| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章绪论 | 第11-17页 |
| ·课题背景 | 第11-13页 |
| ·研究现状 | 第13-14页 |
| ·本文主要工作及其贡献 | 第14-15页 |
| ·论文结构 | 第15-17页 |
| 第二章序列比对以及序列剪接比对机理研究 | 第17-30页 |
| ·序列比对 | 第17-25页 |
| ·序列比对的意义 | 第17-18页 |
| ·序列比对的数学模型 | 第18-19页 |
| ·序列比对算法 | 第19-25页 |
| ·计分矩阵/替换矩阵和空位罚分 | 第20-23页 |
| ·全局比对和局部比对 | 第23-25页 |
| ·可变剪接与剪接比对 | 第25-29页 |
| ·可变剪接(alternative splicing) | 第25-26页 |
| ·剪接比对问题的数学描述 | 第26-27页 |
| ·剪接比对的意义 | 第27-28页 |
| ·剪接比对算法 | 第28-29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章跨物种全基因组剪接比对快速算法设计与实现 | 第30-52页 |
| ·比对软件介绍 | 第30-39页 |
| ·FASTA | 第30-32页 |
| ·Blast | 第32-33页 |
| ·EST_GENOME | 第33-34页 |
| ·BLAT | 第34-35页 |
| ·Blastz | 第35-36页 |
| ·sim4 | 第36-39页 |
| ·对sim4 的串行优化 | 第39-51页 |
| ·搜索阶段 | 第39-44页 |
| ·建立索引 | 第39-40页 |
| ·hit 选取策略 | 第40-44页 |
| ·比对阶段 | 第44-48页 |
| ·结果测试及分析 | 第48-51页 |
| ·测试数据 | 第49页 |
| ·评测方法 | 第49-51页 |
| ·本章小结 | 第51-52页 |
| 第四章基于任务划分的跨物种全基因组剪接比对快速算法并行化研究 | 第52-60页 |
| ·基于任务级的并行化 | 第52-56页 |
| ·消息传递并行 | 第52页 |
| ·消息传递模型典型实现—MPI | 第52-53页 |
| ·任务划分方法 | 第53-56页 |
| ·功能分解 | 第53页 |
| ·域分解 | 第53-56页 |
| ·并行策略 | 第56-58页 |
| ·性能评测 | 第58-59页 |
| ·测试环境与测试数据 | 第58页 |
| ·测试结果分析 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第五章剪接比对软件的应用-转录图谱的制作 | 第60-66页 |
| ·数据集 | 第60-62页 |
| ·转录本数据集 | 第60-62页 |
| ·基因组数据集 | 第62页 |
| ·剪接比对和结果筛选 | 第62-65页 |
| ·本章小结 | 第65-66页 |
| 第六章结束语 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-72页 |
| 附录：攻读硕士期间发表的论文 | 第72页 |