求解蛋白质结构预测问题及矩形packing问题的启发式算法
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 1 绪论 | 第14-34页 |
| ·本文的选题背景 | 第14-16页 |
| ·启发式算法介绍 | 第16-22页 |
| ·启发式算法的定义 | 第16-17页 |
| ·启发式算法分类 | 第17页 |
| ·贪心算法和局部搜索算法 | 第17-18页 |
| ·超启发式算法 | 第18-20页 |
| ·拟物拟人算法 | 第20-22页 |
| ·蛋白质结构基础知识 | 第22-24页 |
| ·蛋白质的分子组成 | 第22-23页 |
| ·蛋白质的结构层次 | 第23-24页 |
| ·国内外研究现状 | 第24-31页 |
| ·蛋白质结构预测方法及其研究进展 | 第24-28页 |
| ·同源建模方法 | 第24-25页 |
| ·折叠识别方法 | 第25-26页 |
| ·从头预测方法 | 第26-28页 |
| ·矩形packing 问题及其研究现状 | 第28-31页 |
| ·本文的研究意义 | 第31-32页 |
| ·本文主要工作及结构安排 | 第32-34页 |
| 2 蛋白质结构预测的拟物方法 | 第34-56页 |
| ·优化模型 | 第34-38页 |
| ·HP 格点模型 | 第34-35页 |
| ·FCC 格点模型 | 第35-36页 |
| ·AB 非格点模型 | 第36-38页 |
| ·启发式拟物算法 | 第38-48页 |
| ·初始构形的产生 | 第38-40页 |
| ·AB 模型Ⅰ的蛋白质结构预测问题的拟物算法 | 第40-44页 |
| ·跳坑策略 | 第44页 |
| ·启发式拟物算法 | 第44-45页 |
| ·计算结果与结论 | 第45-48页 |
| ·启发式共轭梯度算法 | 第48-53页 |
| ·初始构形的产生 | 第48-49页 |
| ·优化方法 | 第49-50页 |
| ·启发式共轭梯度法 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-53页 |
| ·基于FCC 格点的PERM++算法 | 第53-54页 |
| ·FCC 格点的PERM 算法 | 第53页 |
| ·基于FCC 格点的PERM++算法 | 第53页 |
| ·计算结果与展望 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-56页 |
| 3 蛋白质结构预测的MONTE CARLO 方法 | 第56-66页 |
| ·MONTE CARLO 方法 | 第56-59页 |
| ·ELP 方法求解AB 模型的蛋白质结构预测问题 | 第59-65页 |
| ·ELP 方法 | 第59-60页 |
| ·AB 模型的蛋白质结构预测的ELP 方法 | 第60-62页 |
| ·基于拟物策略的局部搜索方法 | 第62-63页 |
| ·计算结果与结论 | 第63-65页 |
| ·本章小结 | 第65-66页 |
| 4 求解矩形PACKING 问题的拟人方法 | 第66-77页 |
| ·问题的提法 | 第66页 |
| ·算法的基本框架 | 第66-67页 |
| ·占角动作和最大穴度优先的放置策略 | 第67-70页 |
| ·占角穴度算法 | 第70-72页 |
| ·占角穴度算法的算法描述 | 第70-71页 |
| ·改进的占角穴度算法的算法描述 | 第71-72页 |
| ·算法的计算复杂性 | 第72-73页 |
| ·占角穴度算法的计算复杂性 | 第72-73页 |
| ·改进的占角穴度算法的计算复杂性 | 第73页 |
| ·实验结果 | 第73-74页 |
| ·结论 | 第74-76页 |
| ·本章小结 | 第76-77页 |
| 5 基于拟人策略的带有预放置模块的布局算法 | 第77-88页 |
| ·引言 | 第77-78页 |
| ·问题的形式化描述及算法的基本框架 | 第78页 |
| ·基本概念和放置策略 | 第78-81页 |
| ·格局 | 第78-79页 |
| ·占角动作 | 第79页 |
| ·穴度 | 第79-81页 |
| ·放置策略 | 第81页 |
| ·算法 | 第81-85页 |
| ·贪心放置过程A(j) | 第82页 |
| ·穴度算法 | 第82-83页 |
| ·改进的穴度算法 | 第83-85页 |
| ·实验结果与结论 | 第85-87页 |
| ·本章小结 | 第87-88页 |
| 6 总结与展望 | 第88-94页 |
| ·本文主要研究工作总结 | 第88-90页 |
| ·主要研究成果及结论 | 第90-91页 |
| ·研究展望 | 第91-93页 |
| ·本章小结 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-109页 |
| 附录1 攻读博士学位期间发表论文目录 | 第109-110页 |
| 附录2 攻读博士学位期间参加的课题目录 | 第110页 |
