| 中文摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-13页 |
| 第一章 综述部分 | 第13-51页 |
| 第一节 液相色谱-质谱联用方法在蛋白质组学研究中的进展 | 第13-28页 |
| 摘要 | 第13页 |
| 关键词 | 第13页 |
| 引言 | 第13-15页 |
| 1 基于质谱的蛋白质组学 | 第15-19页 |
| ·由上而下“Top-down”蛋白质组学 | 第16-18页 |
| ·Top-down蛋白质组学的进展 | 第16-17页 |
| ·Top-down蛋白质组学的优势 | 第17页 |
| ·Top-down蛋白质组学的局限性 | 第17-18页 |
| ·由下而上“Bottom-up”蛋白质组学 | 第18-19页 |
| ·Bottom-up蛋白质组学的优势 | 第18页 |
| ·Bottom-up蛋白质组学的局限性 | 第18-19页 |
| 2 液相色谱-质谱联用中的液相色谱技术 | 第19-20页 |
| 3 基于离子交换的液相色谱技术 | 第20-22页 |
| ·离子交换色谱的历史 | 第20-21页 |
| ·离子交换色谱的原理 | 第21页 |
| ·离子交换高效液相色谱 | 第21页 |
| ·强阳离子交换高效液相色谱 | 第21-22页 |
| 4 电喷雾技术的发展 | 第22-26页 |
| ·电喷雾的发展 | 第22-23页 |
| ·提出阶段 | 第22页 |
| ·形成阶段 | 第22-23页 |
| ·发展完善阶段 | 第23页 |
| ·电喷雾离子化的机制 | 第23-24页 |
| ·纳升级电喷雾 | 第24-25页 |
| ·小结 | 第25-26页 |
| 5 质谱技术的发展 | 第26-27页 |
| 展望 | 第27-28页 |
| 第二节 糖基化蛋白质组学的研究进展 | 第28-43页 |
| 摘要 | 第28页 |
| 关键词 | 第28页 |
| 引言 | 第28-31页 |
| 1 糖基化蛋白质研究的常用方法 | 第31-34页 |
| ·伴刀豆凝集素A （ConA） | 第32-33页 |
| ·半乳凝集素Galectin LEC-6（Ga16） | 第33页 |
| ·花生凝集素（PNA） | 第33-34页 |
| 2 糖基化蛋白质的检测技术 | 第34-35页 |
| ·荧光染色检测方法 | 第34-35页 |
| ·与凝集素联用的检测方法 | 第35页 |
| 3 质谱技术在糖基化蛋白质研究中的应用 | 第35-38页 |
| ·蛋白质糖基化位点的分析 | 第36-37页 |
| ·糖链的组成、连接顺序及连接方式分析 | 第37-38页 |
| 4 糖基化蛋白质组学的研究策略 | 第38-41页 |
| ·凝胶电泳技术与质谱联用的方法 | 第38-40页 |
| ·N-糖基化蛋白质分析的方法 | 第38-39页 |
| ·O-糖基化蛋白质分析的方法 | 第39-40页 |
| ·非凝胶技术与质谱联用的方法 | 第40页 |
| ·O-β-GlcNAc糖基化的研究进展 | 第40-41页 |
| 展望 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-51页 |
| 第二章 基于盐梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-反相液相色谱-质谱联用方法的研究 | 第51-71页 |
| 摘要 | 第51页 |
| 关键词 | 第51-52页 |
| 1 前言 | 第52-53页 |
| 2 实验部分 | 第53-56页 |
| ·样品制备 | 第53页 |
| ·去脂 | 第53页 |
| ·双向凝胶电泳 | 第53-54页 |
| ·胶染色及图像分析 | 第54页 |
| ·胶内酶解 | 第54页 |
| ·一维液相色谱-质谱联用 | 第54-55页 |
| ·溶液内酶解 | 第55页 |
| ·基于盐梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-反相液相色谱-质谱联用方法 | 第55-56页 |
| ·数据分析 | 第56页 |
| ·生物信息学分析 | 第56页 |
| 3 结果 | 第56-64页 |
