| 第一部分 前言 | 第1-35页 |
| 1 基因组与线粒体基因组学研究概况 | 第12-23页 |
| ·基因组学研究概况 | 第12-17页 |
| ·人类基因组计划与模式生物基因组计划 | 第12-14页 |
| ·结构与功能基因组学 | 第14-15页 |
| ·比较及进化基因组学 | 第15页 |
| ·基因组测序方法 | 第15-17页 |
| ·线粒体基因组学研究概况 | 第17-20页 |
| ·线粒体基因组学研究内容 | 第17-18页 |
| ·节肢动物全线粒体基因组测序现状 | 第18-20页 |
| ·线粒体RNA二级结构变化 | 第20页 |
| ·基因组与线粒体基因组研究价值 | 第20-23页 |
| ·基因组学研究意义 | 第20-21页 |
| ·线粒体基因组学研究意义 | 第21-23页 |
| 2 线粒体基因组研究技术和方法 | 第23-26页 |
| ·线粒体基因组测序策略比较 | 第23-25页 |
| ·密度梯度离心分离策略 | 第23-24页 |
| ·基于长PCR策略及优点 | 第24页 |
| ·基于长PCR策略的类型 | 第24-25页 |
| ·线粒体基因组序列分析方法 | 第25页 |
| ·利用全线粒体基因组联合数据进行系统发育分析 | 第25-26页 |
| 3 直翅目昆虫的分类学地位及其全线粒体基因组研究现状 | 第26-35页 |
| ·分类学研究概况 | 第26-29页 |
| ·节肢动物门简介 | 第26页 |
| ·六足总纲简介 | 第26-27页 |
| ·昆虫纲简介 | 第27-29页 |
| ·直翅目、蝗亚目、蝗总科分类学关系 | 第29-31页 |
| ·斑腿蝗科 | 第30页 |
| ·直翅目及斑腿蝗科的化石资料 | 第30-31页 |
| ·霍山蹦蝗与意大利蝗介绍 | 第31-32页 |
| ·蝗虫与人类的关系 | 第32页 |
| ·直翅目全线粒体基因组研究现状 | 第32-34页 |
| ·本论文研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第35-50页 |
| 1 实验材料 | 第35-44页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第35页 |
| ·仪器和试剂 | 第35-38页 |
| ·主要实验仪器 | 第35-36页 |
| ·主要实验试剂 | 第36-38页 |
| ·计算机和生物信息学软件 | 第38页 |
| ·实验方法 | 第38页 |
| ·总DNA提取及检测 | 第38-39页 |
| ·长PCR和二次PCR的引物设计 | 第39-41页 |
| ·长PCR扩增及纯化 | 第41-43页 |
| ·二次PCR扩增及纯化 | 第43页 |
| ·二次PCR扩增产物的直接测序和克隆后测序 | 第43-44页 |
| 2 测序数据处理和初步分析 | 第44页 |
| 3 序列的组装与注释 | 第44-50页 |
| ·测序结果的片段拼接与组装 | 第44页 |
| ·mtDNA限制性内切酶酶切图谱分析 | 第44-45页 |
| ·线粒体基因组序列的基因定位与注释 | 第45页 |
| ·tRNA和1rRNA的二级结构的预测 | 第45页 |
| ·利用全线粒体基因组序列进行系统发育分析 | 第45-50页 |
| ·外群的选择 | 第45-46页 |
| ·参考序列下载 | 第46页 |
| ·序列比对和组成分析 | 第46页 |
| ·氨基酸序列各位点间变异速率的估计 | 第46-47页 |
| ·MP法重建六足类昆虫的系统发育树 | 第47页 |
| ·NJ法重建六足类昆虫的系统发育树 | 第47页 |
| ·ML法重建六足类昆虫的系统发育树 | 第47-50页 |
| 第三部分 结果分析与讨论 | 第50-109页 |
| 1 线粒体基因组研究方法 | 第50-55页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第50页 |
| ·长PCR扩增、纯化 | 第50-51页 |
| ·二次PCR扩增 | 第51-52页 |
| ·二次PCR产物直接测序或克隆测序 | 第52页 |
| ·测序策略的讨论 | 第52-55页 |
| ·基于长PCR技术的二次PCR测序策略的优点 | 第52-53页 |
| ·实验中的几个关键问题 | 第53-55页 |
| 2 序列组装 | 第55-57页 |
| ·霍山蹦蝗(Sinopodisma houshana)序列组装结果 | 第55页 |
| ·意大利蝗(Calliptamus italicus)序列组装结果 | 第55-56页 |
| ·霍山蹦蝗和意大利蝗线粒体基因组序列酶切图谱分析 | 第56-57页 |
| 3 全线粒体基因组的结构和组成分析 | 第57-109页 |
| ·全线粒体基因组的基本情况 | 第57-68页 |
| ·基因结构和基因顺序 | 第57-59页 |
| ·基因间重叠现象 | 第59页 |
| ·基因间隔序列 | 第59-65页 |
| ·碱基组成情况分析 | 第65-68页 |
| ·蛋白质基因和密码子组成分析 | 第68-91页 |
| ·蛋白质的起始与终止密码子使用情况 | 第68-69页 |
| ·蛋白质基因密码子使用情况 | 第69-84页 |
| ·蛋白质基因密码子偏向性与线粒体tRNA的对应关系 | 第84-85页 |
| ·蛋白质基因的碱基组成偏向性 | 第85-87页 |
| ·氨基酸频率与线粒体tRNA和高频密码子匹配度的关系及机制 | 第87-89页 |
| ·蛋白质基因的亲水性结构分析 | 第89-91页 |
| ·tRNA注释结果及结构预测 | 第91-95页 |
| ·tRNA~(Ser(AGN))异构体的探讨 | 第95-97页 |
| ·rRNA注释结果及结构预测 | 第97-101页 |
| ·AT富含区(A+T-Rich Region)及重复序列 | 第101页 |
| ·部分六足类全线粒体基因组联合数据的系统发育分析 | 第101-109页 |
| ·蛋白质的氨基酸序列比对结果和数据集组成分析 | 第101页 |
| ·氨基酸序列取代模型和遗传距离计算 | 第101-102页 |
| ·MP、NJ、ML法重建的六足总纲系统发育树 | 第102-109页 |
| 第四部分 结论 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-124页 |
| 附录：部分测序荧光峰图举例 | 第124-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第129页 |
