页 |
| ·cDNA 的扩增 | 第43页 |
| ·cDNA 的随机打断 | 第43页 |
| ·末端修复 | 第43-44页 |
| ·连接反应 | 第44页 |
| ·PCR 扩增 | 第44-46页 |
| ·Roche 454 测序 | 第46页 |
| ·序列拼接 | 第46页 |
| ·功能注释，分类和代谢途径分析 | 第46-47页 |
| ·SNP 及 SSR 的预测 | 第47页 |
| 2 结果与讨论 | 第47-55页 |
| ·测序和拼接 | 第47-48页 |
| ·序列的功能注释，分类和代谢途径分析 | 第48-52页 |
| ·生长，繁殖，压力及免疫相关候选基因 | 第52-53页 |
| ·SNP 及 SSR 的预测 | 第53-55页 |
| 第二节 红、白闭壳肌虾夷扇贝的表达谱分析和比较 | 第55-70页 |
| 0 引言 | 第55-56页 |
| 1 材料与方法 | 第56-57页 |
| ·扇贝材料 | 第56页 |
| ·数据分析 | 第56-57页 |
| 2 实验结果 | 第57-64页 |
| ·红、白闭壳肌虾夷扇贝各组织文库的数据量 | 第57页 |
| ·各组织文库转录本的冗余度和多样性 | 第57-59页 |
| ·各文库的基因注释 | 第59-60页 |
| ·红、白闭壳肌虾夷扇贝各组织的表达谱 | 第60-64页 |
| ·差异基因 Gene Ontology 功能显著性分析 | 第64页 |
| 3 讨论 | 第64-70页 |
| ·红、白闭壳肌虾夷扇贝各文库的数据量、冗余度及多样性 | 第64-65页 |
| ·差异表达分析获得的类胡萝卜素基积累相关基因 | 第65-66页 |
| ·其它与类胡萝卜素积累相关的基因及可能的机制 | 第66-68页 |
| ·类胡萝积累在虾夷扇贝中的调控机制 | 第68-70页 |
| 第三节 虾夷扇贝和栉孔扇贝的比较转录组学分析 | 第70-80页 |
| 0 引言 | 第70页 |
| 1 方法 | 第70-71页 |
| ·数据的拼接，功能注释和重复序列的分析及比较 | 第70页 |
| ·同源序列的聚类和分析 | 第70-71页 |
| 2 结果 | 第71-76页 |
| ·测序和拼接 | 第71页 |
| ·功能注释 | 第71-73页 |
| ·同源序列的比较 | 第73-74页 |
| ·重复序列的分布特征 | 第74-76页 |
| 3 讨论 | 第76-80页 |
| ·功能注释的比较 | 第76-77页 |
| ·同源序列的比较 | 第77-78页 |
| ·虾夷扇贝和栉孔扇贝转录组中微卫星序列的分布特征 | 第78-79页 |
| ·虾夷扇贝和栉孔扇贝转录组中转座元件的分布特征 | 第79-80页 |
| 第四章 虾夷扇贝全基因组框架图的绘制 | 第80-109页 |
| 第一节 虾夷扇贝基因组含量的测定 | 第82-85页 |
| 0 引言 | 第82页 |
| 1 材料与方法 | 第82页 |
| 2 结果与讨论 | 第82-85页 |
| 第二节 虾夷扇贝基因组 fosmid 文库的构建 | 第85-94页 |
| 0 引言 | 第85页 |
| 1 材料与方法 | 第85-88页 |
| ·虾夷扇贝 fosmid 文库的构建 | 第85-88页 |
| ·插入片段大小的检测 | 第88页 |
| 2 结果与分析 | 第88-94页 |
| ·高质量 DNA 的提取 | 第88-89页 |
| ·目的 DNA 片段的回收与连接 | 第89-90页 |
| ·包装和转导 | 第90页 |
| ·克隆的保存 | 第90页 |
| ·超级池和二级池的构建 | 第90-91页 |
| ·文库覆盖率及插入片段大小检测 | 第91-92页 |
| ·构建 fosmid 文库的意义 | 第92-94页 |
| 第三节 虾夷扇贝全基因组 de novo 测序和组装 | 第94-109页 |
| 0 引言 | 第94页 |
| 1 材料与方法 | 第94-98页 |
| ·虾夷扇贝自交家系的培育 | 第94-95页 |
| ·取材 | 第95页 |
| ·亲子鉴定 | 第95页 |
| ·短插入片段基因组文库的构建及测序 | 第95-96页 |
| ·数据分析 | 第96-98页 |
| 2 结果与分析 | 第98-107页 |
| ·数据预处理和拼接 | 第98-102页 |
| ·虾夷扇贝基因组草图覆盖率评价 | 第102页 |
| ·基因预测和功能注释 | 第102-105页 |
| ·虾夷扇贝基因组中的重复序列 | 第105-107页 |
| 3 讨论 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-124页 |
| 学术成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