| ·胆汁蛋白的双向凝胶电泳分离、胶内酶解及质谱鉴定 | 第56-57页 |
| ·采用2D LC-MS/MS鉴定蛋白质 | 第57-60页 |
| ·对2-DE/MS和2D LC-MS/MS鉴定到的蛋白质进行比较 | 第60-62页 |
| ·所有鉴定到的蛋白质的功能分类 | 第62-64页 |
| 4 讨论 | 第64-66页 |
| ·2-DE/MS鉴定到的蛋白质的分析 | 第64-65页 |
| ·2D LC-MS/MS鉴定到的蛋白质的分析 | 第65页 |
| ·比较2-DE/MS和2D LC-MS/MS分别鉴定到的蛋白质 | 第65页 |
| ·2-DE/MS和2D LC-MS/MS鉴定到的所有蛋白质的分析 | 第65-66页 |
| 5 小结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-71页 |
| 第三章 基于PH梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-反相液相色谱-质谱联用方法的建立及发展 | 第71-87页 |
| 摘要 | 第71页 |
| 关键词 | 第71页 |
| 1 前言 | 第71-73页 |
| 2 实验部分 | 第73-75页 |
| ·试剂 | 第73页 |
| ·样品制备 | 第73-74页 |
| ·二维液相色谱-质谱联用的方法 | 第74页 |
| ·在线的基于连续pH梯度洗脱的二维液相色谱-质谱联用系统 | 第74页 |
| ·在线的基于台阶盐梯度洗脱的二维液相色谱-质谱联用 | 第74-75页 |
| ·在线的基于台阶pH梯度洗脱的二维液相色谱-质谱联用 | 第75页 |
| ·数据分析 | 第75页 |
| 3 结果和讨论 | 第75-84页 |
| ·建立在线的基于连续pH梯度洗脱的二维液相色谱-质谱联用系统.. | 第75-78页 |
| ·在线的基于pH和盐梯度洗脱的肽段鉴定结果比较 | 第78-79页 |
| ·pH洗脱和盐洗脱中的肽段分布 | 第79-80页 |
| ·连续的pH梯度可以降低组分之间肽段的相互重叠 | 第80-83页 |
| ·在pH和盐洗脱中蛋白质鉴定的比对 | 第83-84页 |
| 4 小结 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-87页 |
| 第四章 基于PH梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-质谱联用方法的建立和发展 | 第87-110页 |
| 摘要 | 第87页 |
| 关键词 | 第87-88页 |
| 1 前言 | 第88-89页 |
| 2 实验部分 | 第89-92页 |
| ·试剂 | 第89-90页 |
| ·液相色谱设置 | 第90页 |
| ·质谱设置 | 第90页 |
| ·标准蛋白样品制备 | 第90-91页 |
| ·Chang Liver细胞的培养及样品制备 | 第91页 |
| ·C57 小鼠肝组织膜蛋白的样品制备 | 第91页 |
| ·数据分析 | 第91-92页 |
| ·生物信息分析 | 第92页 |
| 3 结果和讨论 | 第92-108页 |
| ·用标准蛋白样品对强阳离子交换液相色谱-质谱联用的重复性和灵敏度进行评估 | 第92-93页 |
| ·Chang Liver细胞样品 | 第93-101页 |
| ·实验流程 | 第93-95页 |
| ·强阳子交换液相色谱-质谱联用和反相液相色谱-质谱联用的鉴定结果及分析 | 第95页 |
| ·强阳离子柱流出组分进行反相液相色谱-质谱联用的鉴定结果及分析 | 第95页 |
| ·反相柱流出组分进行反相液相色谱-质谱联用的鉴定结果及分析 | 第95-96页 |
| ·反相柱流出组分进行强阳子交换液相色谱-质谱联用的鉴定结果及分析 | 第96-97页 |
| ·不重复肽段的理论等电点分布 | 第97-98页 |
| ·不重复肽段的分子量分布 | 第98-99页 |
| ·不重复肽段的GRAVY值分布 | 第99-100页 |
| ·pH梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-质谱联用中保留时间和肽段理论等电点之间的关系及讨论 | 第100-101页 |
| ·结论 | 第101页 |
