| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 绪论 | 第11-17页 |
| 1 研究背景和意义 | 第11-15页 |
| ·复杂系统理论在生物学中的应用 | 第12-14页 |
| ·人工生命 | 第14-15页 |
| 2 本文主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第一章 复杂理论 | 第17-36页 |
| 1 引言 | 第17-18页 |
| 2 复杂系统 | 第18-23页 |
| ·复杂与有序 | 第19页 |
| ·复杂系统的多尺度本质 | 第19-21页 |
| ·复杂系统的特征 | 第21-22页 |
| ·复杂系统与整体论 | 第22-23页 |
| 3 复杂网络 | 第23-35页 |
| ·复杂网络的静态分析 | 第24-27页 |
| ·拓扑模型 | 第27-35页 |
| 4 小结 | 第35-36页 |
| 第二章 基于复杂理论的细胞信号网络研究 | 第36-52页 |
| 1 引言 | 第36-37页 |
| 2 数据和方法 | 第37-41页 |
| ·实验数据 | 第37-38页 |
| ·图遍历算法 | 第38-39页 |
| ·图分割算法 | 第39-41页 |
| 3 结果和讨论 | 第41-51页 |
| ·全局特征 | 第41-46页 |
| ·条件实验 | 第46-49页 |
| ·信号网络的社区结构 | 第49-51页 |
| 4 小结 | 第51-52页 |
| 第三章 人工生命与细胞自动机 | 第52-75页 |
| 1 引言 | 第52-53页 |
| 2 人工生命 | 第53-65页 |
| ·人工生命模型的定义 | 第55-56页 |
| ·人工生命的研究内容 | 第56-61页 |
| ·人工生命和人工智能 | 第61-64页 |
| ·人工生命和复杂系统理论 | 第64-65页 |
| 3 细胞自动机 | 第65-74页 |
| ·细胞自动机的定义 | 第65-68页 |
| ·细胞自动机的特征 | 第68-69页 |
| ·细胞自动机的分类 | 第69-70页 |
| ·细胞自动机理论研究 | 第70-73页 |
| ·复杂系统与细胞自动机的相互关系 | 第73-74页 |
| 4 小结 | 第74-75页 |
| 第四章 信息理论和细胞自动机在生物序列分析中的应用 | 第75-90页 |
| 1 引言 | 第75-76页 |
| 2 方法与原理 | 第76-86页 |
| ·实验数据 | 第76页 |
| ·氨基酸的数字编码规则 | 第76-81页 |
| ·细胞自动机 | 第81-83页 |
| ·Lempel-Ziv 复杂度 | 第83-84页 |
| ·伪氨基酸组成 | 第84-85页 |
| ·扩大的协方差判别式算法 | 第85-86页 |
| 3 结果与讨论 | 第86-89页 |
| 4 小结 | 第89-90页 |
| 结论 | 第90-94页 |
| 参考文献 | 第94-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 附录A 攻读学位论文期间发表的学术论文目录 | 第110页 |