| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-20页 |
| ·可变剪接研究的理论和国内外研究进展 | 第9-17页 |
| ·可变剪接 | 第9-12页 |
| ·研究可变剪接的方法现状 | 第12-13页 |
| ·核酸序列联配算法的研究现状 | 第13-16页 |
| ·BLAST 算法 | 第13-14页 |
| ·考虑RNA 剪接的联配算法：cDNA—基因组联配算法 | 第14页 |
| ·速度与效率：大规模cDNA—基因组联配算法 | 第14-16页 |
| ·可变剪接数据库的发展现状 | 第16-17页 |
| ·课题意义和研究内容 | 第17-20页 |
| ·课题研究意义 | 第17-18页 |
| ·研究的主要内容 | 第18-19页 |
| ·论文结构安排 | 第19-20页 |
| 第二章 系统功能分析与设计 | 第20-30页 |
| ·系统功能的需求分析和功能划分 | 第20-28页 |
| ·可变剪接搜索功能模块的分析和设计 | 第20-26页 |
| ·可变剪接数据库的分析和设计 | 第26页 |
| ·基因及其可变剪接的可视化浏览 | 第26-28页 |
| ·可视化的控制台模块的分析和设计 | 第28页 |
| ·系统架构 | 第28-30页 |
| 第三章 主要功能模块的实现 | 第30-45页 |
| ·系统平台的搭建 | 第30-33页 |
| ·硬件配置 | 第30页 |
| ·软件配置 | 第30-33页 |
| ·Apache Web Server 的安装 | 第30-31页 |
| ·生物信息学包Bioperl 的安装 | 第31-32页 |
| ·MySQL 的安装 | 第32-33页 |
| ·各功能模块的设计和实现 | 第33-45页 |
| ·SeqDown 模块 | 第33-35页 |
| ·Validation 模块 | 第35-38页 |
| ·Preprocess 模块 | 第38-41页 |
| ·ASD 模块 | 第41-43页 |
| ·Parser 模块 | 第43-44页 |
| ·DBI 模块 | 第44-45页 |
| 第四章 可变剪接数据库和控制台网页的实现 | 第45-59页 |
| ·Gbrowse 模块和AS Database 模块的详细设计与实现 | 第45-47页 |
| ·系统测试和可变剪接数据库的搭建 | 第47-56页 |
| ·准备工作 | 第47-51页 |
| ·结果验证 | 第51-56页 |
| ·Web-based 控制台的设计与实现 | 第56-59页 |
| 第五章 总结与展望 | 第59-61页 |
| ·本论文研究总结 | 第59-60页 |
| ·前景展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录 | 第65-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第75-76页 |