| ·C57 小鼠的肝组织膜蛋白样品的结果及分析 | 第101-108页 |
| ·基于四元梯度泵的pH梯度洗脱的强阳离子交换液相色谱-质谱联用的系统 | 第101-102页 |
| ·鉴定结果及分析 | 第102-103页 |
| ·不重复肽段的理论等电点分布 | 第103-104页 |
| ·不重复肽段的分子量分布 | 第104-105页 |
| ·不重复肽段的GRAVY分布 | 第105页 |
| ·鉴定的跨膜区的肽段的分析 | 第105-106页 |
| ·所鉴定的蛋白质的生物信息学分析 | 第106-107页 |
| ·结论 | 第107-108页 |
| 4 小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-110页 |
| 第五章 液相色谱-质谱联用方法在大规模蛋白质定量中的应用 | 第110-124页 |
| 1 前言 | 第110-111页 |
| 2 实验部分 | 第111-113页 |
| ·3T3-L1 脂肪细胞分泌蛋白样品的制备 | 第111页 |
| ·可剪切型同位素标记的亲和标签（cICAT）标记、分离及鉴定 | 第111-112页 |
| ·溶液内酶解 | 第112页 |
| ·基于一体柱的二维液相色谱-质谱联用的方法 | 第112页 |
| ·数据分析 | 第112-113页 |
| ·cICAT的数据分析 | 第112-113页 |
| ·非标记的数据分析 | 第113页 |
| 3 结果和讨论 | 第113-120页 |
| ·cICAT的定量结果及讨论 | 第113页 |
| ·非标记定量的结果及讨论 | 第113-115页 |
| ·cICAT和非标记定量的结果的比较 | 第115-116页 |
| ·与已经报导的脂肪细胞分泌蛋白质组进行比较 | 第116-119页 |
| ·代谢通路（Pathway）分析的结果 | 第119页 |
| ·分泌蛋白的Western blot验证 | 第119-120页 |
| 4 小结 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-124页 |
| 第六章 液相色谱-质谱联用方法在SD大鼠附睾组织的差异糖蛋白分析中的应用 | 第124-140页 |
| 摘要 | 第124页 |
| 关键词 | 第124页 |
| 1 前言 | 第124-125页 |
| 2 实验部分 | 第125-127页 |
| ·试剂 | 第125-126页 |
| ·附睾样品制备 | 第126页 |
| ·伴刀豆凝集素A亲和色谱 | 第126页 |
| ·可剪切型同位素标记的亲和标签（cICAT）标记、分离和鉴定 | 第126-127页 |
| ·二维液相色谱-质谱联用 | 第127页 |
| ·cICAT的数据分析 | 第127页 |
| 3 结果及讨论 | 第127-137页 |
| ·实验流程 | 第127-128页 |
| ·SD大鼠附睾组织头和尾的总蛋白抽提效果的评估 | 第128-129页 |
| ·采用可剪切型的同位素标记的亲和标签技术对SD大鼠附睾组织中头和尾的总蛋白进行定量 | 第129-130页 |
| ·伴刀豆凝集素A（ConA）亲和纯化效果的评估 | 第130-133页 |
| ·SD大鼠附睾尾组织中ConA结合的糖蛋白纯化效果的SDS PAGE 评估 | 第130-132页 |
| ·SD大鼠附睾尾组织中ConA结合的糖蛋白纯化效果的2-DE及DIGE评估 | 第132页 |
| ·SD大鼠附睾组织头和尾中ConA结合的糖蛋白纯化效果的总体评估 | 第132-133页 |
| ·SD大鼠附睾组织头、尾的与伴刀豆凝集素A结合的糖蛋白的cICAT 定量 | 第133页 |
| ·SD大鼠附睾组织的从总蛋白水平及ConA结合的糖蛋白水平的定量结果的比较及western blot验证 | 第133-137页 |
| 4 小结 | 第137-138页 |
| 参考文献 | 第138-140页 |
| 附录1 双向凝胶电泳鉴定的胆汁蛋白质列表 | 第140-148页 |
| 附录2 二维液相色谱-质谱联用鉴定的胆汁蛋白质列表 | 第148-156页 |
| 附录：论文缩写 | 第156-159页 |
| 已发表的文章目录 | 第159-161页 |
| 准备发表的文章目录 | 第161-162页 |
| 致谢 | 第162页 |
