| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-19页 |
| ·课题背景 | 第11-12页 |
| ·国外研究现状 | 第12-16页 |
| ·家族特异的搜索方法 | 第12-13页 |
| ·基于模式匹配的搜索方法 | 第13-14页 |
| ·基于统计剖面的方法 | 第14-15页 |
| ·CM 搜索的加速方法 | 第15-16页 |
| ·国内研究现状 | 第16-17页 |
| ·研究内容 | 第17页 |
| ·论文结构 | 第17-19页 |
| 第二章 并行计算基础 | 第19-35页 |
| ·并行计算机体系结构 | 第19-26页 |
| ·共享存储体系结构 | 第19-22页 |
| ·分布存储体系结构 | 第22-26页 |
| ·并行编程模型 | 第26-29页 |
| ·共享存储并行 | 第26-28页 |
| ·消息传递并行 | 第28-29页 |
| ·并行算法设计的基本技术 | 第29-34页 |
| ·任务分解技术 | 第30-31页 |
| ·任务调度和负载平衡技术 | 第31-33页 |
| ·并行算法的设计模式 | 第33-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第三章 RNA 与CM 模型 | 第35-47页 |
| ·RNA 二级结构 | 第35-37页 |
| ·SCFG 模型 | 第37-40页 |
| ·SCFG 的定义 | 第37页 |
| ·RNA 的SCFG 模型 | 第37-40页 |
| ·CM 模型 | 第40-46页 |
| ·从SCFG 模型到CM 模型 | 第40-41页 |
| ·CM 模型的构建 | 第41-43页 |
| ·CM 模型参数化 | 第43-44页 |
| ·CM 与profile HMM 对比 | 第44-45页 |
| ·CM 模型的典型应用 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第四章 基于流水线的scanning CYK 并行算法 | 第47-59页 |
| ·CM 模型的数据库搜索算法 | 第47-50页 |
| ·CYK 比对算法 | 第47-48页 |
| ·CYK 数据库搜索算法 | 第48-50页 |
| ·数据依赖关系分析 | 第50-51页 |
| ·流水线设计 | 第51-52页 |
| ·负载平衡策略设计 | 第52-54页 |
| ·基于OpenMP 的算法实现 | 第54-56页 |
| ·OpenMP C/C++中的锁函数介绍 | 第54-55页 |
| ·基于锁函数的流水线实现 | 第55-56页 |
| ·性能测试与分析 | 第56-58页 |
| ·流水粒度对算法性能的影响 | 第57页 |
| ·CPU 执行时间与并行性能 | 第57-58页 |
| ·小结 | 第58-59页 |
| 第五章 基于两级工作池的cmsearch 并行算法 | 第59-70页 |
| ·cmsearch 介绍 | 第59-61页 |
| ·cmsearch 串行程序分析 | 第59-61页 |
| ·cmsearch 并行算法的设计 | 第61-63页 |
| ·任务分配策略的选择 | 第61-63页 |
| ·并行算法描述 | 第63-65页 |
| ·参数优化 | 第65-66页 |
| ·性能测试与分析 | 第66-69页 |
| ·任务分配策略性能分析 | 第66-67页 |
| ·负载平衡性能分析 | 第67-68页 |
| ·并行效率与吞吐率 | 第68-69页 |
| ·小结 | 第69-70页 |
| 第六章 结束语 | 第70-72页 |
| ·全文工作总结 | 第70-71页 |
| ·进一步工作展望 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-76页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第76页 |